PDB-9m7l: Crystal structure of Pseudouridine 5'-monophosphate phosphatase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m7l

タイトル

Crystal structure of Pseudouridine 5'-monophosphate phosphatase from human (hHDHD1A) in the unliganded state

要素

Pseudouridine-5'-phosphatase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / pseudouridine monophosphate phosphatase / HAD phosphatase / cofactor

機能・相同性

機能・相同性情報

pseudouridine 5'-phosphatase / pseudouridine 5'-phosphatase activity / Pyrimidine salvage / nucleotide metabolic process / phosphatase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Seo, S. / Rhee, S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural and functional insights in the substrate specificity of the pseudouridine monophosphate phosphatase HDHD1A.
著者: Seo, S. / Kim, M. / Rhee, S.

履歴

登録	2025年3月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m7l.cif.gz	151.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m7l.ent.gz	119.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m7l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9m7mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Pseudouridine-5'-phosphatase

ヘテロ分子

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.560, 60.960, 68.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-644- HOH
2	1	A-664- HOH

#1: タンパク質	Pseudouridine-5'-phosphatase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 1 / Haloacid dehalogenase-like ...Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 1 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 1A / Protein GS1 / Pseudouridine-5'-monophosphatase / 5'-PsiMPase 分子量: 25074.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PUDP, DXF68S1E, FAM16AX, GS1, HDHD1, HDHD1A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08623, pseudouridine 5'-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 30% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→30 Å / Num. obs: 88114 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 29.36
反射シェル	解像度: 1.36→1.41 Å / Num. unique obs: 4568 / CC_1/2: 0.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS	v20230630	データ削減
XDS	v20230630	データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.36→28.384 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1575	3826	4.34 %
R_work	0.1486	-	-
obs	0.149	88113	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→28.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1751	0	1	308	2060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.148	2430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.491	671
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	314

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.36-1.3772	0.1765	139	0.1835	3033	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3772-1.3953	0.2378	138	0.1806	3063	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3953-1.4145	0.2183	138	0.1776	3073	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4145-1.4347	0.1984	136	0.1693	3085	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4347-1.4561	0.1928	143	0.1682	3123	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4561-1.4788	0.2068	138	0.1714	3107	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4788-1.5031	0.1967	138	0.1619	3074	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5031-1.529	0.1793	142	0.1628	3093	X-RAY DIFFRACTION	98
1.529-1.5568	0.1499	139	0.1558	3145	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5568-1.5867	0.1752	141	0.1461	3117	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5867-1.6191	0.1924	140	0.1523	3129	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6191-1.6543	0.1362	140	0.157	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6543-1.6928	0.1368	143	0.1555	3150	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6928-1.7351	0.1629	141	0.1528	3102	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7351-1.782	0.1709	142	0.1485	3093	X-RAY DIFFRACTION	99
1.782-1.8345	0.1504	144	0.1485	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8345-1.8937	0.1455	139	0.1459	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8937-1.9613	0.1745	148	0.1399	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9613-2.0398	0.1417	145	0.1347	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0398-2.1326	0.1589	143	0.1389	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1326-2.245	0.1259	147	0.1354	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
2.245-2.3856	0.1547	140	0.1415	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3856-2.5697	0.1674	144	0.1369	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5697-2.8281	0.1518	141	0.1548	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8281-3.2368	0.1685	148	0.1606	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2368-4.0761	0.1666	142	0.1368	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0761-28.384	0.1329	147	0.1541	3141	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 75.106 Å / Origin y: 77.0546 Å / Origin z: 79.7215 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0589 Å²	-0.0079 Å²	-0.0118 Å²	-	0.0411 Å²	0.0051 Å²	-	-	0.0584 Å²
L	0.7869 °²	0.0273 °²	-0.0564 °²	-	0.7628 °²	0.0808 °²	-	-	1.0785 °²
S	0.0029 Å °	-0.0192 Å °	-0.0068 Å °	0.0814 Å °	-0.031 Å °	-0.0343 Å °	0.04 Å °	0.0177 Å °	-0.0022 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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