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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 9lzj | ||||||||||||||||||||||||
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| タイトル | The PSI3-IsiA43 complex with a closed double ring of IsiA proteins bound to a trimeric PSI core | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem-antenna Complex | ||||||||||||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
| 生物種 | ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||
| 手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Si, L. / Cao, P. / Li, M. | ||||||||||||||||||||||||
| 資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025タイトル: Structural basis for the assembly and energy transfer between the cyanobacterial PSI core and the double-layered IsiA proteins. 著者: Long Si / Yingyue Zhang / Xiaodong Su / Xuelin Zhao / Xiaomin An / Lu-Ning Liu / Peng Cao / Mei Li / ![]() 要旨: Iron-limitation is a common stress factor in natural environments. To survive under iron-starved conditions, cyanobacteria overexpress iron stress-induced protein A (IsiA), which is crucial for light- ...Iron-limitation is a common stress factor in natural environments. To survive under iron-starved conditions, cyanobacteria overexpress iron stress-induced protein A (IsiA), which is crucial for light-harvesting and photoprotection. Multiple IsiA proteins form a single- or double-layered architecture encircling the photosystem I (PSI) core, forming various PSI-IsiA supercomplexes. The assembly and energy transfer mechanisms of double-layered PSI-IsiA supercomplexes remain unelucidated. Here, we present high-resolution structures of two PSI-IsiA supercomplexes isolated from the cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus BP-1 cultured under iron-starved conditions. The PSI-IsiA complex contains a trimeric PSI core surrounded by 43 IsiA subunits assembled into a closed double-ring. The PSI-IsiA complex contains 13 IsiA proteins arranged in a double-layered architecture attached to the monomeric PSI core. Atomic force microscopy demonstrates the presence and distribution of different PSI-IsiA complexes within native thylakoid membranes isolated from iron-starved cells. Our findings provide insights into the structural variability and adaptive mechanisms of PSI-IsiA complexes. | ||||||||||||||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 9lzj.cif.gz | 5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb9lzj.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
| PDBx/mmJSON形式 | 9lzj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/9lzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/9lzj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 63527MC ![]() 9lzkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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要素
-Photosystem I ... , 12種, 36分子 aAbAcAaBbBcBaCbCcCaDbDcDaEbEcEaFbFcFaIbIcIaJbJcJaKbKcKaLbLcL...
| #1: タンパク質 | 分子量: 83267.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: P0A405, photosystem I #2: タンパク質 | 分子量: 83123.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: P0A407, photosystem I #3: タンパク質 | 分子量: 8809.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: P0A415, photosystem I #4: タンパク質 | 分子量: 15389.494 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: P0A420 #5: タンパク質 | 分子量: 8399.485 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: P0A423 #6: タンパク質 | 分子量: 17716.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: P0A401 #7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4297.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: P0A427 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4770.698 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: P0A429 #9: タンパク質 | 分子量: 8483.983 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: P0A425 #10: タンパク質 | 分子量: 16261.685 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: Q8DGB4 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3426.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: P0A403 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4424.317 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: Q8DKP6 |
|---|
-タンパク質 / 糖 , 2種, 55分子 a1a2a3a4a5a6b1b2b3b4b5b6c1c2c3c4c5c6STUVWXYZabcd...
| #13: タンパク質 | 分子量: 39284.332 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)参照: UniProt: Q8DK20 #19: 糖 | ChemComp-LMU / |
|---|
-非ポリマー , 8種, 1342分子 














| #14: 化合物 | ChemComp-CLA / #15: 化合物 | ChemComp-PQN / #16: 化合物 | ChemComp-SF4 / #17: 化合物 | ChemComp-BCR / #18: 化合物 | ChemComp-LHG / #20: 化合物 | ChemComp-SQD / #21: 化合物 | ChemComp-LMG / #22: 化合物 | |
|---|
-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
|---|---|
| EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
| 構成要素 | 名称: Complex of trimeric Photosystem I core associated with 43 iron stress-induced protein A タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13 / 由来: NATURAL |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) |
| 緩衝液 | pH: 7.5 |
| 試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
| 急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
| 実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
|---|---|
| 顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
| 電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
| 電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
| 撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) |
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解析
| CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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| 3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95950 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
| 精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 58.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
| 拘束条件 |
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ムービー
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万見について





Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
中国, 1件
引用



PDBj












FIELD EMISSION GUN