PDB-9m73: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 9m73

タイトル

Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with double-stranded DNA contaning CACATATGTG

要素

E-box(CATATG)-containing DNA
Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Plant-specific / DNA-biding protein / Transcription factor / BZR

機能・相同性

機能・相同性情報

plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Shohei, N. / Masaru, T. / Takuya, M.

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	JP17H05835	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	JP19H04855	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	JP19K23658	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	JP21H02114	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20am0101077	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP24ama121010	日本

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2025
タイトル: Single cis-elements in brassinosteroid-induced upregulated genes are insufficient to recruit both redox states of the BIL1/BZR1 DNA-binding domain.
著者: Nosaki, S. / Ohtsuka, M. / Nakano, T. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.

履歴

登録	2025年3月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9m73.ent.gz	624.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9m73_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9m73_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9m73_validation.xml.gz	74.7 KB	表示
CIF形式データ	9m73_validation.cif.gz	96.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m73	HTTPS FTP

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グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
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α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: E-box(CATATG)-containing DNA

H: E-box(CATATG)-containing DNA

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: E-box(CATATG)-containing DNA

F: E-box(CATATG)-containing DNA

ヘテロ分子

219 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: E-box(CATATG)-containing DNA

H: E-box(CATATG)-containing DNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: E-box(CATATG)-containing DNA

F: E-box(CATATG)-containing DNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.848, 92.602, 111.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.323, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 / Protein BIN2 SUBSTRATE 2

分子量: 49819.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: malE, JW3994, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10.7 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: Q8S307

#2: DNA鎖

E-box(CATATG)-containing DNA

分子量: 4592.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL

分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Ambient temp details: DECTRIS PILATUS 2M-F / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→43.62 Å / Num. obs: 90599 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 42.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.31→2.35 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4450 / CC_1/2: 0.746 / R_pim(I) all: 0.557 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3855	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.31→43.62 Å / SU ML: 0.2828 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2744
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2451	4565	5.04 %
R_work	0.2054	85940	-
obs	0.2074	90505	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→43.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13584	1220	112	159	15075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	15379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6916	21116
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0453	2305
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	2525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.2685	5749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.31-2.34	0.3407	126	0.2765	2869	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.34-2.36	0.3456	139	0.2783	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.39	0.3179	142	0.2598	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.42	0.2979	158	0.2545	2843	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.42-2.45	0.2882	152	0.2584	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.49	0.3184	154	0.2581	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.52	0.3066	141	0.2489	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.56	0.3098	163	0.2486	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.6	0.2693	187	0.2348	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.64	0.2895	157	0.2317	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.64-2.69	0.2672	158	0.2313	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.74	0.2788	141	0.2379	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.74-2.79	0.2982	153	0.2479	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.79-2.85	0.3742	151	0.2617	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.91	0.2696	151	0.2583	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.98	0.3392	140	0.2447	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.05	0.2803	164	0.2393	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.13	0.291	133	0.2407	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.14-3.23	0.2948	178	0.2468	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.23-3.33	0.2981	146	0.2326	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.33-3.45	0.2371	166	0.2179	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.45-3.59	0.2389	140	0.2054	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.75	0.2656	151	0.2043	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-3.95	0.2269	121	0.1881	2924	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.95-4.2	0.2212	154	0.1665	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.2-4.52	0.1852	168	0.1581	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.52-4.97	0.1876	157	0.1519	2886	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.98-5.69	0.2082	157	0.1752	2890	X-RAY DIFFRACTION	99.77
5.69-7.17	0.2071	175	0.1902	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.8
7.17-43.62	0.1685	142	0.166	2925	X-RAY DIFFRACTION	97.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.14114713681	-0.625460863467	-2.022091469	2.90926906802	0.420111202536	3.15523622811	0.184499202785	-0.256974481402	0.51245371863	-0.00270453873317	0.0325726968563	-0.187471724641	-0.327125489582	0.306979699615	-0.178040600995	0.371867652302	-0.0741434271673	0.0477806905087	0.260224843655	0.0136720702765	0.284414990616	-2.57090701659	14.2330538607	11.4420975675
2	4.90462819306	-1.62787787619	0.833351209034	4.75563783394	-1.24888701266	3.48353176001	-0.00383965421563	-0.370195606995	-0.754411373985	0.466773146967	0.104413706559	-0.049353001197	0.923850050888	-0.19506701946	-0.0865983137666	0.611085039695	-0.0903866330332	-0.0368850421714	0.292591829024	-0.00877415104781	0.418142442404	-6.38720904937	-37.0133727287	27.6808195299
3	1.3618731531	0.287782156283	-0.101285576125	3.12845324772	0.614541454772	2.76117702664	-0.193783883896	-0.188872388184	0.0664849324511	0.524331897359	0.639658632081	-0.730331560949	-0.293564736412	0.573043779139	-0.418519005953	0.567778086131	0.15516301954	-0.0571024526877	0.718152828454	-0.249340187071	0.464399986349	-8.67059843381	13.6381824217	45.3018114572
4	3.81967319155	1.47196797981	0.541046256779	3.47483417939	1.4163476257	2.988055955	-0.0350874631403	0.226701562466	-0.630401765573	-0.397906299172	0.124915390031	0.0441796577313	0.807819947543	-0.20926289731	-0.0679118633341	0.649586549783	-0.0662752331539	-0.0634444617746	0.254316135512	0.0413566463569	0.444513139242	-1.96712018335	-36.8855643944	25.6342343889
5	1.86870641803	-0.437934117499	0.647627075672	2.92803048116	-1.8582492181	9.33323810618	0.384495833761	-0.482918627326	-0.210242198516	0.537635753227	0.189774200608	-0.0206465964214	-0.116069358274	-0.400839409597	-0.549286309869	0.421408065627	-0.15075162704	-0.00783202098197	0.403111395902	0.00603843884528	0.338354140716	-5.88963661978	-23.8702358588	28.6158245743
6	3.72727380132	-0.532827416541	-3.47142100009	3.68624722397	1.8771048563	3.7529937306	0.53230871417	0.259168186257	-0.0354469509158	0.0518007524222	0.0261569404416	-0.263768924586	-0.664618820941	-0.117214974896	-0.524283442722	0.459599213073	-0.0315361263088	-0.0479418758794	0.361441274013	0.0150818274344	0.297286545768	-2.91458474868	-23.8239872067	24.7228946266
7	4.56085668406	0.367641221678	-1.37508591425	1.26734581036	-0.262419344557	1.69714915442	0.081672810349	-0.559268388799	-0.0422668682556	0.121117835251	-0.13927642741	-0.102461501604	0.0391399758943	0.640203103567	0.0528748006958	0.331127163877	0.0429112729512	0.00610343878234	0.5192861338	0.0135815159911	0.160858521216	39.8584413002	-13.1448796376	43.8982211553
8	1.16786749976	-2.00605260084	1.0295623002	7.52627661793	-6.03493741923	5.24854664949	-0.0213707757904	-0.104569643305	0.0809144416018	0.0905102697214	0.15016668576	0.486525677708	-0.234148048953	-0.541111877998	-0.130032070837	0.660257957635	-0.0606060203511	-0.0612977801401	0.700989210304	-0.24521982872	0.45431603534	45.7941368647	29.8545136678	29.9040777436
9	3.44205450061	-0.17912586478	-0.339768755239	1.3562606552	-0.217908327278	1.80342175351	-0.0548860124136	0.0853400552435	-0.0450109647794	-0.0592092747642	0.0372295629611	0.127704851399	0.0434940739175	-0.415346900204	0.0205322631554	0.293779041624	-0.0472261417202	0.0108031147107	0.307958591615	-0.00635083110319	0.149257607139	53.2703451938	-15.1309637792	11.0775701908
10	0.818868435883	0.75265432143	0.0938916626233	5.88548511014	2.7765949071	1.30584253488	-0.107428214853	-0.291956640064	-0.0315806243654	0.761744984606	0.272428258962	-0.372687600379	0.230810401065	0.405368840612	-0.186470686442	0.729855464902	0.175559742299	-0.109847487586	0.700738097837	0.0928605142627	0.439907439349	47.3531268501	29.9025926834	24.7359314966
11	0.21103400547	0.054355757025	0.916712944832	1.31377137741	2.16922264916	6.71815819504	0.316800973761	-0.440429312171	-0.067086253163	0.36218882832	0.218503385167	0.117401595183	2.55328634522	-0.712393419471	-0.476273297119	1.07784207163	0.00525712560095	-0.0693030134096	1.1832648755	0.0677215435832	0.416648686942	46.9881229251	23.6564891722	29.809453598
12	0.725154337016	0.723903819	-1.12541920156	1.0722025563	-2.69841560453	8.58474726796	0.207194648942	-0.715828092751	-0.0554184318996	0.240751254276	0.237999408348	-0.205921767131	2.28609717349	1.26331622197	-0.418642873564	1.22080291136	0.212989727205	-0.00438382583096	1.20244845749	0.0295303099273	0.445948457803	45.3762012713	23.5392391237	25.5664565524

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid -347 through 26 )	C	A	-347 - 26	1 - 374
2	2	chain 'C' and (resid 27 through 88 )	C	A	27 - 88	375 - 436
3	3	chain 'D' and (resid -347 through 26 )	D	D	-347 - 26	1 - 374
4	4	chain 'D' and (resid 27 through 88 )	D	D	27 - 88	375 - 436
5	5	chain 'G' and (resid -3 through 11 )	G	F	-3 - 11
6	6	chain 'H' and (resid -3 through 11 )	H	G	-3 - 11
7	7	chain 'A' and (resid -348 through 3 )	A	H	-348 - 3	1 - 352
8	8	chain 'A' and (resid 4 through 88 )	A	H	4 - 88	353 - 437
9	9	chain 'B' and (resid -347 through 4 )	B	K	-347 - 4	1 - 352
10	10	chain 'B' and (resid 5 through 88 )	B	K	5 - 88	353 - 436
11	11	chain 'E' and (resid -3 through 11 )	E	P	-3 - 11
12	12	chain 'F' and (resid -3 through 11 )	F	Q	-3 - 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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