PDB-9lzc: Reductive-half reaction intermediate of copper amine oxidase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lzc

タイトル

Reductive-half reaction intermediate of copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis captured with long-a-axis diffraction data by mix-and-inject serial crystallography at 50-ms time delay

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TPQ / topaquinone

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Okajima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Real-time capture of domain movements during copper amine oxidase catalysis by mix-and-inject serial crystallography.
著者: Murakawa, T. / Suzuki, M. / Fukui, K. / Masuda, T. / Mizohata, E. / Miyahara, I. / Kurauchi, I. / Murakami, T. / Matsunaga, H. / Montawa, Y. / Nakajima, N. / Oozeki, T. / Sakai, K. / Son, T. ...

履歴

登録	2025年2月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lzc.cif.gz	277.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lzc.ent.gz	218 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/9lzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/9lzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lz3C 9lz4C 9lz5C 9lz6C 9lz7C 9lz8C 9lz9C 9lzaC 9lzbC 9lzdC 9lzeC 9lzfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
138 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	193.660, 64.900, 158.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1264- HOH
2	1	A-1518- HOH
3	1	A-1546- HOH
4	1	B-1390- HOH
5	1	B-1448- HOH
6	1	B-1554- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68912.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.83 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: batch mode 詳細: 1.05M potassium/sodium tartrate in 25mM HEPES buffer pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 299 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.24 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 288926 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 34.2 % / CC_1/2: 0.8936855 / Net I/σ(I): 3.1
反射シェル	解像度: 1.86→1.93 Å / Num. unique obs: 28890 / CC_1/2: 0.5240452
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定
CrystFEL		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→29.92 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	14431	5 %
R_work	0.2231	-	-
obs	0.225	288783	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→29.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9738	0	2	949	10689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10035
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.978	13682
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.535	1391
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1823

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.88	0.3629	474	0.3648	9027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.9	0.3723	486	0.348	9140	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.93	0.3711	485	0.334	9180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.95	0.3583	474	0.3271	9054	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.349	477	0.3105	9175	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2	0.325	482	0.2924	9137	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.3081	484	0.287	9200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.3201	480	0.2844	9073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.09	0.3246	487	0.2787	9227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.3292	482	0.273	9114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.304	483	0.2689	9259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.3083	475	0.2633	9027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.3049	481	0.2526	9206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.2825	480	0.2461	9052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.34	0.2907	484	0.243	9212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.4	0.3008	484	0.2444	9185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.46	0.2976	475	0.2441	9100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.52	0.3001	485	0.2349	9187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6	0.2745	484	0.238	9230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.68	0.2807	480	0.2312	9116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.78	0.2841	484	0.2246	9130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.89	0.263	485	0.2193	9139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.02	0.2715	474	0.2123	9115	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.18	0.222	481	0.2054	9196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.38	0.242	476	0.2006	9156	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.64	0.2312	487	0.185	9173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4	0.2006	477	0.1835	9137	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.58	0.1988	482	0.1733	9162	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.77	0.2013	484	0.1765	9142	X-RAY DIFFRACTION	100
5.77-29.92	0.2185	479	0.1891	9101	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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