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- PDB-9luy: Single-chain Fv antibody of G2 fused with antigen peptide from ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9luy
タイトルSingle-chain Fv antibody of G2 fused with antigen peptide from chicken chromosome 6 C10orf76 homolog
要素Single-chain Fv antibody of G2 fused with antigen peptide from chicken chromosome 6 C10orf76 homolog
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIGEN BINDING / AFFINITY MATURATION / SOMATIC HYPERMUTATION
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Hanazono, Y. / Yabuno, S. / Hayashi, T. / Numoto, N. / Ito, N. / Oda, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2025
タイトル: Crystal structures reveal how the multispecific antibody G2 achieves binding to different peptides.
著者: Hanazono, Y. / Yabuno, S. / Hayashi, T. / Numoto, N. / Kamatari, Y.O. / Ito, N. / Oda, M.
履歴
登録2025年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-chain Fv antibody of G2 fused with antigen peptide from chicken chromosome 6 C10orf76 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2122
ポリマ－29,1201
非ポリマー921
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.054, 71.390, 43.352
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.908, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-464-

HOH

21A-492-

HOH

31A-593-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Single-chain Fv antibody of G2 fused with antigen peptide from chicken chromosome 6 C10orf76 homolog


分子量: 29120.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein composed of an expression tag (residues 1-2), a fragment from chicken chromosome 6 C10orf76 homolog (residues 3-22), a linker (residues 23-30), the light chain (residues 31- ...詳細: The fusion protein composed of an expression tag (residues 1-2), a fragment from chicken chromosome 6 C10orf76 homolog (residues 3-22), a linker (residues 23-30), the light chain (residues 31-140), a second linker (residues 141-155), and the heavy chain (residues 156-273).
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 12% w/v polyethylene glycol 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 28848 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.712 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1429 / CC1/2: 0.656 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PGX

6pgx


解像度: 1.62→31.14 Å / SU ML: 0.1567 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.8971
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1881 1441 5 %
Rwork0.1668 27392 -
obs0.1679 28833 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→31.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1852 0 6 209 2067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00871932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05992619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0635284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1668708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.680.2691450.24332758X-RAY DIFFRACTION99.9
1.68-1.750.31221440.23222731X-RAY DIFFRACTION99.86
1.75-1.820.27221430.2222717X-RAY DIFFRACTION99.76
1.82-1.920.2381440.18242725X-RAY DIFFRACTION99.76
1.92-2.040.20691430.17542750X-RAY DIFFRACTION99.72
2.04-2.20.19471440.17292737X-RAY DIFFRACTION99.86
2.2-2.420.20591440.16012734X-RAY DIFFRACTION99.55
2.42-2.770.17751450.16992746X-RAY DIFFRACTION99.59
2.77-3.490.17171430.15542739X-RAY DIFFRACTION99.04
3.49-31.140.14811460.1442755X-RAY DIFFRACTION98.44
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.228090269910.0975193763184-1.303768918332.976064007130.5137194162923.200615912030.118874073069-0.1227544827710.07116249254750.0821802597166-0.05006497770020.1564944255550.003484928163860.0500130543511-0.04707917303190.0945094647638-0.0173274427468-0.01397612356730.08460326126350.00533191924190.13829684452215.2639168905-7.381273514073.60991164893
26.098043973582.371208324250.4517518051063.972521735930.0941411301312.41717616742-0.0513793686005-0.03042584523880.373484473736-0.111716395231-0.001004609463260.5981423408050.0315434965621-0.1597864195670.009990129958710.1166886187510.009788499197230.01500438693540.107608750302-0.05588346228350.2037925708778.29551357352-4.682981126966.20281644464
34.12084859116-2.47558461050.7703665792645.268971786381.982651303881.73026304299-0.03201999199690.0136815386295-0.161274301520.1499919201230.111877735662-0.290900449402-0.02910250037540.627679283673-0.01688639139370.129736529261-0.0134972690447-0.04549333454990.1997408764110.01685064065480.20450668127328.4130852576-3.793550412957.94903394994
41.83650153784-0.591560634397-0.3822150365223.58393852545-0.4950278397422.21050405135-0.0394282088273-0.136570910409-0.02067238986670.329157579771-0.03975631626760.037417222347-0.0547824770042-0.03417556297740.0658316255790.136640684164-0.0236716861659-0.01077690996070.144829993438-0.0340979231930.12524210713712.719434685813.682539368213.3808160634
51.258931696740.238023415173-0.06949150756871.101290470430.9044655784870.8778401492080.0793231929212-0.114700061002-0.04092787883570.177761782668-0.170231966580.2271774618280.042427598899-0.1186574821720.08470009118610.186811903504-0.0178523111930.0225916554430.1492219996720.0200371956510.2224211747614.07723864339-2.085450923439.11003816673
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 179 through 238 )179 - 238148 - 207
22chain 'A' and (resid 239 through 273 )239 - 273208 - 242
33chain 'A' and (resid 2 through 33 )2 - 331 - 19
44chain 'A' and (resid 34 through 124 )34 - 12420 - 110
55chain 'A' and (resid 125 through 178 )125 - 178111 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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