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- PDB-9mpu: Cryo-EM structure of p47 bound to VCP N-domain (with D1 domain) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mpu
タイトルCryo-EM structure of p47 bound to VCP N-domain (with D1 domain)
要素
  • NSFL1 cofactor p47
  • Transitional endoplasmic reticulum ATPase
キーワードHYDROLASE / double-ring hexameric complex / valosin containing protein / ATPase / VCP / mammalian / p97 / p47 / adapter / SHP / UBX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of mitotic centrosome separation / nuclear membrane reassembly / : / flavin adenine dinucleotide catabolic process / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / BAT3 complex binding / cellular response to arsenite ion ...negative regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of mitotic centrosome separation / nuclear membrane reassembly / : / flavin adenine dinucleotide catabolic process / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / BAT3 complex binding / cellular response to arsenite ion / protein-DNA covalent cross-linking repair / Derlin-1 retrotranslocation complex / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / cytoplasm protein quality control / positive regulation of oxidative phosphorylation / : / Golgi stack / aggresome assembly / deubiquitinase activator activity / ubiquitin-modified protein reader activity / mitotic spindle disassembly / regulation of protein localization to chromatin / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / cellular response to misfolded protein / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of mitochondrial membrane potential / vesicle-fusing ATPase / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / regulation of aerobic respiration / retrograde protein transport, ER to cytosol / stress granule disassembly / ATPase complex / regulation of synapse organization / ubiquitin-specific protease binding / Golgi organization / MHC class I protein binding / positive regulation of ATP biosynthetic process / ubiquitin-like protein ligase binding / establishment of mitotic spindle orientation / RHOH GTPase cycle / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome assembly / autophagosome maturation / negative regulation of hippo signaling / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / HSF1 activation / translesion synthesis / interstrand cross-link repair / ATP metabolic process / proteasomal protein catabolic process / endoplasmic reticulum unfolded protein response / Protein methylation / Attachment and Entry / ERAD pathway / lipid droplet / proteasome complex / viral genome replication / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / negative regulation of smoothened signaling pathway / macroautophagy / positive regulation of protein-containing complex assembly / Hh mutants are degraded by ERAD / establishment of protein localization / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Translesion Synthesis by POLH / ADP binding / ABC-family proteins mediated transport / autophagy / cytoplasmic stress granule / Aggrephagy / positive regulation of protein catabolic process / azurophil granule lumen / KEAP1-NFE2L2 pathway / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / double-strand break repair / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / site of double-strand break / chromosome / Neddylation / cellular response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / membrane fusion / Attachment and Entry / protein ubiquitination / ciliary basal body / protein domain specific binding / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding
類似検索 - 分子機能
SEP domain / NSFL1 cofactor p47, SEP domain superfamily / SEP domain / SEP domain profile. / Domain present in Saccharomyces cerevisiae Shp1, Drosophila melanogaster eyes closed gene (eyc), and vertebrate p47. / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / UBA-like domain ...SEP domain / NSFL1 cofactor p47, SEP domain superfamily / SEP domain / SEP domain profile. / Domain present in Saccharomyces cerevisiae Shp1, Drosophila melanogaster eyes closed gene (eyc), and vertebrate p47. / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / UBA-like domain / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / : / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / UBA-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ubiquitin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transitional endoplasmic reticulum ATPase / NSFL1 cofactor p47
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Shah, B. / Hunkeler, M. / Buhrlage, S.J. / Fischer, E.F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA262188 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA233800 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5F31 CA281197 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of VCP-VCPIP1-p47 ternary complex in Golgi maintenance.
著者: Binita Shah / Moritz Hunkeler / Ariana Bratt / Hong Yue / Isabella Jaen Maisonet / Eric S Fischer / Sara J Buhrlage /
要旨: VCP/p97 regulates a wide range of cellular processes, including post-mitotic Golgi reassembly. In this context, VCP is assisted by p47, an adapter protein, and VCPIP1, a deubiquitylase (DUB). ...VCP/p97 regulates a wide range of cellular processes, including post-mitotic Golgi reassembly. In this context, VCP is assisted by p47, an adapter protein, and VCPIP1, a deubiquitylase (DUB). However, how they organize into a functional ternary complex to promote Golgi assembly remains unknown. Here, we use cryo-EM to characterize both VCP-VCPIP1 and VCP-VCPIP1-p47 complexes. We show that VCPIP1 engages VCP through two interfaces: one involving the N-domain of VCP and the UBX domain of VCPIP1, and the other involving the VCP D2 domains and a region of VCPIP1 we refer to as VCPID. The p47 UBX domain competitively binds to the VCP N-domain, while not affecting VCPID binding. We show that VCPID is critical for VCP-mediated enhancement of DUB activity and proper Golgi assembly. The ternary structure along with biochemical and cellular data provides new insights into the complex interplay of VCP with its co-factors.
履歴
登録2024年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NSFL1 cofactor p47
A: Transitional endoplasmic reticulum ATPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,5582
ポリマ－135,5582
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 NSFL1 cofactor p47 / UBX domain-containing protein 2C / p97 cofactor p47


分子量: 43535.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-term His tagged p47 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSFL1C, UBXN2C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNZ2
#2: タンパク質 Transitional endoplasmic reticulum ATPase / TER ATPase / 15S Mg(2+)-ATPase p97 subunit / Valosin-containing protein / VCP


分子量: 92022.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-term FLAG-tagged VCP / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCP, HEL-220, HEL-S-70 / Cell (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55072, vesicle-fusing ATPase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of valosin containing protein (VCP)/p97 bound to valosin containing protein interacting protein 1 (VCPIP1) and p47COMPLEXFull length valosin containing protein (VCP)/p97 with full length valosin containing protein interacting protein 1 (VCPIP1) and p47all0MULTIPLE SOURCES
2Valosin containing protein (VCP)COMPLEX#21RECOMBINANT
3p47COMPLEXAdapter of valosin containing protein (VCP)/p97#11RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
52Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
33 mMTCEP1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Final concentration of 0.2 mM CHAPSO
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.87 sec. / 電子線照射量: 49.22 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12261
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.6粒子像選択
2EPU3.7画像取得Data collection in counting mode, using multi-shot scheme (9 holes per stage position, 3 movies per hole)
4cryoSPARC4.6CTF補正
7UCSF ChimeraX1.6モデルフィッティング
8ISOLDEモデルフィッティング
10cryoSPARC4.6初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.6.0最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.6.0３次元再構成
14PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2003371
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54855 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5FTK

5ftk


Accession code: 5FTK / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 145.09 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00354378
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72945914
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0463682
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0114781
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.5456597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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