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- PDB-9mdb: Co-MAHF-9 A8V Metal Alpha-Helix Framework -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mdb
タイトルCo-MAHF-9 A8V Metal Alpha-Helix Framework
要素Co-MAHF-9 A8V
キーワードDE NOVO PROTEIN / synthetic construct
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.81 Å
データ登録者Richardson-Matthews, R.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM15479301 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Metal-alpha-Helix Peptide Frameworks.
著者: Richardson-Matthews, R. / Velko, K. / Bhunia, B. / Ghosh, S. / Oktawiec, J. / Brunzelle, J.S. / Dang, V.T. / Nguyen, A.I.
履歴
登録2024年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Co-MAHF-9 A8V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0622
ポリマ－1,0031
非ポリマー591
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)10.793, 31.072, 37.915
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

CO

21A-203-

HOH

31A-205-

HOH

41A-207-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Co-MAHF-9 A8V


分子量: 1003.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: slow cooling
詳細: water, acetonitrile, cobalt acetate, sodium hydroxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.688801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.688801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.81→15.54 Å / Num. obs: 6821 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 7.04 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18.26
反射 シェル解像度: 0.81→0.8389 Å / Num. unique obs: 657 / CC1/2: 0.864

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.81→15.54 Å / SU ML: 0.0793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9619
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1546 1262 10.1 %
Rwork0.1425 11234 -
obs0.1438 6821 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 8.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.81→15.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数68 0 5 9 82
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111154
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6861212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.455350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.81-0.840.29551380.25411227X-RAY DIFFRACTION96.81
0.84-0.880.21631390.21981241X-RAY DIFFRACTION99.35
0.88-0.930.20191410.17721250X-RAY DIFFRACTION100
0.93-0.990.17671420.13311268X-RAY DIFFRACTION100
0.99-1.060.1541350.12751241X-RAY DIFFRACTION100
1.06-1.170.13471410.11831256X-RAY DIFFRACTION100
1.17-1.340.13351420.1221250X-RAY DIFFRACTION100
1.34-1.680.19451400.13881245X-RAY DIFFRACTION99.64
1.68-15.540.13491440.14461256X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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