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万見
- PDB-9m4f: Photosystem I from the eukaryotic filamentous algae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m4f
タイトルPhotosystem I from the eukaryotic filamentous algae
要素
  • (light-harvesting protein ...) x 11
  • PsaA
  • PsaB
  • PsaC
  • PsaD
  • PsaE
  • PsaF
  • PsaI
  • PsaJ
  • PsaL
  • PsaM
  • PsaR
  • PsaS
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Xanthophyceae / Tribonema minus
機能・相同性: / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER
機能・相同性情報
生物種Tribonema minus (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Shao, R.Q. / Pan, X.W.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2804400 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371269 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32470247 中国
Chinese Academy of Sciences2024kf05 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2025
タイトル: Architecture of photosystem I-light-harvesting complex from the eukaryotic filamentous yellow-green alga Tribonema minus.
著者: Ruiqi Shao / Yuqi Zou / Hui Shang / Yue Qiu / Zuxing Liang / Xiaodong Su / Shumeng Zhang / Mei Li / Xiaowei Pan /
要旨: Eukaryotic photosystem I (PSI) is a multi-subunit pigment-protein supercomplex that consists of a core complex and multiple peripheral light-harvesting complexes I (LHCIs), which increases the light ...Eukaryotic photosystem I (PSI) is a multi-subunit pigment-protein supercomplex that consists of a core complex and multiple peripheral light-harvesting complexes I (LHCIs), which increases the light absorption capacity of the core complex. Throughout the evolution of oxygenic photoautotrophs, the core subunits of PSI have remained highly conserved, while LHCIs exhibit significant variability, presumably to adapt to diverse environments. This study presents a 2.82 Å resolution structure of PSI from the filamentous yellow-green alga Tribonema minus (Tm), a member of the class Xanthophyceae that evolved from red algae through endosymbiosis and is considered a promising candidate for biofuel production due to its high biomass and lipid content. Our structure reveals a supramolecular organization consisting of 12 core subunits and 13 LHCIs, here referred to as Xanthophyceae light-harvesting complexes (XLHs), along with the arrangement of pigments within the TmPSI-XLH supercomplex. A structural comparison between TmPSI-XLH and PSI-LHCI from various red lineages highlights distinctive features of TmPSI-XLH, suggesting that it represents a unique intermediate state in the PSI assembly process during the evolutionary transition from red algae to diatoms. Our findings advance the understanding of the molecular mechanisms responsible for energy transfer in Xanthophyceae PSI-XLH and the evolutionary adaptation of red lineages.
履歴
登録2025年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Light-harvesting protein XLH1
2: light-harvesting protein XLH2
3: light-harvesting protein XLH3
4: light-harvesting protein XLH4
5: light-harvesting protein XLH5
6: light-harvesting protein XLH6/10
7: light-harvesting protein XLH7
8: light-harvesting protein XLH8
9: light-harvesting protein XLH9/13
h: light-harvesting protein XLH6/10
c: light-harvesting protein XLH11
t: light-harvesting protein XLH12
k: light-harvesting protein XLH9/13
A: PsaA
B: PsaB
C: PsaC
D: PsaD
E: PsaE
F: PsaF
I: PsaI
J: PsaJ
L: PsaL
M: PsaM
R: PsaR
S: PsaS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)825,594363
ポリマ－557,19525
非ポリマー268,398338
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Light-harvesting protein ... , 11種, 13分子 123456h789kct

#1: タンパク質 Light-harvesting protein XLH1


分子量: 23276.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#2: タンパク質 light-harvesting protein XLH2


分子量: 20953.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#3: タンパク質 light-harvesting protein XLH3


分子量: 21701.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#4: タンパク質 light-harvesting protein XLH4


分子量: 24273.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#5: タンパク質 light-harvesting protein XLH5


分子量: 22618.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#6: タンパク質 light-harvesting protein XLH6/10


分子量: 22235.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#7: タンパク質 light-harvesting protein XLH7


分子量: 22124.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#8: タンパク質 light-harvesting protein XLH8


分子量: 19510.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#9: タンパク質 light-harvesting protein XLH9/13


分子量: 23143.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#10: タンパク質 light-harvesting protein XLH11


分子量: 21832.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#11: タンパク質 light-harvesting protein XLH12


分子量: 24538.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)

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タンパク質 , 9種, 9分子 ABCDEFLRS

#12: タンパク質 PsaA


分子量: 83163.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#13: タンパク質 PsaB


分子量: 82145.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#14: タンパク質 PsaC


分子量: 8737.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#15: タンパク質 PsaD


分子量: 15405.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#16: タンパク質 PsaE


分子量: 7013.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#17: タンパク質 PsaF


分子量: 20668.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#20: タンパク質 PsaL


分子量: 15801.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#22: タンパク質 PsaR


分子量: 9267.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#23: タンパク質 PsaS


分子量: 11422.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 IJM

#18: タンパク質・ペプチド PsaI


分子量: 3940.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#19: タンパク質・ペプチド PsaJ


分子量: 4792.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)
#21: タンパク質・ペプチド PsaM


分子量: 3249.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tribonema minus (真核生物)

-
糖 , 1種, 7分子

#27: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 8種, 331分子

#24: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物...
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物
ChemComp-A1L1G / (1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17~{E})-16-(hydroxymethyl)-3,7,12-trimethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]-1,5,5-trimethyl-cyclohexane-1,3-diol


分子量: 616.870 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Filamentous Yellow-Green Algae Tribonema minus
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#23 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI SPIRIT
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60389 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.82 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.05102433
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.22186287
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.36926555
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0476567
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01314969

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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