PDB-9lth: Crystal structure of transcriptional regulator (NrpR) from Strept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lth

タイトル

Crystal structure of transcriptional regulator (NrpR) from Streptococcus salivarius K12

要素

Transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Streptococcus salivarius K12 / Transcriptional regulator

機能・相同性

Transcription activator MutR, C-terminal / HTH-type transcriptional regulator Rgg, C-terminal domain / : / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Transcriptional regulator

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus salivarius K12 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Do, H. / Nguyen, D.l. / Kumaraswami, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2025
タイトル: Environmental pH controls antimicrobial production by human probiotic Streptococcus salivarius.
著者: Nguyen, D.L. / Saha, S. / Thacharodi, A. / Singh, B.B. / Mitra, S. / Do, H. / Kumaraswami, M.

履歴

登録	2025年2月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lth.cif.gz	75.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lth.ent.gz	53.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lth.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/9lth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/9lth	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.747, 128.260, 72.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.616, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Transcriptional regulator 分子量: 34091.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus salivarius K12 (バクテリア) 遺伝子: RSSL_00023 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J7TTH6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.95), 0.7 M Sodium Citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→36.705 Å / Num. obs: 9474 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.59→2.71 Å / Num. unique obs: 2958 / CC_1/2: 0.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.59→36.705 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 14.468 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.364 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2659	458	4.834 %
R_work	0.1834	9016	-
all	0.187	-	-
obs	-	9474	97.199 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.112 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	-0.017 Å²
2-	-	0.011 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.042 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→36.705 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2378	0	0	11	2389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.454	1.631	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.239	1.576	5351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.127	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.21	23.358	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.895	15	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.789	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	592
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.735	7.689	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.706	7.686	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.575	11.533	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.576	11.538	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.737	8.425	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.734	8.429	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.258	12.359	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.255	12.363	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.507	146.955	10040
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.502	146.922	10038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.59-2.657	0.399	41	0.263	675	X-RAY DIFFRACTION	97.019
2.657-2.73	0.359	44	0.273	618	X-RAY DIFFRACTION	98.806
2.73-2.809	0.308	25	0.282	637	X-RAY DIFFRACTION	98.2196
2.809-2.895	0.427	36	0.268	644	X-RAY DIFFRACTION	98.6938
2.895-2.99	0.265	24	0.274	581	X-RAY DIFFRACTION	98.6949
2.99-3.095	0.313	28	0.264	598	X-RAY DIFFRACTION	98.4277
3.095-3.211	0.37	29	0.237	561	X-RAY DIFFRACTION	98.4975
3.211-3.342	0.364	20	0.212	539	X-RAY DIFFRACTION	98.0702
3.342-3.49	0.245	27	0.184	527	X-RAY DIFFRACTION	97.5352
3.49-3.66	0.324	21	0.181	475	X-RAY DIFFRACTION	98.2178
3.66-3.857	0.287	28	0.162	486	X-RAY DIFFRACTION	99.2278
3.857-4.09	0.25	25	0.163	436	X-RAY DIFFRACTION	98.7152
4.09-4.372	0.226	23	0.134	428	X-RAY DIFFRACTION	99.1209
4.372-4.72	0.215	14	0.142	388	X-RAY DIFFRACTION	98.5294
4.72-5.168	0.205	21	0.142	363	X-RAY DIFFRACTION	98.7147
5.168-5.773	0.265	18	0.201	337	X-RAY DIFFRACTION	99.4398
5.773-6.657	0.324	15	0.186	276	X-RAY DIFFRACTION	97.3244
6.657-8.131	0.161	12	0.167	244	X-RAY DIFFRACTION	97.3384
8.131-11.408	0.203	7	0.138	130	X-RAY DIFFRACTION	66.5049
11.408-36.705		0	0.21	73	X-RAY DIFFRACTION	59.3496

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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