PDB-9mbh: 8-Oxo-dGTP hydrolysis in human MTH1(G2K mutant) crystal using Mn2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mbh

タイトル

8-Oxo-dGTP hydrolysis in human MTH1(G2K mutant) crystal using Mn2+: the ES-3M complex

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Hirata, K. / Nakamura, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Neutron and time-resolved X-ray crystallography reveal the substrate recognition and catalytic mechanism of human Nudix hydrolase MTH1.
著者: Hirata, K. / Fujimiya, K. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Hiromoto, T. / Goto, M. / Arimori, T. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Tamada, T. / Nakamura, T.

履歴

登録	2025年3月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mbh.cif.gz	240.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mbh.ent.gz	188 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mbh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mbh_validation.pdf.gz	5.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mbh_full_validation.pdf.gz	5.8 MB	表示
XML形式データ	9mbh_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	9mbh_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/9mbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/9mbh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9mbeC 9mbfC 9mbgC 9mbiC 9mbjC 9mbkC 9mblC 9mbmC 9mbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.488, 47.612, 123.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / MutT homologue-1 / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked ...MutT homologue-1 / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 18043.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 42-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-8DG / 8-OXO-2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, cacodylate, NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→25.96 Å / Num. obs: 84684 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 11.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 29.1
反射シェル	解像度: 1.21→1.23 Å / R_merge(I) obs: 0.556 / Num. unique obs: 4141

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.21→25.96 Å / SU ML: 0.1021 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.0939 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1714	4224	4.99 %
R_work	0.1393	80381	-
obs	0.141	84605	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→25.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2542	0	74	403	3019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	2903
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2185	3964
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0768	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.2395	1113

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.21-1.22	0.2441	153	0.2082	2558	X-RAY DIFFRACTION	97.06
1.22-1.24	0.2463	125	0.1929	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.24-1.25	0.2074	124	0.1775	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.25-1.27	0.2047	123	0.1688	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.27-1.28	0.2017	134	0.1624	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.28-1.3	0.194	129	0.1599	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.3-1.32	0.2094	141	0.1483	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.32-1.34	0.1655	131	0.1413	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.34-1.36	0.1558	138	0.14	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.36-1.38	0.1997	148	0.1421	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.38-1.41	0.185	134	0.1411	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.41-1.43	0.1798	119	0.1448	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.43-1.46	0.1932	143	0.1322	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.46-1.49	0.1588	130	0.1277	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.49-1.52	0.1604	126	0.1259	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.56	0.173	140	0.1255	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.6	0.1784	151	0.127	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.64	0.1762	139	0.1284	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.69	0.1791	166	0.132	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.74	0.1524	143	0.1267	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.81	0.1589	135	0.1274	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.88	0.1656	151	0.1314	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.96	0.1654	148	0.1304	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.07	0.1583	133	0.1262	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.07-2.2	0.1416	155	0.1278	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.2-2.37	0.1746	140	0.1359	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.37-2.6	0.178	168	0.1411	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.6-2.98	0.174	158	0.1486	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.75	0.165	148	0.1296	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.21
3.75-25.96	0.1701	151	0.1555	2920	X-RAY DIFFRACTION	99.64

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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