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- PDB-9min: Structure of a designed minibinder to NYESO1-A*02:01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9min
タイトルStructure of a designed minibinder to NYESO1-A*02:01
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Cancer/testis antigen 1
  • HLA class I antigen
  • designed minibinder KH46
  • nanobody AD01
キーワードDE NOVO PROTEIN / complex / immune system
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway ...tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Cancer/testis antigen 1 / HLA class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Jude, K.M. / Householder, K.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI103867-08 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: De novo design and structure of a peptide-centric TCR mimic binding module.
著者: Householder, K.D. / Xiang, X. / Jude, K.M. / Deng, A. / Obenaus, M. / Zhao, Y. / Wilson, S.C. / Chen, X. / Wang, N. / Garcia, K.C.
履歴
登録2024年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Cancer/testis antigen 1
D: designed minibinder KH46
E: nanobody AD01
F: HLA class I antigen
G: Beta-2-microglobulin
H: Cancer/testis antigen 1
I: designed minibinder KH46
J: nanobody AD01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,05226
ポリマ－146,57910
非ポリマー1,47416
水4,864270
1
A: HLA class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Cancer/testis antigen 1
D: designed minibinder KH46
E: nanobody AD01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,21015
ポリマ－73,2895
非ポリマー92110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I antigen
G: Beta-2-microglobulin
H: Cancer/testis antigen 1
I: designed minibinder KH46
J: nanobody AD01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,84211
ポリマ－73,2895
非ポリマー5536
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.452, 98.536, 155.743
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 275 or resid 302))
d_2ens_1(chain "F" and (resid 1 through 275 or resid 301))
d_1ens_2(chain "B" and (resid -1 through 8 or resid 10 through 99 or resid 101 through 104))
d_2ens_2(chain "G" and (resid -1 through 8 or resid 10 through 99 or resid 101 through 103))
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "H"
d_1ens_4(chain "D" and resid 1 through 127)
d_2ens_4chain "I"
d_1ens_5chain "E"
d_2ens_5chain "J"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYGLYGLUGLUAA1 - 2753 - 277
d_12ens_1GOLGOLGOLGOLAL302
d_21ens_1GLYGLYGLUGLUFF1 - 2753 - 277
d_22ens_1GOLGOLGOLGOLFU301
d_11ens_2METMETGLNGLNBB-1 - 81 - 10
d_12ens_2TYRTYRMETMETBB10 - 9912 - 101
d_13ens_2GOLGOLGOLGOLBP101
d_14ens_2GOLGOLGOLGOLBQ102
d_15ens_2GOLGOLGOLGOLBR103
d_21ens_2METMETGLNGLNGG-1 - 81 - 10
d_22ens_2TYRTYRMETMETGG10 - 9912 - 101
d_23ens_2GOLGOLGOLGOLFV302
d_24ens_2GOLGOLGOLGOLFW303
d_25ens_2GOLGOLGOLGOLGY202
d_11ens_3SERSERVALVALCC1 - 91 - 9
d_21ens_3SERSERVALVALHH1 - 91 - 9
d_11ens_4ALAALAVALVALDD1 - 1273 - 129
d_21ens_4ALAALAVALVALII1 - 1273 - 129
d_11ens_5GLUGLUSERSEREE3 - 1181 - 116
d_12ens_5GOLGOLGOLGOLGX201
d_13ens_5GOLGOLGOLGOLET201
d_21ens_5GLUGLUSERSERJJ3 - 1181 - 116
d_22ens_5GOLGOLGOLGOLBS104
d_23ens_5GOLGOLGOLGOLJZ201

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4
ens_5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999970420109, 0.00171159741546, 0.00749862262688), (-0.00170117102528, -0.999997577762, 0.00139659845029), (0.00750099487773, 0.00138380069952, 0.999970909663)-48.7802421576, -0.0373567204134, 0.249597190679
2given(-0.999978731753, 0.00514857899498, 0.00400352034103), (-0.00517632724498, -0.99996243857, -0.00695176849739), (0.00396757823382, -0.00697234417688, 0.999967821852)-48.2700573952, -0.0427127374799, -0.113111871658
3given(-0.999986949881, -0.00452096189687, 0.00237927944692), (0.00451423731622, -0.999985822871, -0.00282413137166), (0.00239201350589, -0.00281335388435, 0.999993181632)-48.8884102967, 0.20138276409, 0.000421794862135
4given(-0.999602668734, 0.0280320170214, -0.00295138650259), (-0.0280458437429, -0.999595339995, 0.00475256868024), (-0.00281696810837, 0.00483345446079, 0.999984351082)-47.7207032456, -0.81189838781, -0.0041477489032
5given(-0.999958842318, 0.00796878921633, -0.00433728809975), (-0.00798285270838, -0.999962904165, 0.00323486586745), (-0.00431134924018, 0.00326935665993, 0.99998536168)-48.7315429383, 0.0702544256329, -0.0245903467338

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 AFBGDI

#1: タンパク質 HLA class I antigen / HLA class I histocompatibility antigen A alpha chain / MHC class I antigen / Major ...HLA class I histocompatibility antigen A alpha chain / MHC class I antigen / Major histocompatibility complex / class I / A


分子量: 32139.562 Da / 分子数: 2 / 変異: insertion of MG at N-terminus - cloning artifact / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53Z42
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11936.408 Da / 分子数: 2 / 変異: insertion of MG at N-terminus - cloning artifact / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 designed minibinder KH46


分子量: 15361.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 抗体 , 2種, 4分子 CHEJ

#3: タンパク質・ペプチド Cancer/testis antigen 1 / Autoimmunogenic cancer/testis antigen NY-ESO-1 / Cancer/testis antigen 6.1 / CT6.1 / L antigen ...Autoimmunogenic cancer/testis antigen NY-ESO-1 / Cancer/testis antigen 6.1 / CT6.1 / L antigen family member 2 / LAGE-2


分子量: 1090.335 Da / 分子数: 2 / 変異: C9V / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78358
#5: 抗体 nanobody AD01


分子量: 12762.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): expi 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 286分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate 0.1 M bis-tris pH 5.5 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→49.27 Å / Num. obs: 92563 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 23.3 % / Biso Wilson estimate: 33.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.3252 / Rpim(I) all: 0.0686 / Rrim(I) all: 0.3326 / Net I/σ(I): 8.49
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 24 % / Rmerge(I) obs: 3.471 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 9127 / CC1/2: 0.349 / Rpim(I) all: 0.7168 / Rrim(I) all: 3.545 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→49.27 Å / SU ML: 0.3163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.4927
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2673 1384 1.51 %
Rwork0.2548 90511 -
obs0.255 91895 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10112 0 96 270 10478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002510422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.521414062
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03841488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9153870
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.2658903694
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.83438713109
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.70689293435
ens_4d_2DDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.51605929481
ens_5d_2EEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.32035374501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.120.41291330.39618994X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.210.36131430.36489026X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.310.35361380.33939008X-RAY DIFFRACTION99.81
2.31-2.430.38611340.32049004X-RAY DIFFRACTION99.6
2.43-2.580.30171380.29559066X-RAY DIFFRACTION99.78
2.58-2.780.27081380.27139059X-RAY DIFFRACTION99.9
2.78-3.060.28031420.24659066X-RAY DIFFRACTION99.48
3.06-3.510.23131420.2269042X-RAY DIFFRACTION98.74
3.51-4.420.23851410.2069043X-RAY DIFFRACTION97.96
4.42-49.270.21681350.22159203X-RAY DIFFRACTION96.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.243966089340.2634793147370.5383966512593.52106107284-0.6182129999092.14346244738-0.0583771186602-0.2084672308280.1592185500860.4858620072790.04566095269880.0427657967682-0.14553115549-0.1500373356770.003715736782240.319406482440.03904384521870.03560360229140.270400743839-0.08880727305310.343683006051-21.2692372903-24.904538470512.0405661874
22.12288971117-1.15872997248-0.1018199764612.995806379631.605144838674.64489992699-0.1967683144730.169604530641-0.463945665973-1.059345929610.0759901381219-0.1777060781051.04526641747-0.05820956559670.006418067490970.801288646984-0.05799263151770.1205090419710.301859661368-0.1051552202730.486059174073-24.4805902758-35.9471425839-21.4915116628
31.47088378897-0.5378953144311.467747450293.21807842693-1.650390227022.97413063642-0.07002134960610.005177261201640.0354408359204-0.0942538147063-0.116333323142-0.2761579573640.0818055888355-0.03429443095720.1938244682570.230607647265-0.002129780953490.07576662128240.291582408411-0.1127769980210.299760320174-18.9649767168-15.9016273346-13.1222550803
41.21063077464-0.4741554969680.8828477280220.289730990443-0.08102656458461.33635543522-0.12910446221-0.0087147475730.1377635896690.494671626277-0.43822105702-0.0578526704339-0.9747249482170.1112052021430.2681381623512.25046172827-0.7456403498420.04564454631471.98489325722-0.02441491859180.443086648527-14.98582452-0.65062956154627.0430219564
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113.99047170833-1.53438558643-0.2071749130712.44706369277-0.8927242618661.22690970492-0.0877363272368-0.194237023661-0.07132975562510.1408650876540.0120786498472-0.316157728166-0.06938789279660.1516041615580.06487077812420.283824643059-0.03757018502960.001268165412070.215215842754-0.07995154862170.369551267227-5.073373816471.48826943396-14.049664028
124.449995465460.391772163299-0.3262499166183.749714191690.3889393254881.983953717320.00765570180437-0.383956244008-0.04289576678140.259562340706-0.0472852083517-0.0280726314843-0.06508360318220.04156265208110.01319390606280.2187683632040.03056155794510.01615518801470.294860428626-0.07870183910370.294659749768-27.568892526124.895275845212.1300581802
132.237926708220.15526110550.5084895968424.20708574283-0.8277451431153.4952044145-0.1674355880340.2835685437670.272527428984-1.486919797040.1663302363750.238543090615-0.7559932646260.1387366368640.1307704702371.00603936768-0.04955863954690.04280969654490.292487860734-0.06320838985470.522886667745-24.362868383235.8453393899-21.3574654817
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184.381266444140.744836855586-1.466489072365.00597922047-0.8295445434265.47941764374-0.1358801574490.312410197491-0.352529789738-0.2801828789730.211351568210.6589355047650.631740768529-0.65776184744-0.05250229867960.357066723405-0.0450404621438-0.009257239282380.274150129368-0.1462790769640.468386478573-50.8049402866-5.77835867225-17.4183043433
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 1:181)AA1 - 1811 - 181
22(chain A and resid 182:275)AA182 - 275182 - 275
33(chain B and resid 0:99)BG0 - 992 - 101
44(chain D and resid 1:8)DL1 - 81 - 8
55(chain D and resid 9:48)DL9 - 489 - 48
66(chain D and resid 49:74)DL49 - 7449 - 74
77(chain D and resid 75:119)DL75 - 11975 - 119
88(chain D and resid 120:128)DL120 - 128120 - 128
99(chain E and resid 3:26)EM3 - 261 - 24
1010(chain E and resid 27:32)EM27 - 3225 - 30
1111(chain E and resid 33:118)EM33 - 11831 - 116
1212(chain F and resid 1:180)FP1 - 1801 - 180
1313(chain F and resid 181:276)FP181 - 276181 - 276
1414(chain G and resid 0:99)GR0 - 992 - 101
1515(chain I and resid 1:52)IW1 - 521 - 52
1616(chain I and resid 53:75)IW53 - 7553 - 75
1717(chain I and resid 76:127)IW76 - 12776 - 127
1818(chain J and resid 3:28)JX3 - 281 - 26
1919(chain J and resid 29:34)JX29 - 3427 - 32
2020(chain J and resid 35:118)JX35 - 11833 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る