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- PDB-9mfn: Crystal Structure of ADI-64596 (human Fab, with substituted IgG1-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mfn
タイトルCrystal Structure of ADI-64596 (human Fab, with substituted IgG1-CH1 (HC-L145Q, K147E, and S181E) and substituted kappa constant domain (LC-T129R, T178R, and T180Q))
要素
  • ADI-64596 Fab heavy chain
  • ADI-64596 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性BROMIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Battles, M.B. / Welin, M. / Laursen, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2025
タイトル: Design of orthogonal constant domain interfaces to aid proper heavy/light chain pairing of bispecific antibodies.
著者: Barlow, K.A. / Battles, M.B. / Brown, M.E. / Canfield, K. / Lu, X. / Lynaugh, H. / Morrill, M. / Rappazzo, C.G. / Reyes, S.P. / Sandberg, C. / Sharkey, B. / Strong, C. / Zhao, J. / Sivasubramanian, A.
履歴
登録2024年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ADI-64596 Fab heavy chain
L: ADI-64596 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5447
ポリマ－47,0922
非ポリマー4525
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.594, 65.594, 96.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: 抗体 ADI-64596 Fab heavy chain


分子量: 23573.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: substituted IgG1-CH1 (HC-L145Q, K147E, and S181E / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 ADI-64596 Fab light chain


分子量: 23519.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: substituted kappa constant domain (LC-T129R, T178R, and T180Q
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 % / 解説: needle-like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ADI-64596 (human Fab) was received at a concentration of 11.35 mg/mL in a buffer containing 2 mM Tris-HCl pH 8.0 and 150 mM NaCl. The PACT, BCS, and JCSG+ screens (all from Molecular ...詳細: ADI-64596 (human Fab) was received at a concentration of 11.35 mg/mL in a buffer containing 2 mM Tris-HCl pH 8.0 and 150 mM NaCl. The PACT, BCS, and JCSG+ screens (all from Molecular Dimensions Ltd.) were initially set up using a mosquito crystallization robot (STP Labtech). Since crystals obtained from these initial screens only gave rise to low-resolution X-ray diffraction, crystal seed solutions were prepared and applied in the setup of the BCS, PACT, and Additive Screens (Hampton Research). Sitting drops of 160 nL protein and 160 nL precipitant solution were left to equilibrate against a 40 uL reservoir at 20 degrees C. After a few days, plate- and needle-like crystals appeared in several conditions. The precipitant solution giving rise to the best-diffracting crystal contained 75 mM Tris pH 8.5, 25 mM Bis-Tris-propane pH 8.5, 22.5% (v/v) PEG Smear Low, 5% (w/v) PEG3350, and 50 mM NaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→96.79 Å / Num. obs: 208056 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 19723 / CC1/2: 0.537 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→48.99 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 879 4.53 %
Rwork0.2083 --
obs0.2089 19398 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3237 0 17 38 3292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5514558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5041207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.50.37641340.33173090X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.690.33051440.30973076X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.960.40121080.26313146X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.390.29781410.26553093X-RAY DIFFRACTION100
3.39-4.260.22121560.19093065X-RAY DIFFRACTION100
4.27-48.990.15281960.14723049X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0298-1.7868-3.0483.54332.72392.7658-0.6648-0.22290.95160.2017-0.36520.1453-0.0823-1.24030.84530.39180.0819-0.11610.7217-0.2260.7282.6643-7.2653-9.416
23.7897-4.65743.08687.9902-1.14385.7720.0357-0.11162.3248-0.2036-1.1822-0.8011-0.9174-0.39880.33650.48540.0512-0.19380.4876-0.18031.046911.2684-1.5554-4.6267
31.2396-0.41461.3970.7596-0.1581.7632-0.7306-0.45361.1663-0.024-0.6577-0.1362-0.9135-0.64370.03340.87210.3846-0.57960.6497-0.31571.83484.79325.6356-7.9006
45.3941-0.62690.8773.22920.9384.7705-0.6112-0.33621.89260.1826-0.08750.066-0.1913-0.85730.45250.4140.0801-0.11340.5811-0.15010.80077.3038-4.9995-6.369
54.5692-1.96131.6185.5582-2.32714.91010.65040.6011-0.5477-0.775-0.07970.05811.0019-0.1071-0.58410.5542-0.0433-0.18760.65650.14050.396416.3018-28.6158-19.5502
63.8495-0.37320.33454.4175-0.67053.4220.4045-0.1444-0.50710.40450.08920.21760.7817-0.4787-0.42750.6107-0.0826-0.12360.57910.22590.414816.4055-31.5727-11.4675
76.4416-2.36231.76243.1179-4.07025.85820.5204-0.3877-1.3534-0.26110.42611.45640.9459-0.9512-0.8270.6075-0.1764-0.16950.69930.23940.61178.8631-32.6765-16.0648
81.02420.3065-0.19530.40860.66021.3229-0.6987-1.00422.02760.8019-0.2635-0.9861-0.59320.3903-0.65530.69330.27-0.55770.6595-0.72521.415125.3814-3.67147.8748
91.2240.36580.28130.82950.3743.0707-0.6873-1.2621.86090.49930.5879-0.34090.0293-0.53440.28180.68990.3687-0.34180.7239-0.59731.049519.185-7.1389.487
108.8522-2.1665-2.96396.60922.49141.51770.5464-0.48580.8351-0.6563-0.08880.06480.47170.3210.75340.75870.3265-0.41990.637-0.22150.28931.5017-24.2534.6763
111.7551-0.7004-1.06093.34971.74036.05650.150.2017-0.06140.05440.2631-0.09130.8343-0.1032-0.39950.66580.1021-0.25040.450.01120.410228.9853-34.3464-14.4489
124.42670.0313-2.53864.71713.32673.839-0.0842-0.35850.05480.33080.7142-0.69931.02010.966-0.73870.53080.1174-0.13150.6209-0.06140.505236.063-30.6369-19.3957
131.9955-0.6046-0.24840.9208-0.47323.76130.13850.13580.08590.13280.5483-0.16131.23680.1678-0.58970.74050.1267-0.30010.5434-0.06950.537631.937-35.5453-13.7535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 2 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 34 through 53 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 54 through 74 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 75 through 115 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 116 through 151 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 152 through 199 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 200 through 219 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 1 through 38 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 39 through 101 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 102 through 113 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 114 through 150 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 151 through 163 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 164 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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