PDB-9m3o: Crystal structure of human pyruvate dehydrogenase kinase isoform ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m3o

タイトル

Crystal structure of human pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 in complex with ATP competitive inhibitor 8

要素

[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / ghkl atpase/kinase family / pyruvate dehydrogenase complex / mitochondrial kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / regulation of glucose metabolic process / Mitochondrial protein degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.762 Å

データ登録者

Xu, Z.H. / Chen, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Discovery of ATP competitive PDHK1/2 dual inhibitors.
著者: Xu, H. / Ding, D. / Han, X. / Miao, K. / Liang, C. / Yun, H. / Zhu, W. / Dey, F. / Zhao, D. / Wu, Y. / Reutlinger, M. / Yang, J. / Zhai, G. / Lin, Z. / Li, C. / Wu, W. / Xu, B. / Han, L. / ...

履歴

登録	2025年3月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m3o.cif.gz	177.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m3o.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/9m3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/9m3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9m3pC 9m3tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.880, 98.880, 110.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-692- HOH

#1: タンパク質	[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 / PDH kinase 1 分子量: 43788.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK1, PDHK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q15118, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-A1EMR / 6-fluoranyl-8-(methylamino)-N-(pyrimidin-5-ylmethyl)-9H-pyrido[2,3-b]indole-3-carboxamide 分子量: 350.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₅FN₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.42 M NaK tartrate, 0.1 M Na citrate, pH 5.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.31→73 Å / Num. obs: 199622 / % possible obs: 80.3 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 6.68

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.31-1.39	1.777	5851	0.023	1.86	1
1.39-1.49	1.688	24707	0.018	1.72	1
1.49-1.61	1.666	33743	0.018	1.543	1
1.61-1.76	1.456	32388	0.018	22.169	1
1.76-1.97	5.383	29229	0.217	5.818	1
1.97-2.28	1.142	25796	0.833	1.234	1
2.28-2.79	0.275	21816	0.988	0.297	1
2.79-3.94	0.066	16835	0.999	0.072	1
3.94-70	0.032	9257	0.999	0.035	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.762→27.585 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	1932	4.96 %
R_work	0.1771	-	-
obs	0.1782	38944	71.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.762→27.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3004	0	45	243	3292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3177
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.703	4319
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.504	1931
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	560

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7623-1.8064	0.2739	8	0.3081	218	X-RAY DIFFRACTION	6
1.8064-1.8552	0.216	24	0.2525	403	X-RAY DIFFRACTION	11
1.8552-1.9098	0.3011	25	0.2493	641	X-RAY DIFFRACTION	17
1.9098-1.9714	0.2833	39	0.2592	1086	X-RAY DIFFRACTION	29
1.9714-2.0419	0.2697	92	0.258	1895	X-RAY DIFFRACTION	52
2.0419-2.1236	0.2807	122	0.2419	2914	X-RAY DIFFRACTION	79
2.1236-2.2202	0.2641	215	0.2273	3618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2202-2.3372	0.2307	209	0.2046	3659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3372-2.4835	0.2508	183	0.201	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4835-2.6751	0.2333	198	0.2029	3682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6751-2.9441	0.2449	208	0.1932	3709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9441-3.3694	0.1814	198	0.1767	3734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3694-4.2427	0.19	193	0.1495	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2427-27.585	0.1547	218	0.1574	3951	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0329	1.378	0.5705	4.0539	-0.8922	2.8676	0.1026	-0.2209	0.4093	0.514	-0.0242	0.3967	-0.5036	-0.1331	-0.1757	0.4209	0.1285	0.0421	0.3572	-0.1569	0.4479	2.6255	42.8613	3.1731
2	3.462	-0.2896	-0.9888	3.4829	0.7678	3.981	-0.0475	0.1353	0.8044	0.0272	0.073	0.4535	-0.7346	-0.4082	-0.0413	0.3549	0.047	-0.0707	0.3179	-0.0128	0.4597	2.4596	46.6588	-8.0915
3	5.5232	0.4083	-2.167	6.777	1.9539	7.9814	-0.0799	0.6125	-0.0868	-0.6314	0.0111	0.0152	0.0293	-0.3455	0.1386	0.4266	-0.0868	-0.0807	0.5133	0.0004	0.3011	8.7429	31.2604	-21.4539
4	0.8595	1.1233	0.2237	3.0309	0.6085	0.9799	-0.077	-0.2299	0.1584	0.0502	0.0077	0.3717	-0.0998	-0.0439	0.0955	0.2341	0.0974	-0.0422	0.32	-0.0201	0.2941	-2.9743	26.0482	-7.6141
5	1.4559	-0.1051	0.4288	1.4205	0.1744	1.7152	-0.0503	-0.0495	-0.0013	-0.0894	0.0903	0.1021	0.106	0.0815	-0.0369	0.2844	0.0757	0.024	0.2839	-0.0114	0.2689	-0.1969	13.4112	-7.9101
6	0.3109	-0.1877	0.3438	2.2913	-0.8242	0.6951	-0.1586	-0.1035	0.0126	0.0049	-0.0479	-0.323	0.1566	0.2126	0.2487	0.344	0.0401	-0.0016	0.4213	-0.1053	0.3444	19.0752	28.4294	-1.3291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 41 through 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 148 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 149 through 170 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 171 through 244 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 245 through 390 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 391 through 423 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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