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- PDB-9lta: Crystal Structure of Compound SKLB-D18 with MAPK7 (ERK5) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lta
タイトルCrystal Structure of Compound SKLB-D18 with MAPK7 (ERK5)
要素Mitogen-activated protein kinase 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / ERK5 / inhibitor / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular response to laminar fluid shear stress / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / ERKs are inactivated / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / ERK/MAPK targets ...Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular response to laminar fluid shear stress / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / ERKs are inactivated / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / ERK/MAPK targets / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / enzyme inhibitor activity / positive regulation of protein metabolic process / RET signaling / MAP kinase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to growth factor stimulus / PML body / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / MAPK cascade / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cell differentiation / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Xiao, H. / Sun, Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2025
タイトル: A first-in-class selective inhibitor of ERK1/2 and ERK5 overcomes drug resistance with a single-molecule strategy.
著者: Xiao, H. / Wang, A. / Shuai, W. / Qian, Y. / Wu, C. / Wang, X. / Yang, P. / Sun, Q. / Wang, G. / Ouyang, L. / Sun, Q.
履歴
登録2025年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mitogen-activated protein kinase 7
A: Mitogen-activated protein kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4324
ポリマ－79,4862
非ポリマー9462
水88349
1
B: Mitogen-activated protein kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2162
ポリマ－39,7431
非ポリマー4731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Mitogen-activated protein kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2162
ポリマ－39,7431
非ポリマー4731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.643, 156.917, 49.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 7 / MAP kinase 7 / MAPK 7 / Big MAP kinase 1 / BMK-1 / Extracellular signal-regulated kinase 5 / ERK-5


分子量: 39742.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK7, BMK1, ERK5, PRKM7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13164, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1EKR / 4-[5-chloranyl-2-[[3-[(dimethylamino)methyl]phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]-~{N}-morpholin-4-yl-thiophene-2-carboxamide


分子量: 472.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25ClN6O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes 7.5, 10% PEG4K, 7% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→49.73 Å / Num. obs: 29547 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.33→2.46 Å / Num. unique obs: 4394 / CC1/2: 0.825

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5207: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→49.73 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2916 2028 6.94 %
Rwork0.2493 --
obs0.2523 29206 95.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5369 0 64 49 5482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2572097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006972
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.390.33061380.28321938X-RAY DIFFRACTION97
2.39-2.450.35711540.28942043X-RAY DIFFRACTION99
2.45-2.530.34681360.2951995X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.610.35351630.3042023X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.70.412970.31371386X-RAY DIFFRACTION69
2.7-2.810.38881590.30252000X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.940.34841300.29282006X-RAY DIFFRACTION98
2.94-3.090.37641510.30822025X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.280.34061440.27691992X-RAY DIFFRACTION99
3.28-3.540.31331600.26941934X-RAY DIFFRACTION96
3.54-3.890.30891330.22761906X-RAY DIFFRACTION94
3.89-4.460.20791560.19891924X-RAY DIFFRACTION96
4.46-5.610.22151540.19772001X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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