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- PDB-9ms2: Crystal structure of human CYP3A5 in complex with SJYHJ-111 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ms2
タイトルCrystal structure of human CYP3A5 in complex with SJYHJ-111
要素Cytochrome P450 3A5
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Cytochrome P450 3A5 / CYP3A5 / CYP3A5-selective inhibitor / drug metabolizing enzyme / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / lipid hydroxylation / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / Xenobiotics ...retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / lipid hydroxylation / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / Xenobiotics / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cytochrome P450 3A5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Jingheng, W. / Nithianantham, S. / Miller, D.J. / Chen, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118041 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Decoding the selective chemical modulation of CYP3A4.
著者: Wang, J. / Nithianantham, S. / Chai, S.C. / Jung, Y.H. / Yang, L. / Ong, H.W. / Li, Y. / Zhang, Y. / Miller, D.J. / Chen, T.
履歴
登録2025年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A5
B: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,94919
ポリマ－109,7252
非ポリマー3,22417
水5,891327
1
A: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4169
ポリマ－54,8631
非ポリマー1,5548
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,53310
ポリマ－54,8631
非ポリマー1,6709
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.085, 210.688, 153.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-777-

HOH

21B-816-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome P450 3A5 / CYPIIIA5 / Cytochrome P450 HLp2 / Cytochrome P450-PCN3


分子量: 54862.586 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP 24-497 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cytochrome P450 3A5; EC: 1.14.14.1 First residues (M) - Initiating methionine Second residue (A) - Expression Tag 5th residue from last (G) - missing residue Last 4 residues (HHHH) - Expression Tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A5 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P20815, unspecific monooxygenase

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非ポリマー , 6種, 344分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-A1BNX / N'-(2-chlorophenyl)-N-[(3-hydroxyphenyl)methyl]-N-[(2P)-2-(1H-imidazol-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenyl]urea


分子量: 486.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18ClF3N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Li2SO4 and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月6日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→34.47 Å / Num. obs: 50634 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 10.1 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.996 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4596 / CC1/2: 0.507 / Rpim(I) all: 0.485 / Rrim(I) all: 1.186 / Χ2: 1.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→31.95 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 2623 5.18 %Random
Rwork0.1976 ---
obs0.1997 50593 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→31.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7175 0 219 327 7721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70810313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5812729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.290.34261510.28992470X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.330.32921270.27582508X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.380.29591410.25522455X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.430.29991610.24642506X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.490.29621480.24442473X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.550.29111390.23452496X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.620.2671570.22962485X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.70.23611320.21742537X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.790.26091330.21942492X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.890.28271320.21792530X-RAY DIFFRACTION100
2.89-30.26021370.21112498X-RAY DIFFRACTION100
3-3.140.23651190.21762553X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.30.26611360.20332519X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.510.27131350.20542537X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.780.21891300.18722542X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.160.19421410.16532519X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.760.2011410.15942564X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.990.20441310.1782604X-RAY DIFFRACTION100
5.99-31.950.1941320.16332682X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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