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万見
- PDB-9ms8: PTCH1 in complex with Fab6H3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ms8
タイトルPTCH1 in complex with Fab6H3
要素
  • 6H3 Fab heavy chain
  • 6H3 Fab light chain
  • Protein patched homolog 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / PTCH1 / Antibody / hedgehog signaling / cryo-EM / membrane protein. / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neural plate axis specification / response to chlorate / cell differentiation involved in kidney development / hedgehog receptor activity / neural tube patterning / cell proliferation involved in metanephros development / smoothened binding / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / hindlimb morphogenesis ...neural plate axis specification / response to chlorate / cell differentiation involved in kidney development / hedgehog receptor activity / neural tube patterning / cell proliferation involved in metanephros development / smoothened binding / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / hindlimb morphogenesis / epidermal cell fate specification / spinal cord motor neuron differentiation / prostate gland development / limb morphogenesis / patched binding / negative regulation of cell division / somite development / Activation of SMO / smooth muscle tissue development / dorsal/ventral neural tube patterning / pharyngeal system development / cellular response to cholesterol / mammary gland duct morphogenesis / mammary gland epithelial cell differentiation / cell fate determination / commissural neuron axon guidance / metanephric collecting duct development / regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / Class B/2 (Secretin family receptors) / embryonic limb morphogenesis / negative regulation of multicellular organism growth / ciliary membrane / branching involved in ureteric bud morphogenesis / cholesterol binding / positive regulation of epidermal cell differentiation / dendritic growth cone / keratinocyte proliferation / spermatid development / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / response to retinoic acid / negative regulation of osteoblast differentiation / response to mechanical stimulus / axonal growth cone / heart morphogenesis / negative regulation of stem cell proliferation / Hedgehog 'off' state / liver regeneration / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / animal organ morphogenesis / stem cell proliferation / negative regulation of smoothened signaling pathway / protein localization to plasma membrane / neural tube closure / Hedgehog 'on' state / brain development / protein processing / caveola / apical part of cell / endocytic vesicle membrane / response to estradiol / glucose homeostasis / heparin binding / regulation of protein localization / midbody / in utero embryonic development / postsynaptic membrane / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane receptor, patched / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein patched homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Hu, Q. / Qi, X. / Li, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149533 米国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Inhibiting hedgehog signal by a patched-1 antibody.
著者: Qinli Hu / Xiaofeng Qi / Linda Donnelly / Xiaochun Li /
履歴
登録2025年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein patched homolog 1
L: 6H3 Fab light chain
H: 6H3 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4113
ポリマ－145,4113
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein patched homolog 1 / PTC / PTC1


分子量: 122175.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTCH1, PTCH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13635
#2: 抗体 6H3 Fab light chain


分子量: 10968.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 6H3 Fab heavy chain


分子量: 12267.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PTCH1 in complex with Fab6H3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 258693 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039523
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72612948
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.1431321
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431464
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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