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- PDB-9mfg: Complex of IL23 receptor and VHH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mfg
タイトルComplex of IL23 receptor and VHH
要素
  • Interleukin-23 receptor
  • VHH
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunology / IBD / inflammatory bowel disease
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin receptor activity / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-23 receptor complex / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation ...prolactin receptor activity / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-23 receptor complex / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / negative regulation of interleukin-10 production / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / peptide hormone binding / response to type II interferon / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interleukin-12 production / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / receptor complex / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Interleukin-23 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Wallweber, H.A. / Koerber, J.T. / Ota, N. / Davies, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Engineering a protease-stable, oral single-domain antibody to inhibit IL-23 signaling.
著者: Ota, N. / Davies, C.W. / Kang, J. / Yan, D. / Scherl, A. / Wong, A. / Cook, R. / Tao, X. / Dunlap, D. / Klabunde, S. / Mantik, P. / Mohanan, V. / Lin, W. / McBride, J. / Sadekar, S. / Storek, ...著者: Ota, N. / Davies, C.W. / Kang, J. / Yan, D. / Scherl, A. / Wong, A. / Cook, R. / Tao, X. / Dunlap, D. / Klabunde, S. / Mantik, P. / Mohanan, V. / Lin, W. / McBride, J. / Sadekar, S. / Storek, K.M. / Lupardus, P. / Ye, Z. / Ackerly Wallweber, H. / Kiefer, J.R. / Xu, M. / Chan, P. / Nagapudi, K. / Yi, T. / Koerber, J.T.
履歴
登録2024年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-23 receptor
B: Interleukin-23 receptor
C: Interleukin-23 receptor
D: Interleukin-23 receptor
E: VHH
F: VHH
G: VHH
H: VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,83834
ポリマ－193,7028
非ポリマー9,13726
水1,62190
1
A: Interleukin-23 receptor
G: VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9798
ポリマ－48,4252
非ポリマー1,5546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area20440 Å2
手法PISA
2
B: Interleukin-23 receptor
H: VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0667
ポリマ－48,4252
非ポリマー2,6405
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint33 kcal/mol
Surface area21720 Å2
手法PISA
3
C: Interleukin-23 receptor
F: VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0578
ポリマ－48,4252
非ポリマー2,6316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
4
D: Interleukin-23 receptor
E: VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,73711
ポリマ－48,4252
非ポリマー2,3119
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area21020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.313, 403.472, 84.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Interleukin-23 receptor / IL-23 receptor / IL-23R


分子量: 35286.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL23R / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5VWK5
#2: 抗体
VHH


分子量: 13138.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 6種, 18分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DManpa1-3[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a6-d1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 98分子

#9: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris (pH 8.5), 16% 606 PEG4000, 200 mM Li2SO4, 200 mM NaSCN and was cryoprotected with 25% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→35 Å / Num. obs: 74785 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 225294
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.91.70.50719700.3950.7530.4150.6590.68547.1
2.9-2.951.80.51525010.4160.7670.420.6680.76259.7
2.95-3.0120.47728040.5160.8250.3750.610.74765.9
3.01-3.072.10.42329780.6530.8890.320.5330.78771.6
3.07-3.142.20.3933020.690.9040.2930.4910.80578
3.14-3.212.30.34634830.7880.9390.2570.4340.78882.8
3.21-3.292.40.30836890.8570.9610.2210.3810.86587.4
3.29-3.382.60.28138700.8710.9650.1960.3440.91591.9
3.38-3.482.80.25440290.9010.9740.1710.3080.92496.3
3.48-3.593.10.2440940.9310.9820.1540.2870.95297.4
3.59-3.723.20.21641570.9430.9850.1330.2560.98397.9
3.72-3.873.30.18641400.9620.990.1120.2180.99897.4
3.87-4.043.30.1641060.9720.9930.0970.1881.06196.7
4.04-4.263.10.12440240.9770.9940.080.1491.16994.4
4.26-4.523.60.1142160.9830.9960.0660.1291.1999
4.52-4.873.80.10242280.9860.9970.0580.1181.22198.9
4.87-5.363.80.09542740.9850.9960.0540.111.16699
5.36-6.133.70.09542650.9840.9960.0540.111.19198.5
6.13-7.713.50.08442630.9880.9970.0490.0981.20397.3
7.71-353.60.05743920.9930.9980.0340.0671.29195.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→34.97 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2457 3590 4.84 %
Rwork0.2039 --
obs0.206 74222 87.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→34.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12779 0 597 90 13466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75118758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2875304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.890.3913690.35151365X-RAY DIFFRACTION44
2.89-2.930.38730.32121678X-RAY DIFFRACTION54
2.93-2.970.34741020.31121862X-RAY DIFFRACTION62
2.97-3.010.3344790.30522103X-RAY DIFFRACTION66
3.01-3.060.34431280.2922102X-RAY DIFFRACTION70
3.06-3.110.36761230.30532337X-RAY DIFFRACTION76
3.11-3.160.3371160.29332414X-RAY DIFFRACTION79
3.16-3.220.32481210.29232576X-RAY DIFFRACTION83
3.22-3.280.35291470.27392663X-RAY DIFFRACTION87
3.28-3.350.32011660.25572770X-RAY DIFFRACTION91
3.35-3.420.2931400.25932883X-RAY DIFFRACTION94
3.42-3.50.28771560.22942980X-RAY DIFFRACTION96
3.5-3.590.31151530.2292971X-RAY DIFFRACTION97
3.59-3.690.27511420.21843044X-RAY DIFFRACTION97
3.69-3.790.27421420.2123026X-RAY DIFFRACTION97
3.79-3.920.26351580.20223014X-RAY DIFFRACTION97
3.92-4.060.25221480.18113021X-RAY DIFFRACTION96
4.06-4.220.2081710.15522920X-RAY DIFFRACTION94
4.22-4.410.19491500.14833025X-RAY DIFFRACTION98
4.41-4.640.17511420.14463115X-RAY DIFFRACTION99
4.64-4.930.18821580.14193079X-RAY DIFFRACTION99
4.93-5.310.18431480.15163138X-RAY DIFFRACTION99
5.31-5.840.18851720.16733121X-RAY DIFFRACTION99
5.84-6.680.23871740.19193089X-RAY DIFFRACTION98
6.68-8.40.2221330.21793077X-RAY DIFFRACTION94
8.4-34.970.23081790.22643259X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7330.53180.93032.34540.70651.567-0.1149-0.10160.20350.14590.08160.0893-0.03160.153200.57780.01280.04310.46040.06960.477846.802839.25989.536
20.84380.0644-0.00274.40790.80951.0193-0.1252-0.1751-0.1948-0.05610.09280.37350.1725-0.2745-0.00020.49440.0014-0.03160.54960.13060.673818.0559.64375.0266
30.5839-0.2894-0.65320.2408-0.85582.32980.10870.501-0.0989-0.8507-0.03550.25371.05220.0866-0.00011.2126-0.038-0.14860.77890.06360.82320.4674-7.356-20.9157
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80.12440.3021-0.0067-0.0491-0.31630.525-0.08930.5980.1584-0.32590.1192-0.16270.43421.3570.00181.00950.08090.07221.08250.15550.763627.898586.2971-44.7141
94.08440.72510.7541.0479-0.8251.4986-0.07750.03380.2594-0.00940.00030.10720.1396-0.1182-00.60130.0353-0.10450.4567-0.09740.64270.809936.47258.7183
101.92450.19310.86030.44730.11361.8824-0.1181-0.2053-0.02750.01130.0604-0.04960.41720.597900.61430.10910.02620.72310.05040.431730.614115.93322.1548
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131.2143-1.5836-1.13762.31350.81740.90790.03580.1918-0.16030.0383-0.07970.3686-0.0513-0.26070.00010.4838-0.0022-0.03630.570.08930.494715.283888.34026.9898
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 122 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 123 through 216 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 217 through 317 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 25 through 110 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 111 through 156 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 157 through 200 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 201 through 298 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 299 through 322 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 25 through 110 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 111 through 222 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 223 through 319 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 25 through 110 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 111 through 230 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 231 through 317 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 1 through 39 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 40 through 52 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 53 through 82 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 83 through 90 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 91 through 120 )
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21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 40 through 52 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 53 through 82 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 83 through 98 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 99 through 113 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 114 through 120 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 1 through 17 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 18 through 39 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 40 through 51 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 52 through 72 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 73 through 90 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 91 through 98 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 99 through 113 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 114 through 120 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 1 through 16 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 17 through 51 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 52 through 66 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 67 through 83 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 84 through 90 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 91 through 98 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 99 through 113 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 114 through 120 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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