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- PDB-9mq5: Crystal structure SHP2 tandem SH2 domains in complex with PZR dou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mq5
タイトルCrystal structure SHP2 tandem SH2 domains in complex with PZR doubly tyrosine phosphorylated ITIM peptide
要素
  • Myelin protein zero-like protein 1
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH2 domain / phosphotyrosine / ITIM / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Co-inhibition by BTLA / Netrin mediated repulsion signals ...negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Co-inhibition by BTLA / Netrin mediated repulsion signals / cerebellar cortex formation / negative regulation of neutrophil activation / positive regulation of hormone secretion / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of ossification / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Interleukin-37 signaling / Signaling by Leptin / hormone metabolic process / MET activates PTPN11 / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / Signal regulatory protein family interactions / face morphogenesis / ERBB signaling pathway / platelet formation / triglyceride metabolic process / megakaryocyte development / organ growth / negative regulation of type I interferon production / Interleukin-20 family signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / Interleukin-6 signaling / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / peptide hormone receptor binding / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / MAPK3 (ERK1) activation / PI-3K cascade:FGFR1 / Prolactin receptor signaling / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / PECAM1 interactions / Bergmann glial cell differentiation / inner ear development / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / positive regulation of intracellular signal transduction / phosphoprotein phosphatase activity / RET signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / Co-inhibition by PD-1 / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / GAB1 signalosome / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / regulation of protein-containing complex assembly / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Regulation of IFNG signaling / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / hormone-mediated signaling pathway / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / cell adhesion molecule binding / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / phosphotyrosine residue binding / FLT3 Signaling / protein-tyrosine-phosphatase / homeostasis of number of cells within a tissue / Downstream signal transduction / axonogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle / protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of interferon-beta production / protein tyrosine kinase binding / Negative regulation of FGFR3 signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Negative regulation of FGFR2 signaling / DNA damage checkpoint signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Spry regulation of FGF signaling / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding
類似検索 - 分子機能
Myelin P0 protein-related / Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site ...Myelin P0 protein-related / Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Immunoglobulin V-Type / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Myelin protein zero-like protein 1 / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Stiegler, A.L. / Boggon, T.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: SHP2 genetic variants in NSML-associated RASopathies disrupt PZR-IRX transcription factor signaling axis
著者: Perla, S. / Stiegler, A.L. / Yi, J.-S. / Enyenihi, L. / Zhang, L. / Riaz, M. / An, E. / Qyang, Y. / Boggon, T.J. / Bennett, A.M.
履歴
登録2025年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
B: Myelin protein zero-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4689
ポリマ－29,0332
非ポリマー4347
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.960, 30.130, 115.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 / Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP- ...Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP-2 / Shp2 / SH-PTP3


分子量: 25230.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN11, PTP2C, SHPTP2 / プラスミド: pGEX-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06124, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Myelin protein zero-like protein 1 / Protein zero-related


分子量: 3802.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95297
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.28 % / 解説: Rod-shaped
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Lithium Acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
Temp details: ambient temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月8日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.31 Å / Num. obs: 26508 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 12.06
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.7-1.761.58726130.7381.6331
1.76-1.831.16125670.8631.1961
1.83-1.910.81225230.9150.8371
1.91-2.020.56128720.9640.5771
2.02-2.140.35125230.9830.3621
2.14-2.310.26226790.9910.271
2.31-2.540.19526120.9940.21
2.54-2.910.14926640.9960.1541
2.91-3.660.11626620.9960.1191
3.66-34.310.09927930.9960.1021

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XSCALEVERSION Jun 30, 2023データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
XDSVERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→34.31 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 1321 4.99 %
Rwork0.2039 --
obs0.2052 26496 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 28 145 2061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.576781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.770.36441430.32752768X-RAY DIFFRACTION99
1.77-1.850.30791450.26272757X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.950.25911440.24212740X-RAY DIFFRACTION99
1.95-2.070.26631490.22932769X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.230.261440.21592780X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.450.29071440.20822797X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.810.22831480.21462790X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.530.21281470.21082853X-RAY DIFFRACTION100
3.54-34.310.20341570.17962921X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.08871.0577-3.2145.1846-1.09073.0716-0.07180.0852-0.2103-0.2972-0.45730.42621.0748-0.70770.41570.6453-0.0728-0.12830.644-0.02770.544624.527910.141726.2078
25.07930.8309-0.64975.19670.80924.1802-0.0970.05540.12060.06380.08930.056-0.01590.0259-0.00050.1723-0.0005-0.03530.18980.03790.195933.678518.323542.1544
32.92121.03590.02567.133-2.30157.76840.14330.22560.1649-1.0074-0.00810.26660.1490.138-0.10680.51440.07740.01630.30930.02880.253234.550521.439915.4996
43.19731.4654-5.20427.4998-1.75798.5588-0.3605-0.5941-0.08920.50840.0947-0.35920.35110.40610.26850.31470.0071-0.03160.37420.06140.266936.131410.989149.3777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 249 through 268 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 4 through 103 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 219 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 238 through 248 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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