PDB-9m00: Crystal Structure of the Basal pilin EbpB from Enterococcus faeca...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m00

タイトル

Crystal Structure of the Basal pilin EbpB from Enterococcus faecalis with a partially disordered N-terminal domain.

要素

Endocarditis and biofilm-associated pilus minor subunit EbpB.

キーワード

CELL ADHESION / Basal Pilin / Isopeptide bond / Ebp pili / CAUTI / Enterococcus faecalis

生物種

Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sharma, V. / Krishnan, V.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of Ebp pilus shaft formation and anchoring in vancomycin-resistant Enterococci.
著者: Sharma, V. / Krishnan, V.

履歴

登録	2025年2月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m00.cif.gz	255.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m00.ent.gz	202.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9m00_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9m00_full_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示
XML形式データ	9m00_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	9m00_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/9m00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/9m00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lj6C 9lksC 9llwC 9lr7C 9ltyC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Endocarditis and biofilm-associated pilus minor subunit EbpB.

A: Endocarditis and biofilm-associated pilus minor subunit EbpB.

97.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Endocarditis and biofilm-associated pilus minor subunit EbpB.

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein elutes as a Monomer in the Gel Filtration.
48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Endocarditis and biofilm-associated pilus minor subunit EbpB.

登録者が定義した集合体
48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.300, 48.080, 127.010
Angle α, β, γ (deg.)	96.44, 98.04, 90.12
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Endocarditis and biofilm-associated pilus minor subunit EbpB. 分子量: 48684.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The N-domain form of Basal pilin EbpB is partially disordered. Sequence refers to database WP_002413529.1 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) 株: OG1RF / 遺伝子: ebpB, GTI81_12235 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 100mM SPG buffer pH 9, 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→43.06 Å / Num. obs: 22438 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.76 Å / R_merge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1122 / CC_1/2: 0.921 / R_pim(I) all: 0.193

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→43.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.854 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.809 / SU B: 25.517 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.344 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27918	1183	5.3 %	RANDOM
R_work	0.23986	-	-	-
obs	0.24193	21254	89.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.425 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.35 Å²	0.57 Å²	0.1 Å²
2-	-	-0.43 Å²	0.38 Å²
3-	-	-	1.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→43.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4809	0	0	179	4988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	4884
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.5	1.844	6613
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.495	1.773	10512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.605	5	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.283	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.746	10	805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.116	0.375	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.116	0.375	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.216	0.67	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.216	0.67	3137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.083	0.369	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.083	0.369	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.161	0.681	3478
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.029	4.43	19473
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	0.926	4.41	19413
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	60	-
R_work	0.271	1265	-
obs	-	-	72.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3313	0.5539	-2.6548	0.4564	-0.0833	2.4376	-0.0501	-0.3694	0.0204	0.0907	0.125	0.2178	0.1337	-0.0087	-0.0749	0.4449	-0.0088	0.0818	0.6129	0.0102	0.3098	-19.36	4.483	50.708
2	2.4335	-0.4484	-0.9183	1.166	0.0777	1.3191	0.0213	-0.1735	0.0464	0.1559	-0.015	-0.0425	0.0152	-0.0125	-0.0062	0.178	-0.028	0.0018	0.1095	-0.0244	0.0075	8.352	11.813	25.187
3	3.9629	-0.6002	-1.2173	2.0888	-1.0544	2.2456	-0.0459	0.2386	0.2413	-0.1162	0.0212	-0.0549	-0.1021	0.0151	0.0246	0.1425	-0.0474	0.0012	0.0706	-0.0185	0.0708	33.207	10.537	-3.459
4	3.0963	-1.6332	-2.2192	0.9592	1.1998	1.7218	0.0729	0.362	0.3173	-0.1057	0.0492	-0.3052	0.1331	-0.0576	-0.1221	0.5751	-0.0473	0.1504	0.6643	-0.0686	0.4201	40.2	27.139	-30.814
5	2.0153	0.456	-0.7852	1.3623	-0.2258	0.8655	0.0354	0.1201	0.0088	-0.1406	-0.0229	0.0018	-0.073	0.0371	-0.0124	0.1913	-0.0188	-0.0059	0.1262	0.0011	0.0161	13.889	35.86	-4.804
6	3.3582	0.2175	-1.2831	2.7613	1.004	1.9707	0.0193	-0.2303	0.2242	0.0831	0.0009	0.0531	-0.1639	-0.0558	-0.0202	0.1191	0.004	-0.0059	0.073	-0.0042	0.0415	-10.983	34.636	23.758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 186
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	187 - 319
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	320 - 434
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	36 - 186
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	187 - 319
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	320 - 434

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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