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- PDB-9mew: JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a pseudotyped virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mew
タイトルJUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a pseudotyped virus membrane
要素
  • CR1-28 Fab Heavy Chain
  • CR1-28 Fab Light Chain
  • JUNV GP1
  • JUNV GP2
  • Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Viral protein / Glycoprotein / GPC / JUNV / Junin mammarenavirus / GP1 / GP2 / signal peptide / virus membrane / CR1-28 Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mammarenavirus juninense (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Taylor, L.J. / Sawaya, M.R. / Castells-Graells, R. / Rodriguez, J.A.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM145388 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM128867 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)HHMI EPI 米国
Department of Defense (DOD, United States)FA9550-23-1-0281 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: In situ insights into antibody-mediated neutralization of a pre-fusion Junin virus glycoprotein complex.
著者: Lily J Taylor / Michael R Sawaya / Jonna B Westover / Chenyi Wang / Frederick Jimenez / Aldo J Muñoz / Julian Whitelegge / Brian B Gowen / Gustavo F Helguera / Roger Castells-Graells / Jose A Rodriguez /
要旨: A transmembrane glycoprotein complex (GPC) decorates the Junin mammarenavirus (JUNV) that causes New World hemorrhagic fevers. We leveraged single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) to image ...A transmembrane glycoprotein complex (GPC) decorates the Junin mammarenavirus (JUNV) that causes New World hemorrhagic fevers. We leveraged single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) to image the full-length JUNV GPC directly on pseudotyped virus (PV) membranes and bound by two JUNV-neutralizing antibodies: Candid#1 vaccine-elicited CR1-28 and J199, a potent therapeutic against Argentine hemorrhagic fever (AHF). The 3.8 Å resolution in situ structures of the antibody-neutralized, 3-fold symmetric JUNV GPC reveal its ectodomain architecture, signal peptide-bound transmembrane region, zinc-binding luminal domain, and post-translational modifications. JUNV-GPC sequence variants highlight the functional importance of the signal peptide transmembrane helix register for virus infection and attenuating Candid#1-associated variants. Overlapping CR1-28 and J199 epitopes suggest a common receptor-blocking mechanism for JUNV neutralization, while a J199-induced, symmetric GPC reorientation may further drive its potent inhibition of JUNV lethality in mice, compared to receptor blockade alone. This underscores the utility of in situ insights into GPC function and neutralization.
履歴
登録2024年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
B: JUNV GP1
C: JUNV GP2
D: CR1-28 Fab Light Chain
E: CR1-28 Fab Heavy Chain
F: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
G: JUNV GP1
H: JUNV GP2
I: CR1-28 Fab Light Chain
J: CR1-28 Fab Heavy Chain
K: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
L: JUNV GP1
M: JUNV GP2
N: CR1-28 Fab Light Chain
O: CR1-28 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,02739
ポリマ－307,50415
非ポリマー7,52224
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "K"
d_2ens_1chain "F"
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d_1ens_2chain "G"
d_2ens_2chain "B"
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d_1ens_3chain "M"
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d_2ens_4chain "D"
d_3ens_4chain "N"
d_1ens_5chain "E"
d_2ens_5chain "J"
d_3ens_5chain "O"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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d_13ens_2NAGNAGNAGNAGGDA302
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d_15ens_2NAGNAGNAGNAGRR2
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d_14ens_3NAGNAGNAGNAGMMA503
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d_36ens_3NAGNAGNAGNAGSS2
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d_31ens_4ILEILEGLYGLYNN2 - 2071 - 206
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d_21ens_5GLNGLNPROPROJJ1 - 2261 - 226
d_31ens_5GLNGLNPROPROOO1 - 2261 - 226

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
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ens_3
ens_4
ens_5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.499758215121, 0.866164953354, 9.92670935212E-7), (-0.866164953352, -0.499758215122, 1.72420084882E-6), (1.98953780258E-6, 1.86676442657E-9, 0.999999999998)112.931409849, 421.701757523, -0.000373308656805
2given(-0.500121909625, -0.865955007788, 3.12692865459E-7), (0.865955007787, -0.500121909625, -1.50765404494E-6), (1.46194512323E-6, -4.83232867266E-7, 0.999999999999)421.72950202, 113.034252687, -0.000194607530261
3given(-0.500119001395, 0.865956687394, 1.33371783891E-7), (-0.865956687394, -0.500119001395, 1.53261163113E-7), (1.9941929249E-7, -3.88453683216E-8, 1)113.033054073, 421.729313411, -3.25503621923E-5
4given(-0.499760879169, -0.866163416251, -4.60188467014E-7), (0.866163416251, -0.499760879169, -4.64568000911E-7), (1.72407613892E-7, -6.30771327277E-7, 1)421.702421258, 112.932507997, 7.20239700343E-5
5given(-0.500120167858, -0.865956013722, -1.18560067692E-8), (0.865956013722, -0.500120167858, -4.86474304335E-7), (4.15335921264E-7, -2.53562391103E-7, 1)421.729423284, 113.033535626, -2.83897910549E-5
6given(-0.499760013034, 0.866163915995, 7.36113124598E-7), (-0.866163915995, -0.499760013035, 4.29682085996E-7), (7.40055022984E-7, -4.22856701719E-7, 1)112.93200825, 421.702189277, -5.59545777605E-5
7given(-0.500119459662, 0.86595642273, 2.58771116185E-7), (-0.86595642273, -0.500119459662, 3.44743475584E-7), (4.27949297679E-7, -5.16715893472E-8, 1)113.033182339, 421.729341248, -8.90632567945E-5
8given(-0.499761132, -0.866163270372, 5.10050796321E-7), (0.866163270372, -0.499761132, -6.63714144353E-8), (3.12392044733E-7, 4.08617412587E-7, 1)421.702334592, 112.93249257, -0.000142390958047
9given(-0.500118854598, -0.865956772175, -1.435338619E-7), (0.865956772175, -0.500118854598, -2.13235212528E-7), (1.12868485745E-7, -2.30937069998E-7, 1)421.729363477, 113.033103061, 1.95127003764E-5
10given(-0.500119182563, 0.865956582764, -8.64173417245E-7), (-0.865956582764, -0.500119182563, -4.59461630121E-7), (-8.30063526156E-7, 5.18551084438E-7, 1)113.033276614, 421.729409316, 3.53739382177E-5

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 9分子 AFKBGLCHM

#1: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-GP-C


分子量: 6373.612 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammarenavirus juninense (ウイルス)
遺伝子: GPC, GP-C / 細胞株 (発現宿主): HEK293TT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26313
#2: タンパク質 JUNV GP1 / Pre-GP-C


分子量: 22311.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammarenavirus juninense (ウイルス)
遺伝子: GPC, GP-C / 細胞株 (発現宿主): HEK293TT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26313
#3: タンパク質 JUNV GP2 / Pre-GP-C


分子量: 27026.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammarenavirus juninense (ウイルス)
遺伝子: GPC, GP-C / 細胞株 (発現宿主): HEK293TT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26313

-
抗体 , 2種, 6分子 DINEJO

#4: 抗体 CR1-28 Fab Light Chain


分子量: 22621.170 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293TT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 CR1-28 Fab Heavy Chain


分子量: 24168.881 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293TT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 21分子

#6: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 3分子

#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a virus membrane
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mammarenavirus juninense (ウイルス)2169991
31Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 397489 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 44.69 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002522284
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.546530234
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04443435
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043777
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.48988523
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2HAKELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.4754337281E-13
ens_1d_3HAKELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.74834519194E-13
ens_2d_2GGELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.96429271275E-12
ens_2d_3GGELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.57754077459E-13
ens_3d_2MMELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.76716624127E-11
ens_3d_3MMELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.3032316148E-13
ens_4d_2IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.22251755529E-12
ens_4d_3IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.00937927373E-12
ens_5d_2EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.43103169573E-13
ens_5d_3EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.97713881152E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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