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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9mfg | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Complex of IL23 receptor and VHH | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / immunology / IBD / inflammatory bowel disease | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationprolactin receptor activity / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-23 receptor complex / positive regulation of memory T cell differentiation / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / cytokine receptor activity ...prolactin receptor activity / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-23 receptor complex / positive regulation of memory T cell differentiation / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / negative regulation of interleukin-10 production / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / peptide hormone binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to type II interferon / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / receptor complex / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.85 Å | ||||||
Authors | Kiefer, J.R. / Wallweber, H.A. / Koerber, J.T. / Ota, N. / Davies, C. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2025Title: Engineering a protease-stable, oral single-domain antibody to inhibit IL-23 signaling. Authors: Ota, N. / Davies, C.W. / Kang, J. / Yan, D. / Scherl, A. / Wong, A. / Cook, R. / Tao, X. / Dunlap, D. / Klabunde, S. / Mantik, P. / Mohanan, V. / Lin, W. / McBride, J. / Sadekar, S. / ...Authors: Ota, N. / Davies, C.W. / Kang, J. / Yan, D. / Scherl, A. / Wong, A. / Cook, R. / Tao, X. / Dunlap, D. / Klabunde, S. / Mantik, P. / Mohanan, V. / Lin, W. / McBride, J. / Sadekar, S. / Storek, K.M. / Lupardus, P. / Ye, Z. / Ackerly Wallweber, H. / Kiefer, J.R. / Xu, M. / Chan, P. / Nagapudi, K. / Yi, T. / Koerber, J.T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9mfg.cif.gz | 944.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9mfg.ent.gz | 805 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9mfg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9mfg_validation.pdf.gz | 4.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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| Full document | 9mfg_full_validation.pdf.gz | 4.4 MB | Display | |
| Data in XML | 9mfg_validation.xml.gz | 72.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 9mfg_validation.cif.gz | 89.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/9mfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/9mfg | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9mdzC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein / Antibody , 2 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 35286.934 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL23R / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q5VWK5#2: Antibody | Mass: 13138.472 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Sugars , 6 types, 18 molecules 
| #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | Type: oligosaccharide / Mass: 732.682 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | Type: oligosaccharide / Mass: 732.682 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Type: oligosaccharide / Mass: 529.490 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 98 molecules 






| #9: Chemical | ChemComp-SCN / #10: Chemical | ChemComp-GOL / | #11: Chemical | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.62 Å3/Da / Density % sol: 73.38 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris (pH 8.5), 16% 606 PEG4000, 200 mM Li2SO4, 200 mM NaSCN and was cryoprotected with 25% glycerol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 103 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.85→35 Å / Num. obs: 74785 / % possible obs: 87.8 % / Redundancy: 3 % / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 225294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.85→34.97 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.24 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→34.97 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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Trichoplusia ni (cabbage looper)