PDB-9m3p: Crystal structure of human pyruvate dehydrogenase kinase isoform ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m3p

タイトル

Crystal structure of human pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 in complex with ATP competitive inhibitor 3

要素

[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / ghkl atpase/kinase family / pyruvate dehydrogenase complex / mitochondrial kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / regulation of glucose metabolic process / Mitochondrial protein degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Xu, Z.H. / Chen, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Discovery of ATP competitive PDHK1/2 dual inhibitors.
著者: Xu, H. / Ding, D. / Han, X. / Miao, K. / Liang, C. / Yun, H. / Zhu, W. / Dey, F. / Zhao, D. / Wu, Y. / Reutlinger, M. / Yang, J. / Zhai, G. / Lin, Z. / Li, C. / Wu, W. / Xu, B. / Han, L. / ...

履歴

登録	2025年3月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m3p.cif.gz	177.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m3p.ent.gz	138.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/9m3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/9m3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9m3oC 9m3tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial

ヘテロ分子

45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.221, 100.221, 109.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 / PDH kinase 1 分子量: 43788.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Escherichia coli BL21(DE3) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK1, PDHK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q15118, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-SZ6 / N-[4-(2-chloro-5-methylpyrimidin-4-yl)phenyl]-N-(4-{[(difluoroacetyl)amino]methyl}benzyl)-2,4-dihydroxybenzamide 分子量: 552.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₃ClF₂N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.8, 0.125 M MAGNESIUM CHLORIDE AND 6% ISOPROPANOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→48.15 Å / Num. obs: 505571 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 32.5
反射シェル	解像度: 2.01→2.06 Å / Num. unique obs: 37217 / CC_1/2: 0.934

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→45.588 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1958	1883	4.98 %
R_work	0.1634	-	-
obs	0.165	37816	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→45.588 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3008	0	97	256	3361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.859	4375
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.742	1959
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	567

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0101-2.0645	0.2706	134	0.2149	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0645-2.1252	0.2647	145	0.1823	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1252-2.1938	0.2222	135	0.172	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1938-2.2722	0.2057	130	0.169	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2722-2.3632	0.1984	159	0.1622	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3632-2.4707	0.2104	160	0.1591	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4707-2.601	0.2114	145	0.1714	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.601-2.7639	0.1865	156	0.1652	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7639-2.9773	0.2438	136	0.1746	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9773-3.2768	0.22	151	0.1769	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2768-3.7508	0.1874	122	0.1572	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7508-4.7248	0.1633	142	0.1391	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7248-45.588	0.1771	168	0.1698	2965	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0842	1.7576	0.8834	5.3385	-1.0244	3.177	-0.0564	-0.0086	0.2639	0.3678	0.0594	0.3336	-0.2774	-0.1329	-0.0962	0.3555	0.0802	-0.0133	0.2928	-0.0895	0.3492	3.0611	43.101	3.8865
2	3.1838	-0.8394	-0.9151	3.0749	1.033	3.6267	0.0029	0.0309	0.4113	-0.151	-0.0278	0.2079	-0.4159	-0.1945	0.0118	0.2698	0.0004	-0.0723	0.2313	0.0075	0.3282	3.4866	44.1651	-10.0044
3	5.904	-1.4512	-0.3826	4.0418	0.1951	2.697	0.0331	0.4079	0.0118	-0.154	-0.1033	-0.1342	0.0283	-0.0172	0.0847	0.2284	-0.0135	-0.0505	0.2411	-0.0286	0.2064	6.8306	33.7692	-7.9506
4	1.3992	-0.0072	0.0006	2.0287	0.7866	2.4361	-0.0138	-0.1995	0.0242	-0.0447	-0.1046	0.4051	-0.0977	-0.2787	0.1225	0.1752	0.0353	-0.0039	0.2872	-0.0088	0.2837	-8.4287	15.6318	-5.5875
5	2.597	-0.0958	0.5473	0.7138	-0.6625	1.6996	-0	0.1363	-0.3191	-0.0647	0.0741	0.0845	0.4808	0.013	-0.0458	0.3238	0.0087	-0.0008	0.2229	0.0122	0.2958	-1.4732	6.523	-4.5218
6	0.8471	0.12	0.0881	1.4452	0.1315	0.7432	-0.043	0.0901	0.0453	-0.231	0.0316	0.1466	0.003	0.06	0.0459	0.2725	0.0302	-0.0266	0.2855	-0.0064	0.2501	4.92	17.669	-11.4439
7	0.2078	-0.4073	0.3359	1.8794	-0.7533	0.5385	-0.0515	0.1241	0.1254	-0.0624	-0.0063	-0.4496	0.0995	0.1135	0.1153	0.3223	-0.0022	-0.0197	0.397	-0.0889	0.3521	19.5387	28.8309	-1.2063

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 41 through 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 167 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 168 through 202 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 203 through 291 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 292 through 324 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 325 through 390 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 391 through 423 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)