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- PDB-9mms: Cryo-EM structure of CRAF/MEK1 complex (kinase domain, CRAF Y340D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mms
タイトルCryo-EM structure of CRAF/MEK1 complex (kinase domain, CRAF Y340D/Y341D mutant)
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE / CRAF-MEK1-14-3-3 complex / MAPK pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / intermediate filament cytoskeleton organization / mitogen-activated protein kinase kinase / positive regulation of muscle contraction / Golgi inheritance ...death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / intermediate filament cytoskeleton organization / mitogen-activated protein kinase kinase / positive regulation of muscle contraction / Golgi inheritance / placenta blood vessel development / MAP kinase scaffold activity / regulation of axon regeneration / cerebellar cortex formation / labyrinthine layer development / regulation of Rho protein signal transduction / melanosome transport / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Signaling by MAP2K mutants / Rap1 signalling / type B pancreatic cell proliferation / central nervous system neuron differentiation / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / vesicle transport along microtubule / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / positive regulation of axonogenesis / trachea formation / triglyceride homeostasis / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / GP1b-IX-V activation signalling / Frs2-mediated activation / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / face development / endodermal cell differentiation / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / MAP kinase kinase activity / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / thyroid gland development / pseudopodium / positive regulation of ATP biosynthetic process / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / Uptake and function of anthrax toxins / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / protein kinase activator activity / type II interferon-mediated signaling pathway / Schwann cell development / response to axon injury / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of protein-containing complex assembly / keratinocyte differentiation / neuron projection morphogenesis / ERK1 and ERK2 cascade / response to muscle stretch / myelination / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of autophagy / response to glucocorticoid / dendrite cytoplasm / thymus development / adenylate cyclase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Signal transduction by L1 / protein serine/threonine kinase activator activity / cell motility / wound healing / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Stimuli-sensing channels / small GTPase binding / chemotaxis / neuron differentiation / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / insulin receptor signaling pathway / late endosome / MAPK cascade / heart development / protein tyrosine kinase activity / response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能
: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / : / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / : / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-LCJ / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jang, D.M. / Jeon, H. / Eck, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA242461-06 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of CRAF/MEK1/14-3-3 complexes in autoinhibited and open-monomer states reveal features of RAF regulation.
著者: Dong Man Jang / Kayla Boxer / Byung Hak Ha / Emre Tkacik / Talya Levitz / Shaun Rawson / Rebecca J Metivier / Anna Schmoker / Hyesung Jeon / Michael J Eck /
要旨: CRAF (RAF1) is one of three RAF-family kinases that initiate MAP kinase signaling in response to activated RAS and is essential for oncogenic signaling from mutant KRAS. Like BRAF, CRAF is regulated ...CRAF (RAF1) is one of three RAF-family kinases that initiate MAP kinase signaling in response to activated RAS and is essential for oncogenic signaling from mutant KRAS. Like BRAF, CRAF is regulated by 14-3-3 engagement and by intramolecular autoinhibitory interactions of its N-terminal regulatory region. Unlike BRAF, it is thought to require tyrosine phosphorylation in its N-terminal acidic (NtA) motif for full catalytic activation. Here we describe cryo-EM reconstructions of full-length CRAF in complex with MEK1 and a 14-3-3 dimer. These structures reveal a fully autoinhibited conformation analogous to that observed for BRAF and two "open monomer" states in which the inhibitory interactions of the CRD and 14-3-3 dimer are released or rearranged, but the kinase domain remains inactive. Structure-function studies of the NtA motif indicate that phosphorylation or acidic mutations in this segment increase catalytic activity by destabilizing the inactive conformation of the kinase domain. Collectively, these studies provide a structural foundation for understanding the shared and unique regulatory features of CRAF and will inform efforts to selectively block CRAF signaling in cancer.
履歴
登録2024年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3677
ポリマ－122,8162
非ポリマー1,5515
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 76881.609 Da / 分子数: 1 / 変異: Q156R, Y340D, Y341D, D587E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAF1, RAF
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 45934.543 Da / 分子数: 1 / 変異: S218A, S222A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-LCJ / 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide


分子量: 456.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14FIN4O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1CRAF/MEK1/14-3-3 complexCOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2CRAFCOMPLEX#11RECOMBINANT
3MEK1COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.175 MDaNO
210.076 MDaNO
310.046 MDaNO
410.055 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
43Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 2 uM ATPgS, 1 uM GDC0623
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 51.26 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7289
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175214 / 詳細: The final resolution was calculated without a mask / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 152.7 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00444507
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.84446096
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0495669
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0144766
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.29811706

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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