PDB-9eju: Co-MAHF-9 A8N Metal Alpha-Helix Framework

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eju

タイトル

Co-MAHF-9 A8N Metal Alpha-Helix Framework

要素

Co-MAHF-9 A8N

キーワード

DE NOVO PROTEIN / synthetic construct

機能・相同性

ACETONITRILE / :

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Richardson-Matthews, R.M.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Metal-alpha-Helix Peptide Frameworks.
著者: Richardson-Matthews, R. / Velko, K. / Bhunia, B. / Ghosh, S. / Oktawiec, J. / Brunzelle, J.S. / Dang, V.T. / Nguyen, A.I.

履歴

登録	2024年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eju.cif.gz	39.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eju.ent.gz	28 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eju.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eju_validation.pdf.gz	421.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eju_full_validation.pdf.gz	421.6 KB	表示
XML形式データ	9eju_validation.xml.gz	5.3 KB	表示
CIF形式データ	9eju_validation.cif.gz	6.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/9eju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/9eju	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9efyC 9eg0C 9eg2C 9eg3C 9eg5C 9eh3C 9ehnC 9ehpC 9ehqC 9ejvC 9mdbC 9mdgC 9meoC 9mepC 9meqC 9mfiC 9mfjC 9mfkC 9mkjC 9ml0C 9mnvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Co-MAHF-9 A8N

B: Co-MAHF-9 A8N

C: Co-MAHF-9 A8N

D: Co-MAHF-9 A8N

ヘテロ分子

4.35 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Co-MAHF-9 A8N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.16 kDa, 1 ポリマー

2

B: Co-MAHF-9 A8N

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.02 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Co-MAHF-9 A8N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.08 kDa, 1 ポリマー

4

D: Co-MAHF-9 A8N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	10.024, 16.241, 48.919
Angle α, β, γ (deg.)	89.950, 89.830, 72.590
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質・ペプチド	Co-MAHF-9 A8N 分子量: 1018.212 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-CCN / ACETONITRILE 分子量: 41.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: slow cooling 詳細: water, acetonitrile, cobalt acetate, sodium hydroxide, methanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.68879 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.68879 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→48.92 Å / Num. obs: 9568 / % possible obs: 96.09 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.59
反射シェル	解像度: 1.17→1.212 Å / Num. unique obs: 918 / CC_1/2: 0.886

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.17→48.92 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 47.01 / 位相誤差: 37.5492
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2627	2050	10.92 %
R_work	0.2132	16725	-
obs	0.2211	9568	94.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	276	0	30	65	371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	292
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.627	400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0629	36
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	44
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.6272	96

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.17-1.2	0.3672	142	0.3284	1174	X-RAY DIFFRACTION	81.98
1.2-1.23	0.3714	146	0.3247	1219	X-RAY DIFFRACTION	83.04
1.23-1.27	0.3633	137	0.32	1185	X-RAY DIFFRACTION	82.75
1.27-1.31	0.3005	138	0.3079	1072	X-RAY DIFFRACTION	82.72
1.31-1.36	0.3356	146	0.298	1296	X-RAY DIFFRACTION	84.05
1.36-1.41	0.4423	125	0.297	1173	X-RAY DIFFRACTION	85
1.41-1.47	0.2849	138	0.277	1248	X-RAY DIFFRACTION	85.25
1.47-1.55	0.2907	126	0.2612	1140	X-RAY DIFFRACTION	84.57
1.55-1.65	0.2845	156	0.2434	1276	X-RAY DIFFRACTION	85.64
1.65-1.78	0.2504	129	0.2237	1181	X-RAY DIFFRACTION	86.58
1.78-1.95	0.2655	139	0.2224	1232	X-RAY DIFFRACTION	85.79
1.96-2.24	0.235	125	0.1839	1184	X-RAY DIFFRACTION	85.55
2.24-2.82	0.1924	127	0.1578	1258	X-RAY DIFFRACTION	87.6
2.82-48.92	0.2187	145	0.1621	1218	X-RAY DIFFRACTION	85.17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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