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万見
- PDB-9me1: hCXCR4-CXCL12 complex with 1:1 stoichiometry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9me1
タイトルhCXCR4-CXCL12 complex with 1:1 stoichiometry
要素
  • C-X-C chemokine receptor type 4
  • Stromal cell-derived factor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / HIV block / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


telencephalon cell migration / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / regulation of actin polymerization or depolymerization / chemokine receptor binding / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway ...telencephalon cell migration / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / regulation of actin polymerization or depolymerization / chemokine receptor binding / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / CXCR chemokine receptor binding / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of vasculature development / positive regulation of dopamine secretion / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / induction of positive chemotaxis / Formation of definitive endoderm / integrin activation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / C-C chemokine receptor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to chemokine / chemokine-mediated signaling pathway / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / C-C chemokine binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine activity / blood circulation / Chemokine receptors bind chemokines / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / cell leading edge / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / animal organ regeneration / Binding and entry of HIV virion / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of T cell migration / regulation of cell adhesion / Nuclear signaling by ERBB4 / coreceptor activity / neurogenesis / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of cell adhesion / axon guidance / ubiquitin binding / adult locomotory behavior / cell chemotaxis / growth factor activity / calcium-mediated signaling / G protein-coupled receptor activity / defense response / response to peptide hormone / brain development / response to virus / integrin binding / neuron migration / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / late endosome / : / positive regulation of cold-induced thermogenesis / actin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / virus receptor activity / cytoplasmic vesicle / G alpha (i) signalling events / Estrogen-dependent gene expression / early endosome / response to hypoxia / lysosome / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / CXC Chemokine domain / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily ...CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / CXC Chemokine domain / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromal cell-derived factor 1 / C-X-C chemokine receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Zhang, Z. / Patel, D.J.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA008748
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-EM structure of CXCR4-CXCL12 complex with 1:2 stoichiometry
著者: Zhang, Z. / Patel, D.J.
履歴
登録2024年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: C-X-C chemokine receptor type 4
A: C-X-C chemokine receptor type 4
N: Stromal cell-derived factor 1
O: Stromal cell-derived factor 1
C: C-X-C chemokine receptor type 4
D: C-X-C chemokine receptor type 4
I: C-X-C chemokine receptor type 4
E: C-X-C chemokine receptor type 4
K: C-X-C chemokine receptor type 4
L: C-X-C chemokine receptor type 4
P: Stromal cell-derived factor 1
M: Stromal cell-derived factor 1
J: Stromal cell-derived factor 1
F: Stromal cell-derived factor 1
G: Stromal cell-derived factor 1
H: Stromal cell-derived factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,46216
ポリマ－403,46216
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
C-X-C chemokine receptor type 4 / CXC-R4 / CXCR-4 / FB22 / Fusin / HM89 / LCR1 / Leukocyte-derived seven transmembrane domain ...CXC-R4 / CXCR-4 / FB22 / Fusin / HM89 / LCR1 / Leukocyte-derived seven transmembrane domain receptor / LESTR / Lipopolysaccharide-associated protein 3 / LAP-3 / LPS-associated protein 3 / NPYRL / Stromal cell-derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor


分子量: 40784.359 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCR4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61073
#2: タンパク質
Stromal cell-derived factor 1 / SDF-1 / hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / IRH / hIRH / Pre-B ...SDF-1 / hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / IRH / hIRH / Pre-B cell growth-stimulating factor / PBSF


分子量: 9648.379 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, SDF1, SDF1A, SDF1B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48061
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CXCR4 and CXCL12 complex with 1:1 toichiometry / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 52.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135936 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.37 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00521683
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.02129586
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.3712960
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0533527
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0073632

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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