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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9mfg | ||||||
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Title | Complex of IL23 receptor and VHH | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / immunology / IBD / inflammatory bowel disease | ||||||
Function / homology | ![]() prolactin receptor activity / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-23 receptor complex / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation ...prolactin receptor activity / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-23 receptor complex / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / negative regulation of interleukin-10 production / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / peptide hormone binding / response to type II interferon / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interleukin-12 production / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / receptor complex / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kiefer, J.R. / Wallweber, H.A. / Koerber, J.T. / Ota, N. / Davies, C. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Engineering a protease-stable, oral single-domain antibody to inhibit IL-23 signaling. Authors: Ota, N. / Davies, C.W. / Kang, J. / Yan, D. / Scherl, A. / Wong, A. / Cook, R. / Tao, X. / Dunlap, D. / Klabunde, S. / Mantik, P. / Mohanan, V. / Lin, W. / McBride, J. / Sadekar, S. / ...Authors: Ota, N. / Davies, C.W. / Kang, J. / Yan, D. / Scherl, A. / Wong, A. / Cook, R. / Tao, X. / Dunlap, D. / Klabunde, S. / Mantik, P. / Mohanan, V. / Lin, W. / McBride, J. / Sadekar, S. / Storek, K.M. / Lupardus, P. / Ye, Z. / Ackerly Wallweber, H. / Kiefer, J.R. / Xu, M. / Chan, P. / Nagapudi, K. / Yi, T. / Koerber, J.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 9mdzC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Antibody , 2 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 35286.934 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 13138.472 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 6 types, 18 molecules 
#3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | Type: oligosaccharide / Mass: 732.682 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | Type: oligosaccharide / Mass: 732.682 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Type: oligosaccharide / Mass: 529.490 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 4 types, 98 molecules 






#9: Chemical | ChemComp-SCN / #10: Chemical | ChemComp-GOL / | #11: Chemical | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.62 Å3/Da / Density % sol: 73.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris (pH 8.5), 16% 606 PEG4000, 200 mM Li2SO4, 200 mM NaSCN and was cryoprotected with 25% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 103 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.85→35 Å / Num. obs: 74785 / % possible obs: 87.8 % / Redundancy: 3 % / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 225294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→34.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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