PDB-9lz9: Reductive-half reaction intermediate of copper amine oxidase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lz9

タイトル

Reductive-half reaction intermediate of copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis captured with short-a-axis diffraction data by mix-and-inject serial crystallography at 25-ms time delay

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TPQ / topaquinone

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Okajima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Real-time capture of domain movements during copper amine oxidase catalysis by mix-and-inject serial crystallography.
著者: Murakawa, T. / Suzuki, M. / Fukui, K. / Masuda, T. / Mizohata, E. / Miyahara, I. / Kurauchi, I. / Murakami, T. / Matsunaga, H. / Montawa, Y. / Nakajima, N. / Oozeki, T. / Sakai, K. / Son, T. ...

履歴

登録	2025年2月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lz9.cif.gz	275.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lz9.ent.gz	216.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lz9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lz9_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lz9_full_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示
XML形式データ	9lz9_validation.xml.gz	59.8 KB	表示
CIF形式データ	9lz9_validation.cif.gz	83.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/9lz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/9lz9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lz3C 9lz4C 9lz5C 9lz6C 9lz7C 9lz8C 9lzaC 9lzbC 9lzcC 9lzdC 9lzeC 9lzfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	192.900, 64.810, 158.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.85, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1263- HOH
2	1	A-1315- HOH
3	1	A-1491- HOH
4	1	B-1342- HOH
5	1	B-1380- HOH
6	1	B-1478- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 69015.883 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: batch mode 詳細: 1.05M potassium/sodium tartrate in 25mM HEPES buffer pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 289 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.24 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→30 Å / Num. obs: 191653 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.3 % / CC_1/2: 0.8857831 / Net I/σ(I): 2.82
反射シェル	解像度: 2.13→2.21 Å / Num. unique obs: 19211 / CC_1/2: 0.5000117
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定
CrystFEL		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.13→29.82 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2491	9585	5 %
R_work	0.2066	-	-
obs	0.2088	191653	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→29.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9752	0	2	806	10560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10062
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	13718
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.818	1399
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1482
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1827

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.13-2.15	0.377	316	0.3325	6105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.38	323	0.3122	6069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.21	0.333	324	0.3147	6092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.23	0.3377	321	0.2942	6095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.3296	313	0.2872	6032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.29	0.322	321	0.2835	6053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.3224	319	0.2775	6116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.36	0.3109	319	0.2738	6033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.3455	321	0.2758	6119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.3003	316	0.2742	6022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.323	325	0.2705	6119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.53	0.3333	318	0.2605	5976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.57	0.3328	322	0.2663	6091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.63	0.3304	320	0.2471	6099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.2835	322	0.2319	6089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.75	0.276	318	0.2321	6023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.81	0.2776	319	0.2304	6108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.89	0.2815	317	0.2137	6030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.98	0.2647	322	0.2124	6090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.07	0.2447	319	0.2014	6067	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.18	0.2427	315	0.1951	6053	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.31	0.2377	319	0.1885	6010	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.46	0.2156	318	0.1718	6081	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.64	0.2147	324	0.1653	6138	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.87	0.1956	316	0.1574	6041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.17	0.1949	325	0.1581	6041	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.58	0.1912	319	0.1486	6114	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.24	0.1724	317	0.1427	6045	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-6.59	0.1849	322	0.1706	6076	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6-29.82	0.1894	315	0.1732	6041	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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