PDB-9mbk: 2-Oxo-dATP hydrolysis in human MTH1(G2K mutant) crystal using Mn2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mbk

タイトル

2-Oxo-dATP hydrolysis in human MTH1(G2K mutant) crystal using Mn2+: the ES complex

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Hirata, K. / Nakamura, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Neutron and time-resolved X-ray crystallography reveal the substrate recognition and catalytic mechanism of human Nudix hydrolase MTH1.
著者: Hirata, K. / Fujimiya, K. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Hiromoto, T. / Goto, M. / Arimori, T. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Tamada, T. / Nakamura, T.

履歴

登録	2025年3月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mbk.cif.gz	249.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mbk.ent.gz	195 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mbk_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mbk_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	9mbk_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	9mbk_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/9mbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/9mbk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9mbeC 9mbfC 9mbgC 9mbhC 9mbiC 9mbjC 9mblC 9mbmC 9mbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.541, 47.292, 123.469
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / MutT homologue-1 / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked ...MutT homologue-1 / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 18043.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 42-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-6U4 / [[(2R,3S,5R)-5-(6-azanyl-2-oxidanylidene-1H-purin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / 2-oxo-dATP / 2-OH-dATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, cacodylate, NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.18→33.17 Å / Num. obs: 90410 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 10.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 30.4
反射シェル	解像度: 1.18→1.2 Å / R_merge(I) obs: 0.252 / Num. unique obs: 4375

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.18→33.17 Å / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 13.398 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1569	4524	5.01 %
R_work	0.1299	85798	-
obs	0.1312	90322	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→33.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2542	0	66	443	3051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	3044
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1464	4157
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0751	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	549
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.5487	1171

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.18-1.19	0.1928	136	0.1468	2705	X-RAY DIFFRACTION	95.82
1.19-1.21	0.163	164	0.1341	2803	X-RAY DIFFRACTION	99
1.21-1.22	0.1688	151	0.1347	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.22-1.24	0.173	149	0.1326	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.24-1.25	0.1697	137	0.1321	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.25-1.27	0.1475	159	0.1234	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.27-1.29	0.1742	140	0.13	2850	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.29-1.31	0.1632	156	0.1264	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.31-1.33	0.1422	146	0.1242	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.33-1.35	0.1661	154	0.1269	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.35-1.37	0.182	164	0.1266	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.37-1.4	0.1614	156	0.1273	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.4-1.42	0.1428	126	0.1273	2885	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.42-1.45	0.165	157	0.1203	2837	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.45-1.49	0.1471	138	0.1175	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.49-1.52	0.1386	162	0.1211	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.52-1.56	0.1377	155	0.1178	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.56-1.6	0.1558	151	0.1171	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.6-1.65	0.1422	143	0.1186	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.65-1.7	0.1607	160	0.1253	2859	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.7-1.76	0.1532	155	0.1232	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.83	0.1567	165	0.1241	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.92	0.1536	137	0.1242	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2.02	0.1548	162	0.1206	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.14	0.1349	159	0.1181	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.31	0.1491	159	0.1253	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.54	0.1347	155	0.132	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.91	0.1641	126	0.1412	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.66	0.1714	150	0.1303	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-33.17	0.1694	152	0.1489	3114	X-RAY DIFFRACTION	99.69

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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