PDB-9mbg: 8-Oxo-dGTP hydrolysis in human MTH1(G2K mutant) crystal using Mn2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mbg

タイトル

8-Oxo-dGTP hydrolysis in human MTH1(G2K mutant) crystal using Mn2+: the ES complex

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Hirata, K. / Nakamura, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Neutron and time-resolved X-ray crystallography reveal the substrate recognition and catalytic mechanism of human Nudix hydrolase MTH1.
著者: Hirata, K. / Fujimiya, K. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Hiromoto, T. / Goto, M. / Arimori, T. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Tamada, T. / Nakamura, T.

履歴

登録	2025年3月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mbg.cif.gz	236.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mbg.ent.gz	184.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mbg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mbg_validation.pdf.gz	967.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mbg_full_validation.pdf.gz	972 KB	表示
XML形式データ	9mbg_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	9mbg_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/9mbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/9mbg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9mbeC 9mbfC 9mbhC 9mbiC 9mbjC 9mbkC 9mblC 9mbmC 9mbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.195, 47.474, 123.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / MutT homologue-1 / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked ...MutT homologue-1 / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 18043.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 42-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-8DG / 8-OXO-2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 8-オキソdGTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, cacodylate, NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→36.98 Å / Num. obs: 85667 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 45
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / R_merge(I) obs: 0.634 / Num. unique obs: 4250

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.2→36.98 Å / SU ML: 0.1002 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.5066 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1798	4278	5 %
R_work	0.1391	81301	-
obs	0.1412	85579	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→36.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2542	0	68	368	2978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2887
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2321	3938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0754	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	507
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.1869	1100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.21	0.1968	157	0.1838	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.21-1.23	0.2242	131	0.1818	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.24	0.2382	138	0.1801	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.26	0.221	146	0.1731	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.28	0.2433	158	0.1736	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.28-1.29	0.2116	132	0.1739	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.31	0.2278	132	0.1635	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.33	0.1812	146	0.1531	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.1996	146	0.1467	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.37	0.1883	129	0.149	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.37-1.4	0.1914	129	0.1438	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.1569	142	0.1432	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.2092	120	0.1396	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.1879	147	0.1363	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.51	0.1818	149	0.13	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.55	0.1731	145	0.1255	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.59	0.1556	147	0.1244	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.63	0.1854	137	0.12	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.68	0.1679	136	0.1225	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.1812	119	0.1294	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.1747	142	0.1303	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.86	0.1609	135	0.1351	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.95	0.158	129	0.129	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.05	0.1614	150	0.1277	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.18	0.1623	138	0.1248	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.35	0.1518	150	0.1332	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.58	0.1722	156	0.1392	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.96	0.1815	156	0.1463	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.73	0.1518	148	0.1292	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.73-36.98	0.2173	188	0.1532	2807	X-RAY DIFFRACTION	96.18

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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