PDB-9md0: Crystal structure of the transpeptidase domain of PBP2 from the N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9md0

タイトル

Crystal structure of the transpeptidase domain of PBP2 from the Neisseria gonorrhoeae cephalosporin decreased susceptibility strain 35/02 in complex with boronate inhibitor VNRX-6752

要素

Penicillin-binding protein 2

キーワード

LIGASE / Neisseria gonorrhoeae cephalosporin resistance Penicillin-binding protein 2 Boronate inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae 35/02 (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.613 Å

データ登録者

Stratton, C.M. / Bala, S. / Davies, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: A new class of penicillin-binding protein inhibitors to address drug-resistant Neisseria gonorrhoeae.
著者: Uehara, T. / Zulli, A.L. / Miller, B. / Avery, L.M. / Boyd, S.A. / Chatwin, C.L. / Chu, G.H. / Drager, A.S. / Edwards, M. / Emeigh Hart, S.G. / Myers, C.L. / Rongala, G. / Stevenson, A. / ...

履歴

登録	2024年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9md0.cif.gz	81.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9md0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9md0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/9md0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/9md0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9mczC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 2

ヘテロ分子

35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.464, 60.224, 110.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 2 / Probable peptidoglycan D / D-transpeptidase PenA / PBP-2 分子量: 35331.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae 35/02 (淋菌) / 遺伝子: penA / プラスミド: PMALC2KV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8RR30, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-A1BJB / (3R)-3-({(2R)-2-(4-carboxyphenyl)-2-[(4-ethyl-2,3-dioxopiperazine-1-carbonyl)amino]acetyl}amino)-2-hydroxy-3,4-dihydro-2H-1,2-benzoxaborinine-8-carboxylic acid 分子量: 552.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₅H₂₅BN₄O₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3 / 詳細: 40% PEG 600, 0.1 M CHES, PH 9.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→38.7 Å / Num. obs: 10571 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.1 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.199 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.713 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 975 / CC_1/2: 0.831 / CC star: 0.953 / R_pim(I) all: 0.283 / R_rim(I) all: 0.769 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.613→38.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 10.229 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.31

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2319	514	4.863 %	RANDOM
R_work	0.1749	10056	-	-
all	0.178	-	-	-
obs	-	10570	98.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.113 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.149 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.037 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.613→38.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2450	0	40	19	2509

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2560
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.57	1.676	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.518	1.574	5590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.545	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.623	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.713	10	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.555	10	95
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.102	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.149	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.503	2.765	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.504	2.765	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.916	4.138	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.914	4.14	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.155	3.196	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.155	3.194	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.874	4.648	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.872	4.649	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.334	33.128	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.333	33.129	2741

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.613-2.68	0.294	32	0.227	668	0.23	759	0.942	0.969	92.2266	0.198
2.68-2.753	0.276	32	0.208	714	0.211	746	0.956	0.973	100	0.176
2.753-2.833	0.329	33	0.213	698	0.218	733	0.948	0.973	99.7271	0.176
2.833-2.919	0.246	35	0.203	674	0.205	709	0.968	0.975	100	0.172
2.919-3.015	0.262	45	0.205	659	0.209	704	0.957	0.974	100	0.173
3.015-3.12	0.244	30	0.174	634	0.178	664	0.963	0.978	100	0.151
3.12-3.237	0.211	24	0.174	612	0.175	636	0.959	0.981	100	0.152
3.237-3.368	0.266	30	0.178	608	0.182	639	0.961	0.98	99.8435	0.158
3.368-3.516	0.25	34	0.186	558	0.189	592	0.959	0.979	100	0.166
3.516-3.686	0.23	32	0.167	542	0.171	575	0.954	0.984	99.8261	0.153
3.686-3.884	0.221	42	0.158	506	0.163	555	0.972	0.986	98.7387	0.148
3.884-4.117	0.187	20	0.148	496	0.149	521	0.984	0.987	99.0403	0.142
4.117-4.398	0.191	24	0.14	462	0.142	496	0.974	0.988	97.9839	0.13
4.398-4.745	0.166	24	0.135	426	0.136	461	0.974	0.989	97.6139	0.134
4.745-5.19	0.336	12	0.163	408	0.167	439	0.958	0.989	95.672	0.159
5.19-5.79	0.252	18	0.184	370	0.188	388	0.973	0.98	100	0.17
5.79-6.66	0.266	18	0.17	335	0.173	353	0.951	0.983	100	0.163
6.66-8.097	0.224	15	0.157	292	0.16	307	0.971	0.985	100	0.154
8.097-11.209	0.129	11	0.148	237	0.147	249	0.996	0.985	99.5984	0.152
11.209-38.68	0.175	3	0.281	156	0.279	162	0.958	0.96	98.1481	0.297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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