PDB-9lzb: Reductive-half reaction intermediate of copper amine oxidase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lzb

タイトル

Reductive-half reaction intermediate of copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis captured with short-a-axis diffraction data by mix-and-inject serial crystallography at 50-ms time delay

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TPQ / topaquinone

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Okajima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Real-time capture of domain movements during copper amine oxidase catalysis by mix-and-inject serial crystallography.
著者: Murakawa, T. / Suzuki, M. / Fukui, K. / Masuda, T. / Mizohata, E. / Miyahara, I. / Kurauchi, I. / Murakami, T. / Matsunaga, H. / Montawa, Y. / Nakajima, N. / Oozeki, T. / Sakai, K. / Son, T. ...

履歴

登録	2025年2月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lzb.cif.gz	513.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lzb.ent.gz	416.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lzb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/9lzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/9lzb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lz3C 9lz4C 9lz5C 9lz6C 9lz7C 9lz8C 9lz9C 9lzaC 9lzcC 9lzdC 9lzeC 9lzfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.910, 64.850, 158.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1395- HOH
2	1	A-1403- HOH
3	1	B-1422- HOH
4	1	B-1451- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 69015.883 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: batch mode 詳細: 1.05M potassium/sodium tartrate in 25mM HEPES buffer pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 299 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.24 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→30 Å / Num. obs: 261737 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.6 % / CC_1/2: 0.9220859 / Net I/σ(I): 3.36
反射シェル	解像度: 1.92→1.99 Å / Num. unique obs: 26274 / CC_1/2: 0.5301392
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定
CrystFEL		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.92→29.83 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	13088	5 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1952	261540	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9752	0	2	880	10634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10028
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	13664
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.782	1388
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1820

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.94	0.3673	431	0.3513	8190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.96	0.3058	443	0.3159	8447	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.3503	432	0.3063	8275	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.01	0.3197	433	0.295	8217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.04	0.2993	433	0.2819	8348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.2744	432	0.2763	8211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.2996	435	0.2663	8288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2679	441	0.2606	8247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.2617	444	0.2539	8425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.297	431	0.2506	8182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.24	0.2967	440	0.2446	8313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.28	0.2613	432	0.2246	8239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.2459	440	0.2243	8367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.37	0.232	431	0.2174	8254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.2558	438	0.2227	8314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.48	0.2453	433	0.2197	8224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.54	0.2729	442	0.2127	8307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.61	0.2486	436	0.2125	8273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.68	0.2176	438	0.1988	8314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.77	0.2308	439	0.1956	8269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.87	0.2358	432	0.1876	8246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.98	0.2063	435	0.1809	8328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.12	0.2012	440	0.1729	8259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.28	0.1943	439	0.168	8318	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.49	0.1825	438	0.16	8241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.76	0.1661	440	0.1485	8302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.13	0.1624	430	0.1459	8270	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.73	0.1523	443	0.1418	8312	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-5.95	0.1766	441	0.1526	8287	X-RAY DIFFRACTION	100
5.95-29.83	0.1879	426	0.1701	8185	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7625	0.1148	-0.6865	2.0808	-0.2222	1.2899	0.0186	0.1163	-0.0499	-0.2366	0.0391	-0.1832	-0.1179	0.4893	-0.0251	0.2349	-0.0608	0.054	0.337	0.036	0.2695	-16.4615	-26.0774	36.6937
2	1.9846	0.0457	-0.2734	0.2402	-0.1956	0.9781	-0.0377	0.5898	-0.0652	-0.1761	0.0432	-0.0501	0.0051	-0.1159	-0.0003	0.3054	0.0038	-0.0182	0.3758	-0.034	0.2457	-41.2252	-35.7109	33.0755
3	0.6499	-0.0943	-0.0836	0.3439	0.0237	1.3879	0.0136	0.101	0.0159	-0.0412	0.024	-0.0086	-0.084	0.1028	-0.0417	0.1567	-0.0206	-0.0019	0.132	-0.0019	0.2167	-29.6158	-32.3934	60.7581
4	1.1832	0.3653	-0.6586	1.9723	-0.1622	0.3673	0.0722	-0.3989	0.0654	0.5913	-0.2736	0.2179	-0.1598	-0.3388	-0.0561	0.362	0.0016	0.0884	0.4503	-0.1278	0.2412	-18.1483	5.9353	34.6287
5	1.2443	0.1719	-0.1049	0.4743	0.2131	0.6369	0.1036	-0.6608	-0.1022	0.3009	-0.1486	-0.0472	0.0114	0.2201	0.0115	0.3219	-0.0989	-0.0217	0.5308	0.0469	0.2318	6.598	-3.6763	37.449
6	0.8418	0.1243	-0.0186	0.3977	0.0236	1.3864	0.0323	-0.1114	0.0241	0.0427	-0.0327	0.0205	-0.1073	-0.1142	-0.0181	0.1676	0.0103	-0.0009	0.1497	-0.0015	0.1994	-5.9721	-0.3608	10.1414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 191 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 628 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 191 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 192 through 628 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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