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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9mbf | ||||||
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タイトル | Neutron crystal structure of human MTH1(G2K/C87A/C104S mutant) in complex with 2-oxo-dATP | ||||||
![]() | 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / DNA protection / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / purine nucleoside catabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / DNA repair / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fujimiya, K. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Tamada, T. / Nakamura, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Neutron and time-resolved X-ray crystallography reveal the substrate recognition and catalytic mechanism of human Nudix hydrolase MTH1. 著者: Hirata, K. / Fujimiya, K. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Hiromoto, T. / Goto, M. / Arimori, T. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Tamada, T. / Nakamura, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 408 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 408.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17995.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: sodium citrate, cacodylate, NaCl |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | Biso Wilson estimate: 10.07 Å2 / Entry-ID: 9MBF
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反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | SU ML: 0.1404 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法:
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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