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万見
- PDB-9mh0: Dunaliella salina PSI-LHCI supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mh0
タイトルDunaliella salina PSI-LHCI supercomplex
要素
  • (Photosystem I ...) x 4
  • Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • LHCA2
  • LHCA3
  • LHCA7
  • LHCA8
  • LHCA9
  • PSAD1
  • PSAE1
  • PSAF1
  • PSAG1
  • PSAH1
  • PSAI1
  • PSAK1
  • PSAL1
キーワードPHOTOSYNTHESIS / iron homeostasis / membrane protein / photosystem I / Dunaliella / green alga / PSI-LHCI supercomplex / TIDI / thylakoid iron-deficiency induced protein / photosynthetic apparatus / eukaryotes
機能・相同性
機能・相同性情報


1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Tripalmitoylglycerol / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LMK ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Tripalmitoylglycerol / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LMK / Chem-LUT / octadecanal / PHYLLOQUINONE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Chem-XAT
類似検索 - 構成要素
生物種Dunaliella salina (しおひげむし)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu, H.W. / Khera, R. / Iwai, M. / Merchant, S.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0020627 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: A distinct LHCI arrangement is recruited to photosystem I in Fe-starved green algae.
著者: Helen W Liu / Radhika Khera / Patricia Grob / Sean D Gallaher / Samuel O Purvine / Carrie D Nicora / Mary S Lipton / Krishna K Niyogi / Eva Nogales / Masakazu Iwai / Sabeeha S Merchant /
要旨: Iron (Fe) availability limits photosynthesis at a global scale where Fe-rich photosystem (PS) I abundance is drastically reduced in Fe-poor environments. We used single-particle cryoelectron ...Iron (Fe) availability limits photosynthesis at a global scale where Fe-rich photosystem (PS) I abundance is drastically reduced in Fe-poor environments. We used single-particle cryoelectron microscopy to reveal a unique Fe starvation-dependent arrangement of light-harvesting chlorophyll (LHC) proteins where Fe starvation-induced TIDI1 is found in an additional tetramer of LHC proteins associated with PSI in and . These cosmopolitan green algae are resilient to poor Fe nutrition. TIDI1 is a distinct LHC protein that co-occurs in diverse algae with flavodoxin (an Fe-independent replacement for the Fe-containing ferredoxin). The antenna expansion in eukaryotic algae we describe here is reminiscent of the iron-starvation induced (encoding) antenna ring in cyanobacteria, which typically co-occurs with , encoding flavodoxin. Our work showcases the convergent strategies that evolved after the Great Oxidation Event to maintain PSI capacity.
履歴
登録2024年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2: LHCA2
3: LHCA3
7: LHCA7
8: LHCA8
9: LHCA9
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: PSAD1
E: PSAE1
F: PSAF1
G: PSAG1
H: PSAH1
I: PSAI1
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: PSAK1
L: PSAL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)714,598309
ポリマ－481,46918
非ポリマー233,128291
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 14種, 14分子 123789DEFGHIKL

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 24682.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#2: タンパク質 LHCA2


分子量: 28730.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#3: タンパク質 LHCA3


分子量: 33947.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#4: タンパク質 LHCA7


分子量: 27723.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#5: タンパク質 LHCA8


分子量: 27496.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#6: タンパク質 LHCA9


分子量: 24326.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#10: タンパク質 PSAD1


分子量: 22024.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#11: タンパク質 PSAE1


分子量: 13525.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#12: タンパク質 PSAF1


分子量: 25280.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#13: タンパク質 PSAG1


分子量: 15118.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#14: タンパク質 PSAH1


分子量: 14769.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#15: タンパク質 PSAI1


分子量: 11271.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#17: タンパク質 PSAK1


分子量: 12714.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#18: タンパク質 PSAL1


分子量: 21413.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)

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Photosystem I ... , 4種, 4分子 ABCJ

#7: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1


分子量: 83109.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: photosystem I
#8: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2


分子量: 81873.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: photosystem I
#9: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center


分子量: 8848.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: photosystem I
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4614.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)

-
糖 , 2種, 7分子

#29: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 16種, 284分子

#19: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#23: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物 ChemComp-LMK / trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium


分子量: 773.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H94NO7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#34: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#35: 化合物 ChemComp-OCD / octadecanal / オクタデカナ-ル


分子量: 268.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物 ChemComp-4RF / Tripalmitoylglycerol / propane-1,2,3-triyl trihexadecanoate / トリパルミチン


分子量: 807.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H98O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN
配列の詳細Sequences not on Uniprot but can be found in the genome accession number GSE222140 on NCBI Gene ...Sequences not on Uniprot but can be found in the genome accession number GSE222140 on NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dunaliella salina PSI-LHCI supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5371

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM画像取得
4RELIONCTF補正
7Coot0.9.8.7モデルフィッティング
9PHENIX1.21.1モデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1589373
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98784 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 6SL5

6sl5


Accession code: 6SL5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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