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- PDB-9mid: Crystal structure of the VRC01-class antibody 3G08, derived from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mid
タイトルCrystal structure of the VRC01-class antibody 3G08, derived from GT1.1 vaccination, in complex with eOD-GT8
要素
  • 3G08 Fab Heavy Chain
  • 3G08 Fab Light Chain
  • eOD-GT8 engineered mutant of gp120
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / Germline-targeting vaccination / CD4bs mAb / HIV-1
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Agrawal, S. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5P01AI110657 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Precise targeting of HIV broadly neutralizing antibody precursors in humans.
著者: Tom G Caniels / Madhu Prabhakaran / Gabriel Ozorowski / Kellie J MacPhee / Weiwei Wu / Karlijn van der Straten / Sashank Agrawal / Ronald Derking / Emma I M M Reiss / Katrina Millard / ...著者: Tom G Caniels / Madhu Prabhakaran / Gabriel Ozorowski / Kellie J MacPhee / Weiwei Wu / Karlijn van der Straten / Sashank Agrawal / Ronald Derking / Emma I M M Reiss / Katrina Millard / Martina Turroja / Aimee Desrosiers / Jeffrey Bethony / Elissa Malkin / Marinus H Liesdek / Annelou van der Veen / Michelle Klouwens / Jonne L Snitselaar / Joey H Bouhuijs / Rhianna Bronson / Jalen Jean-Baptiste / Suprabhath Gajjala / Zahra Rikhtegaran Tehrani / Alison Benner / Mukundhan Ramaswami / Michael O Duff / Yung-Wen Liu / Alicia H Sato / Ju Yeong Kim / Isabel J L Baken / Catarina Mendes Silva / Tom P L Bijl / Jacqueline van Rijswijk / Judith A Burger / Albert Cupo / Anila Yasmeen / Swastik Phulera / Wen-Hsin Lee / Kipchoge N Randall / Shiyu Zhang / Martin M Corcoran / Isabel Regadas / Alex C Sullivan / David M Brown / Jennifer A Bohl / Kelli M Greene / Hongmei Gao / Nicole L Yates / Sheetal Sawant / Jan M Prins / Neeltje A Kootstra / Stephen M Kaminsky / Burc Barin / Farhad Rahaman / Margaret Meller / Vince Philiponis / Dagna S Laufer / Angela Lombardo / Lindsey Mwoga / Solmaz Shotorbani / Drienna Holman / Richard A Koup / Per Johan Klasse / Gunilla B Karlsson Hedestam / Georgia D Tomaras / Marit J van Gils / David C Montefiori / Adrian B McDermott / Ollivier Hyrien / John P Moore / Ian A Wilson / Andrew B Ward / David J Diemert / Godelieve J de Bree / Sarah F Andrews / Marina Caskey / Rogier W Sanders /
要旨: A protective HIV vaccine will need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans, but priming rare bnAb precursor B cells has been challenging. In a double-blinded, placebo-controlled ...A protective HIV vaccine will need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans, but priming rare bnAb precursor B cells has been challenging. In a double-blinded, placebo-controlled phase 1 human clinical trial, the recombinant, germline-targeting envelope glycoprotein (Env) trimer BG505 SOSIP.v4.1-GT1.1, adjuvanted with AS01, induced bnAb precursors of the VRC01-class at a high frequency in the majority of vaccine recipients. These bnAb precursors, that target the CD4 receptor binding site, had undergone somatic hypermutation characteristic of the VRC01-class. A subset of isolated VRC01-class monoclonal antibodies neutralized wild-type pseudoviruses and was structurally extremely similar to bnAb VRC01. These results further support germline-targeting approaches for human HIV vaccine design and demonstrate atomic-level manipulation of B cell responses with rational vaccine design.
履歴
登録2024年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
H: 3G08 Fab Heavy Chain
L: 3G08 Fab Light Chain
C: eOD-GT8 engineered mutant of gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8225
ポリマ－66,3803
非ポリマー4422
水4,396244
1
C: eOD-GT8 engineered mutant of gp120
ヘテロ分子

H: 3G08 Fab Heavy Chain
L: 3G08 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8225
ポリマ－66,3803
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454x-1/2,y+1/2,z-11
Buried area4230 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.105, 44.474, 103.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 3G08 Fab Heavy Chain


分子量: 24247.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 3G08 Fab Light Chain


分子量: 22243.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 eOD-GT8 engineered mutant of gp120


分子量: 19889.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium formate, 10% ethylene glycol, 20% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→34.7 Å / Num. obs: 58145 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / Num. unique obs: 2800 / CC1/2: 0.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→34.7 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 2884 4.96 %
Rwork0.2055 --
obs0.2076 58131 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→34.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4358 0 28 244 4630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8661629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007789
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.770.33421350.29262655X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.80.3071380.27732572X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.830.33591490.26962593X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.860.29821310.25292639X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.30351460.24172586X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.940.27541370.23322616X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.990.25681280.21432602X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.040.23641360.20272622X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.090.26751400.2012607X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.160.26781390.20252613X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.230.23131300.20052645X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.30.26031330.20312622X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.40.2711360.20082599X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.510.26291410.20172608X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.640.23131390.2062684X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.80.2541100.20232618X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.020.22611470.2042632X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.320.23641520.20162617X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.80.22841500.19772659X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.790.20831270.17522679X-RAY DIFFRACTION100
4.79-34.70.24361400.20462779X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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