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万見
- PDB-9mfe: cryoEM structure of Escherichia phage YDC107 tail core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mfe
タイトルcryoEM structure of Escherichia phage YDC107 tail core
要素Major tail protein V
キーワードVIRAL PROTEIN / phage tail / bacteriophage / E. coli phage / YDC107 / helical tail / VIRUS
機能・相同性Lambda phage tail tube protein / Lambda phage tail tube protein, TTP / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Major tail protein V
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage YDC107_1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Kopylov, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Simons FoundationSF349247 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification and cryoEM structure determination of Escherichia phage YDC107 tail found in a bacteria-contaminated buffer
著者: Kopylov, M. / Jenkins, M.C.
履歴
登録2024年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major tail protein V
B: Major tail protein V
C: Major tail protein V
D: Major tail protein V
E: Major tail protein V
F: Major tail protein V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,1976
ポリマ－154,1976
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "C"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "A"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 1 - 154 / Label seq-ID: 1 - 154

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1CC
d_2BB
d_3AA
d_4DD
d_5EE
d_6FF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.503289666827, -0.864112832307, -0.0029196416665), (0.864117764694, -0.503286803232, -0.00169777292572), (-2.34974945852E-6, -0.0033773858007, 0.999994296614)320.903611252, 86.7498118057, 0.468291956506
2given(0.500133636702, -0.865946132976, 0.00190793688889), (0.865947169715, 0.500135263335, 0.000466508668612), (-0.00135819789594, 0.00141885587195, 0.999998071071)184.728347195, -49.6292292702, 0.0066196261771
3given(0.506338673704, 0.862316570834, 0.00559277897588), (-0.862333958193, 0.506336133604, 0.0019657960946), (-0.00113668753549, -0.00581820181889, 0.99998242808)-50.557809971, 183.480447678, 0.941313026077
4given(-0.999941476332, -0.00584481540475, -0.00910395760152), (0.00582608485632, -0.999980859633, 0.0020825712519), (-0.00911595559296, 0.00202940894268, 0.999956389476)272.972100731, 269.935012432, 0.758633833045
5given(-0.501718600635, 0.865025839611, 0.00295678582156), (-0.865029074693, -0.50170760674, -0.00376527219429), (-0.00177361580305, -0.00444681279961, 0.999988540006)85.9177238593, 321.098721705, 0.838638316799

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要素

#1: タンパク質
Major tail protein V


分子量: 25699.557 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues 155 and onwards are not resolved to high resolution and are excluded from the model
由来: (天然) Escherichia phage YDC107_1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2I6TC77
Has protein modificationN
配列の詳細The sequence corresponds to Genbank entry MCN3709170.1. There are conflicts in the sequence ...The sequence corresponds to Genbank entry MCN3709170.1. There are conflicts in the sequence annotation with Uniprot entry A0A2I6TC77 because it is not the corresponding sequence.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia phage YDC107_1 / タイプ: COMPLEX
詳細: Tail fragments were identified in the contaminated buffer during cryoEM sample screening
Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia phage YDC107_1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Escherichia coli
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 300 K / 詳細: blot force 1 blot time 6.5 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
13PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 17.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 41.77 Å / らせん対称軸の対称性: C6
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5927 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: Modelangelo / Source name: Other / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 96.97 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00357290
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66639948
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04281074
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00491302
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.65351006
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.32084022353E-10
ens_1d_3CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.7034163706E-13
ens_1d_4CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.87349468715E-13
ens_1d_5CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.83114088329E-11
ens_1d_6CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.72203249976E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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