PDB-9mcz: Crystal structure of the transpeptidase domain of PBP2 from the N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mcz

タイトル

Crystal structure of the transpeptidase domain of PBP2 from the Neisseria gonorrhoeae cephalosporin decreased susceptibility strain 35/02 in complex with boronate inhibitor VNRX-6884

要素

Penicillin-binding protein 2

キーワード

LIGASE / Neisseria gonorrhoeae cephalosporin resistance Penicillin-binding protein 2 Boronate inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae 35/02 (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Stratton, C.M. / Bala, S. / Davies, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: A new class of penicillin-binding protein inhibitors to address drug-resistant Neisseria gonorrhoeae.
著者: Uehara, T. / Zulli, A.L. / Miller, B. / Avery, L.M. / Boyd, S.A. / Chatwin, C.L. / Chu, G.H. / Drager, A.S. / Edwards, M. / Emeigh Hart, S.G. / Myers, C.L. / Rongala, G. / Stevenson, A. / ...

履歴

登録	2024年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mcz.cif.gz	84.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mcz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mcz_validation.pdf.gz	743.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mcz_full_validation.pdf.gz	748 KB	表示
XML形式データ	9mcz_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	9mcz_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/9mcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/9mcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9md0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 2

ヘテロ分子

35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.586, 60.735, 110.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 2 / Probable peptidoglycan D / D-transpeptidase PenA / PBP-2 分子量: 35331.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae 35/02 (淋菌) / 遺伝子: penA / プラスミド: PMALC2KV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8RR30, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-A1BJC / (3R)-3-{[(2R)-2-[(4-ethyl-2,3-dioxopiperazine-1-carbonyl)amino]-2-(4-phosphonophenyl)acetyl]amino}-2-hydroxy-3,4-dihydro-2H-1,2-benzoxaborinine-8-carboxylic acid 分子量: 588.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆BN₄O₁₁P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3 / 詳細: 40% PEG 600, 0.1 M CHES, PH 9.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→38.9 Å / Num. obs: 27662 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 22.3 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2643 / CC_1/2: 0.839 / CC star: 0.955 / R_pim(I) all: 0.276 / R_rim(I) all: 0.761 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.89→38.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.896 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.125

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	1337	4.833 %	RANDOM
R_work	0.173	26325	-	-
all	0.175	-	-	-
obs	-	27662	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.053 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.038 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→38.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2450	0	41	122	2613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.58	1.677	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.531	1.574	5610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.792	5	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.544	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.794	10	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.611	10	95
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	494
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.144	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.281	2.306	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.278	2.306	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.433	3.444	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.434	3.447	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.268	2.8	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.269	2.799	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.066	4.017	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.065	4.017	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.387	30.007	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.376	29.642	2803

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.892-1.941	0.263	88	0.213	1826	X-RAY DIFFRACTION	94.612
1.941-1.994	0.219	98	0.199	1879	X-RAY DIFFRACTION	100
1.994-2.052	0.247	91	0.188	1820	X-RAY DIFFRACTION	99.8955
2.052-2.115	0.272	91	0.178	1760	X-RAY DIFFRACTION	99.7306
2.115-2.184	0.208	80	0.18	1734	X-RAY DIFFRACTION	99.8349
2.184-2.261	0.235	79	0.179	1680	X-RAY DIFFRACTION	99.9432
2.261-2.346	0.21	90	0.164	1593	X-RAY DIFFRACTION	99.7038
2.346-2.441	0.178	75	0.163	1542	X-RAY DIFFRACTION	99.8148
2.441-2.549	0.211	70	0.169	1487	X-RAY DIFFRACTION	98.7944
2.549-2.673	0.184	70	0.173	1436	X-RAY DIFFRACTION	99.8012
2.673-2.817	0.221	61	0.17	1378	X-RAY DIFFRACTION	99.8612
2.817-2.987	0.249	69	0.18	1274	X-RAY DIFFRACTION	99.8513
2.987-3.192	0.207	62	0.179	1231	X-RAY DIFFRACTION	99.7685
3.192-3.445	0.206	64	0.183	1132	X-RAY DIFFRACTION	100
3.445-3.771	0.225	54	0.183	1065	X-RAY DIFFRACTION	99.8216
3.771-4.211	0.188	56	0.161	960	X-RAY DIFFRACTION	100
4.211-4.853	0.158	52	0.149	830	X-RAY DIFFRACTION	98.2183
4.853-5.921	0.204	41	0.169	726	X-RAY DIFFRACTION	99.0956
5.921-8.278	0.207	31	0.154	595	X-RAY DIFFRACTION	100
8.278-38.87	0.081	15	0.16	377	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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