PDB-9mh5: Structure of N-3 aminoglycoside acetyltransferase XI (AAC(3)-XI) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mh5

タイトル

Structure of N-3 aminoglycoside acetyltransferase XI (AAC(3)-XI) in complex with coenzyme A and acetylated sisomicin

要素

Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI

キーワード

TRANSFERASE / antibiotic resistance / aminoglycosides

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium striatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Zielinski, M. / Hemmings, M. / Golkar, T. / Blanchet, J. / Berghuis, A.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Enzyme-mediated aminoglycoside resistance without target mimicry.
著者: Hemmings, M. / Zielinski, M. / Golkar, T. / Blanchet, J. / Pistofidis, A. / Munro, K. / Schmeing, T.M. / Bohle, D.S. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2024年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9mh5.ent.gz	162.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9mh5_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mh5_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9mh5_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	9mh5_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/9mh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/9mh5	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

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類似性 (5)
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類似性 (1)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
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生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI

B: Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI

ヘテロ分子

35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.489, 100.555, 39.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.550, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI 分子量: 16713.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium striatum (バクテリア) 遺伝子: CBE89_03745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K2X0F2
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DVM / acetylsisomicin / N-[(1S,2R,3R,4S,5R)-5-amino-2-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-4-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl]acetamide 分子量: 489.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₉N₅O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A 分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 10-45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0-20% (v/v) PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→50.28 Å / Num. obs: 44823 / % possible obs: 97.72 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.82 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 23.14
反射シェル	解像度: 1.46→1.512 Å / Num. unique obs: 4291 / CC_1/2: 0.982

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.46→50.28 Å / SU ML: 0.1507 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 17.7557
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1768	2191	4.9 %
R_work	0.1535	42540	-
obs	0.1546	44731	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→50.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2231	0	133	194	2558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0121	2684
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3824	3712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0914	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0109	485
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.4848	411

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.46-1.49	0.2509	147	0.2063	2545	X-RAY DIFFRACTION	95.26
1.49-1.53	0.2645	135	0.1809	2566	X-RAY DIFFRACTION	93.95
1.53-1.56	0.2213	141	0.1732	2561	X-RAY DIFFRACTION	95.17
1.56-1.61	0.2234	153	0.1681	2617	X-RAY DIFFRACTION	96.25
1.61-1.65	0.1952	137	0.1678	2594	X-RAY DIFFRACTION	97.29
1.65-1.71	0.2097	135	0.1673	2689	X-RAY DIFFRACTION	97.82
1.71-1.77	0.226	128	0.1741	2697	X-RAY DIFFRACTION	98.5
1.77-1.84	0.1691	136	0.1611	2632	X-RAY DIFFRACTION	98.37
1.84-1.92	0.18	131	0.1528	2678	X-RAY DIFFRACTION	98.25
1.92-2.02	0.1926	127	0.1464	2669	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.02-2.15	0.1841	122	0.1458	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.15-2.32	0.1461	135	0.1361	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.32-2.55	0.1787	142	0.1425	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.55-2.92	0.187	157	0.1501	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.92-3.68	0.1451	126	0.1507	2713	X-RAY DIFFRACTION	98.54
3.68-50.28	0.1722	139	0.1568	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.08321774078	-1.0271948596	-1.76943181505	2.36904217985	0.782734971377	4.87717699455	-0.109793555512	0.00166859702049	-0.295631961309	0.0218274775597	0.0195382982007	0.14602285037	0.380623005023	-0.0192919005863	0.138326235654	0.186800205022	-0.00157263830542	0.00879609287473	0.114204594861	0.00418489676294	0.175234370215	17.5327819985	29.795591344	38.6519326266
2	7.12273489683	4.5441048045	5.72596585756	4.79948422965	4.45852750412	7.80079057395	-0.288921516984	0.914710947008	-0.100913892208	-0.879687756548	0.506617782587	-0.516647771562	-0.942225237196	0.472287289172	-0.0505611196405	0.330631958692	0.00703659471577	0.0547640119602	0.351417056184	-0.046501408256	0.268057439908	28.0963154972	30.9885811218	30.0966006462
3	8.78516653093	-2.17980205957	0.446079396629	5.85318303493	0.626740323255	5.10051933917	-0.0432877556111	0.0660117670576	-0.171950149575	0.118996295319	0.146261007738	-0.146088639692	0.0907608964176	0.287328414134	-0.133227259247	0.199788845556	-0.0220719573317	-0.00203415849722	0.190141264278	-0.000383604338176	0.127582044158	22.5743866003	37.4550048154	43.5463127669
4	3.69571416926	-0.409994468434	-0.360827112783	5.80467997241	-0.238640646282	3.46382496505	0.016798548272	-0.20473182525	0.0171330303718	0.472891909369	-0.0684073017404	-0.181401950122	0.0334238567746	0.125504135761	0.0386412257592	0.134064835248	-0.0134160659168	-0.00728738547038	0.128207054414	0.00411350645012	0.0862261134729	13.832779615	38.4543966877	38.2869722409
5	1.80020653859	0.34335464097	-0.272611560536	9.4500529674	-0.341375821622	0.694460521644	-0.00920321167422	-0.0120686172656	0.149322012826	0.0416100371252	0.0719153747827	0.000981915208773	0.0436880000213	-0.0180545167375	-0.0557373702592	0.142791585773	-0.0136390622259	-0.0156956402198	0.161419076543	-0.00572842607154	0.108335661623	12.6089673552	46.5009475758	31.2985143035
6	3.28316230493	-0.462132540186	-0.0144564521039	7.67010260697	0.757308819049	2.60502844002	-0.0974881981809	0.196877218758	-0.390409715679	0.0719156390765	0.0925641320843	0.411481386409	0.355846829058	-0.292677229173	0.0309236865392	0.142503677285	-0.0582542421652	0.00846246259913	0.159759371963	-0.0112065327668	0.14324646338	5.9900876989	32.3727765715	31.7982378619
7	4.42895592751	-0.634113465467	-2.05977792348	3.16834944626	0.382622076583	2.5906565216	-0.069028363639	0.392353694397	-0.240578080463	-0.135684809426	-0.0414460787838	-0.0800483639398	0.235255903135	-0.309186663335	0.0995250254519	0.115146339339	-0.0185331657757	-0.0132665595434	0.153142982985	-0.0111990092061	0.0951183226238	12.1787385877	38.6973891497	22.4872180638
8	6.49496899828	2.3819955952	-4.20850052535	5.22184536538	-2.37622717622	6.97066145853	0.128072523759	0.900157603675	0.777569457655	-0.304030919122	0.0657546916492	0.531896991988	-0.424457422646	-0.864628601402	-0.21701580623	0.151820624742	0.0535608585531	-0.0363445203474	0.390223258044	0.0298970309511	0.182839974127	8.23232279122	45.6233332058	17.1350184062
9	9.14830924743	1.05749449957	7.07782737953	1.67538728968	0.233818364736	6.91457400337	0.0711604994511	-0.0915989348399	-0.238027349105	-0.0275561561795	0.0130487708972	-0.0495120477689	0.12414552392	-0.0733068722228	-0.111676139037	0.127087988806	0.0165325535809	0.0236896019481	0.148240332958	-0.00301132113847	0.109748889652	24.6156642018	46.1695644803	20.5829845216
10	2.57647673841	0.820795902345	-1.61021038195	1.19631358243	-0.0674998381291	2.20905710279	-0.0294073011753	0.202901806166	0.495658737752	-0.067115198326	0.000240267943264	0.0486111752548	-0.645867329828	-0.0786468255227	0.0060367634363	0.234192244476	0.00504607979142	-0.0179321958172	0.132389057871	0.00599177081566	0.300464541637	19.4365616366	68.4009665861	27.2067438597
11	3.13744218412	-0.290840965429	-4.04109891745	2.42542189769	2.34971228601	9.42606189443	-0.758488998187	1.55955133369	-0.417331437738	-0.125612747163	-0.052228467635	0.794794407188	0.101618673714	-1.11074146628	0.605041360109	0.384828033325	-0.048068358384	0.0252636069982	0.839859209058	-0.178530060669	0.627430820145	7.42096807258	63.0897484575	21.4935155386
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14	2.72362546984	-0.38958532091	1.25672957034	6.48567110874	-5.42399736887	7.46879861526	-0.085172574638	0.0115585098732	0.226360263581	0.350637297408	-0.286892315013	-0.536911716933	-0.351996797379	0.460295358817	0.427362679441	0.151072365681	-0.0367620939294	-0.0189195925716	0.148202965507	0.0191886713269	0.22361272302	32.9819447611	58.7336664452	28.1740962411
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16	6.288722711	0.770364253199	-3.1609029366	0.275017681166	-0.398013199781	2.1152046112	0.011856849964	0.15051415681	0.0469431231245	-0.0125828849077	-0.0517517300441	-0.0177992683574	0.0553169264914	-0.0275601252857	0.0182700972087	0.143174945334	0.00521813748025	-0.0153142208823	0.186866986315	-0.000566312952471	0.101111607581	18.896359497	42.6669530245	19.9183017289

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 6 through 28 )	A	A	6 - 28	1 - 23
2	2	chain 'A' and (resid 29 through 36 )	A	A	29 - 36	24 - 31
3	3	chain 'A' and (resid 37 through 46 )	A	A	37 - 46	32 - 41
4	4	chain 'A' and (resid 47 through 66 )	A	A	47 - 66	42 - 61
5	5	chain 'A' and (resid 67 through 83 )	A	A	67 - 83	62 - 78
6	6	chain 'A' and (resid 84 through 106 )	A	A	84 - 106	79 - 101
7	7	chain 'A' and (resid 107 through 129 )	A	A	107 - 129	102 - 124
8	8	chain 'A' and (resid 130 through 139 )	A	A	130 - 139	125 - 134
9	9	chain 'A' and (resid 140 through 148 )	A	A	140 - 148	135 - 143
10	10	chain 'B' and (resid 6 through 28 )	B	D	6 - 28	1 - 23
11	11	chain 'B' and (resid 29 through 36 )	B	D	29 - 36	24 - 31
12	12	chain 'B' and (resid 37 through 47 )	B	D	37 - 47	32 - 42
13	13	chain 'B' and (resid 48 through 91 )	B	D	48 - 91	43 - 86
14	14	chain 'B' and (resid 92 through 106 )	B	D	92 - 106	87 - 101
15	15	chain 'B' and (resid 107 through 130 )	B	D	107 - 130	102 - 125
16	16	chain 'B' and (resid 131 through 148 )	B	D	131 - 148	126 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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