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- PDB-9m74: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9m74 | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with double-stranded DNA contaning CACAGCTGTG | |||||||||||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / Plant-specific / DNA-biding protein / Transcription factor / BZR | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space ...plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Shohei, N. / Masaru, T. / Takuya, M. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Single cis-elements in brassinosteroid-induced upregulated genes are insufficient to recruit both redox states of the BIL1/BZR1 DNA-binding domain. Authors: Nosaki, S. / Ohtsuka, M. / Nakano, T. / Tanokura, M. / Miyakawa, T. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 853.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 622.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 74.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 96 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 9m73C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 49819.445 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 4593.011 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) #3: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.23→47.27 Å / Num. obs: 100538 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.23→2.27 Å / Redundancy: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4938 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 0.568 / % possible all: 97.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.23→43.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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