PDB-9mgt: Structure of N-3 aminoglycoside acetyltransferase XIa (AAC(3)-XIa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mgt

タイトル

Structure of N-3 aminoglycoside acetyltransferase XIa (AAC(3)-XIa) in complex with coenzyme A and tobramycin

要素

Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI

キーワード

TRANSFERASE / antibiotic resistance / aminoglycosides

機能・相同性

: / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / COENZYME A / TOBRAMYCIN / Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium striatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Zielinski, M. / Hemmings, M. / Golkar, T. / Blanchet, J. / Berghuis, A.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Enzyme-mediated aminoglycoside resistance without target mimicry.
著者: Hemmings, M. / Zielinski, M. / Golkar, T. / Blanchet, J. / Pistofidis, A. / Munro, K. / Schmeing, T.M. / Bohle, D.S. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2024年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mgt.cif.gz	186.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mgt.ent.gz	153.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mgt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mgt_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mgt_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9mgt_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	9mgt_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/9mgt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/9mgt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9mgsC 9mguC 9mh3C 9mh5C 9mh6C 9mh7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI

B: Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI

ヘテロ分子

35.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.179, 101.598, 39.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(3)-XI 分子量: 16713.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium striatum (バクテリア) 遺伝子: CBE89_03745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K2X0F2
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TOY / TOBRAMYCIN / 4-AMINO-2-[4,6-DIAMINO-3-(3-AMINO-6-AMINOMETHYL-5-HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY]-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,5-DIOL 分子量: 467.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₇N₅O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 10-45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0-20% (v/v) PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→32.07 Å / Num. obs: 19238 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 18.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.82 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18.58
反射シェル	解像度: 1.96→2.03 Å / Num. unique obs: 1900 / CC_1/2: 0.945

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→32.07 Å / SU ML: 0.1654 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.469 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1877	1270	6.64 %
R_work	0.1433	-	-
obs	0.1462	19127	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→32.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2216	0	128	276	2620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	2495
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1324	3424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.947	362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	386
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	430

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.04	0.2065	138	0.1592	1939	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.04-2.13	0.2052	137	0.1483	1979	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.13-2.24	0.2029	141	0.1357	1965	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.24-2.38	0.2052	143	0.1381	1987	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.38-2.57	0.1982	140	0.1431	1973	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.57-2.83	0.2015	142	0.1498	2010	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.83-3.23	0.1972	142	0.1446	1978	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.24-4.07	0.1539	141	0.1293	1998	X-RAY DIFFRACTION	99.53
4.08-32.07	0.1774	146	0.1504	2028	X-RAY DIFFRACTION	99.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4457	-1.4647	-1.7503	2.3618	-0.944	4.6239	0.2714	0.3689	0.2606	-0.0932	0.0515	0.1038	-0.2671	-0.609	-0.269	0.2017	0.0316	0.0104	0.1512	0.0432	0.2177	16.3491	66.7895	25.194
2	3.9887	1.6385	0.5111	4.6432	0.2313	5.7137	0.294	-0.297	0.3237	0.3743	0.149	0.1359	-0.3451	-0.1935	-0.3591	0.1928	0.008	0.0365	0.0896	-0.0323	0.2209	14.4725	63.8482	35.4218
3	1.4487	-0.4981	-0.2588	6.4946	-1.7381	2.447	0.0035	-0.0454	0.0868	0.3303	0.0141	0.1431	-0.2249	-0.0279	-0.0321	0.0548	-0.0283	-0.0008	0.0728	-0.0231	0.0801	24.1112	54.8306	31.9598
4	2.094	-0.1545	0.2122	4.194	-2.3594	3.8102	-0.0243	0.1143	0.2605	-0.0077	-0.0223	-0.1534	-0.3306	-0.005	0.0352	0.1138	-0.0002	0.0119	0.0518	0.0108	0.0994	28.1481	60.2509	23.5207
5	2.9958	0.4381	1.5262	1.7784	0.1651	3.6712	-0.0772	0.3222	0.1831	-0.3023	0.1108	0.0669	-0.1739	-0.1184	-0.0558	0.0998	0.0076	-0.0119	0.1104	0.0395	0.1495	25.3483	51.5682	18.0229
6	4.9026	0.4897	-2.364	0.1261	-0.3723	1.5945	-0.0436	0.1166	0.0393	0.0236	-0.0135	-0.0227	0.1508	-0.0258	0.0417	0.0846	-0.0046	-0.02	0.1283	-0.0152	0.0522	18.593	42.5598	19.3175
7	1.5028	-0.215	-0.073	2.5072	1.1469	3.3254	0.0145	0.0888	-0.4353	0.0406	0.068	-0.1612	0.2762	0.28	-0.0475	0.1277	0.0257	0.0001	0.1074	-0.0301	0.1671	20.9095	31.5697	38.1581
8	4.8583	-0.1713	-0.1607	2.3251	-0.5492	4.2405	0.0516	-0.2406	0.0328	0.5952	0.0286	-0.2152	0.0723	-0.0249	-0.0853	0.1446	-0.0082	-0.0005	0.0886	-0.0006	0.0972	13.3167	36.697	40.5646
9	2.189	-0.2767	-0.1023	3.9634	0.0605	1.4517	-0.0975	0.0714	-0.0081	0.0681	0.0911	0.1294	0.1403	-0.0991	-0.0287	0.0746	-0.0246	-0.0081	0.0885	-0.0081	0.0415	9.7579	40.1242	31.8769
10	2.42	0.011	0.1974	0.3708	-0.1827	2.944	-0.1709	0.3153	-0.1944	-0.0809	-0.092	0.0704	0.4538	-0.3526	-0.0795	0.0934	-0.0654	-0.0205	0.2371	-0.0748	0.0896	11.0343	36.5552	18.8502
11	5.5252	2.5179	2.2925	3.1812	1.6112	5.0338	-0.097	0.0805	0.1406	-0.0973	0.0847	0.2267	-0.0081	-0.3866	-0.0552	0.1001	0.0007	0.0277	0.1093	0.0373	0.0748	21.8232	46.4794	18.4226

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 148 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 7 through 45 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 46 through 58 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 59 through 113 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 114 through 135 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 136 through 148 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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