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- PDB-9mh6: Structure of N-3 aminoglycoside acetyltransferase XIa (AAC(3)-XIa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mh6
タイトルStructure of N-3 aminoglycoside acetyltransferase XIa (AAC(3)-XIa) in complex with acetylamino coenzyme A and gentamicin
要素Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI
キーワードTRANSFERASE / antibiotic resistance / aminoglycosides
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
gentamicin C1 / : / ACETATE ION / Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium striatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Zielinski, M. / Hemmings, M. / Golkar, T. / Blanchet, J. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-162365 カナダ
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Enzyme-mediated aminoglycoside resistance without target mimicry.
著者: Hemmings, M. / Zielinski, M. / Golkar, T. / Blanchet, J. / Pistofidis, A. / Munro, K. / Schmeing, T.M. / Bohle, D.S. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2024年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI
B: Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5496
ポリマ－33,4282
非ポリマー2,1224
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.372, 100.626, 39.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.624, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI


分子量: 16713.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium striatum (バクテリア)
遺伝子: CBE89_03745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K2X0F2
#2: 化合物 ChemComp-51G / gentamicin C1 / (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-({(2R,3R,6S)-3-amino-6-[(1R)-1-(methylamino)ethyl]tetrahydro-2H-pyran-2-yl}oxy)-2-hydrox ycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside


分子量: 477.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H43N5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-6IM / acetylamino coenzyme A / (3R)-4-({3-[(2-acetamidoethyl)amino]-3-oxopropyl}amino)-3-hydroxy-2,2-dimethyl-4-oxobutyl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)


分子量: 792.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H39N8O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 10-45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0-20% (v/v) PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→37.54 Å / Num. obs: 53576 / % possible obs: 97.38 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 15.39 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18.76
反射 シェル解像度: 1.37→1.419 Å / Num. unique obs: 5152 / CC1/2: 0.956

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→37.54 Å / SU ML: 0.1601 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 19.8372
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1901 1454 2.72 %
Rwork0.1625 52099 -
obs0.1632 53553 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→37.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2253 0 139 260 2652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01622803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.73613875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1035413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0149493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.1667423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.37-1.420.29131370.27294976X-RAY DIFFRACTION93.03
1.42-1.480.28131420.23145050X-RAY DIFFRACTION94.81
1.48-1.540.22711450.19715170X-RAY DIFFRACTION96.5
1.54-1.620.19471450.18765182X-RAY DIFFRACTION97.47
1.62-1.730.23621450.18655211X-RAY DIFFRACTION97.81
1.73-1.860.23151460.17045259X-RAY DIFFRACTION97.67
1.86-2.050.19311470.1555270X-RAY DIFFRACTION98.89
2.05-2.340.17191470.14355266X-RAY DIFFRACTION98.63
2.34-2.950.1851500.15265332X-RAY DIFFRACTION99.29
2.95-37.540.16451500.15095383X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.07720178709-1.75435630822-1.854350207142.622855396931.445366998174.75169206044-0.125177825910.0594305978276-0.3733783477490.002898006953550.01704217121570.1040784976850.4567519047970.009996595426420.1073041316420.157989492020.0001800850925490.01192066316490.0739424926187-0.0002453875814340.12974050357817.961558858129.637702980538.1948416384
24.866841827653.434213881965.559706001643.736536678554.848484321062.0164017115-0.09198465046321.03869993402-0.268088913152-0.5737981433270.568957882173-0.514088465653-0.624703788660.596641762567-0.4361320462310.282546847273-0.001225131218580.05908142027310.421791878958-0.05862711199150.25054467646928.016777174630.978519714930.2898269383
35.48830336205-1.95228902484-4.635839680116.050235275722.902059627292.09095754491-0.119446830104-0.24330954935-0.1254261913870.1970487833970.24776547282-0.4775222883040.04196428817230.425606211513-0.2098913014190.14673810373-0.00970804686672-0.01851852736340.232245356763-0.003355783555370.14613448672823.383997522336.964831498843.3243898584
44.39996650804-0.037895461184-0.08673831536459.015076346240.2802126041544.88704212880.0627994089094-0.188202496904-0.05614831315450.535675858192-0.0290066888548-0.03586930028950.1629129137930.00868141765408-0.07902697850590.1038301777740.003611271762030.003219464202120.09332574648730.02998694893610.058625522750913.253459306936.491580901340.592674362
51.46534952751-0.294085213933-0.319835733319.39264658801-0.6412187352670.928588644810.04304183243540.03105583033970.09278778833930.0156970200021-0.03623352785390.0312172122748-0.01593226197820.04227626916990.004010085040830.0935158524625-0.0168485246979-0.0175924844930.106517186432-0.00125404202090.070229484766812.935071889645.290537785732.4865913211
69.26194968014-3.410133165391.71809735983.14415438307-0.7526535233852.613917994490.04450481418590.63355094951-1.30410084146-0.1624423909290.08254446925910.3952364069270.979847320689-0.159928596744-0.1688035423410.358024693736-0.05434566673940.007936461122660.201845131151-0.1375426802510.3698267108429.4815575016322.150784108928.3096927726
73.42008530941-3.19760225568-2.207852050056.909188403873.12271044233.57231322464-0.0879259833837-0.02151302303-0.2361498931290.387360735559-0.01451546810010.5925683158420.260964541527-0.235809227970.1255286504230.120086454325-0.03225999481380.008737936935440.1453532497710.02076441809190.1372861544433.5933142586738.857278982534.4123949999
88.84503808612-5.18285137196-6.752817445627.9687417656.231292974822.55254793735-0.1341426576020.187672263744-0.3187755265430.03195934501740.02557153292620.1154904486950.2254519573210.02533534893250.03869241085550.1619068334110.0742492616138-0.01779920912390.1488357409730.0008101561094960.058924847224213.403039972442.779264100724.4431944003
98.368535311761.33779530963-3.448706678885.70504581381-1.547526539399.29870398926-0.2130721561310.766546590928-1.17101623623-0.3586903850130.0424008557182-0.2466386941150.460909988201-0.4010643459220.1118538009820.149417095516-0.0581585966580.004199044834850.27324282192-0.1082456916340.2504135803499.1810930496333.98390588618.8860868745
108.713547552054.8183176518-5.290564196297.38669800193-4.754418174382.172037287020.1562960341520.5791631021860.440766954188-0.0158782644228-0.02257491996980.421629884032-0.362247744827-0.708854341607-0.100176010180.1535549592640.010854313079-0.02932682745420.335064956546-0.01281564241470.1168296296748.1652528147945.745836748117.0484590851
119.73945628221.109607270658.570701300241.213620896080.7698355103837.742463334620.0335883303038-0.0581919128872-0.2099906311320.07036558975350.0206031691529-0.009090311760990.105246671973-0.166216868515-0.1545788044530.1037247203860.009105973206660.01817887503250.140450005818-0.005531015324240.092152106391924.499020157546.216271905220.4748240257
126.232707838950.190739881221.440830393992.39979414742-0.2218533177256.432500215430.07247393192790.3176659843070.4933768634640.0475221371970.0192868830244-0.0661627297216-0.494162384779-0.0424724142148-0.06125799592490.164068148548-0.006098657836480.01748711817140.08057911025750.02449442049980.2220657798818.878031390967.915315386226.7904616882
137.074762016-1.93374455161-9.095032773454.900770614274.063942038922.0011173749-0.340108763171.55680988629-0.0561964259251-0.2167269962140.2217516084720.4482344458480.20701721376-0.6418849706490.1032762673030.2892492630880.00771228289675-0.02352812432220.583654488091-0.06403745378570.4006760140066.2963348143763.34442131922.2361484012
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168.20771495649-0.123322674326-4.156615724050.1716035508530.1759772345732.83242239255-0.02939135210970.2111811885-0.00772445443070.0363757360218-0.0135869802435-0.03307153564550.09145243508670.003858661929960.03963358513240.1271164889220.00194962437149-0.01324635987780.1414965591280.0009832145002610.09646381599418.501564100643.156303706919.7725296911
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 28 )AA6 - 281 - 23
22chain 'A' and (resid 29 through 36 )AA29 - 3624 - 31
33chain 'A' and (resid 37 through 45 )AA37 - 4532 - 40
44chain 'A' and (resid 46 through 58 )AA46 - 5841 - 53
55chain 'A' and (resid 59 through 83 )AA59 - 8354 - 78
66chain 'A' and (resid 84 through 91 )AA84 - 9179 - 86
77chain 'A' and (resid 92 through 107 )AA92 - 10787 - 102
88chain 'A' and (resid 108 through 120 )AA108 - 120103 - 115
99chain 'A' and (resid 121 through 129 )AA121 - 129116 - 124
1010chain 'A' and (resid 130 through 139 )AA130 - 139125 - 134
1111chain 'A' and (resid 140 through 148 )AA140 - 148135 - 143
1212chain 'B' and (resid 6 through 29 )BD6 - 291 - 24
1313chain 'B' and (resid 30 through 36 )BD30 - 3625 - 31
1414chain 'B' and (resid 37 through 106 )BD37 - 10632 - 101
1515chain 'B' and (resid 107 through 130 )BD107 - 130102 - 125
1616chain 'B' and (resid 131 through 148 )BD131 - 148126 - 143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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