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万見
- PDB-9lrj: Glucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lrj
タイトルGlucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin and UDP2Fglucose in the presence of retinol
要素Glycosyltransferase
キーワードHYDROLASE / Glycosyl transferase / Scopoletin / Beta carotene
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
7-hydroxy-6-methoxy-2H-1-benzopyran-2-one / Chem-U2F / Glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.
資金援助 サウジアラビア, 1件
組織認可番号国
Other privateKing Abdullah University of Science and Technlogy サウジアラビア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: beta-Carotene alleviates substrate inhibition caused by asymmetric cooperativity.
著者: Liao, J. / Shahul Hameed, U.F. / Hoffmann, T.D. / Kurze, E. / Sun, G. / Steinchen, W. / Nicoli, A. / Di Pizio, A. / Kuttler, C. / Song, C. / Catici, D.A.M. / Assaad-Gerbert, F. / Hoffmann, T. ...著者: Liao, J. / Shahul Hameed, U.F. / Hoffmann, T.D. / Kurze, E. / Sun, G. / Steinchen, W. / Nicoli, A. / Di Pizio, A. / Kuttler, C. / Song, C. / Catici, D.A.M. / Assaad-Gerbert, F. / Hoffmann, T. / Arold, S.T. / Schwab, W.G.
履歴
登録2025年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2025年2月12日ID: 9J9C
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
B: Glycosyltransferase
C: Glycosyltransferase
D: Glycosyltransferase
E: Glycosyltransferase
F: Glycosyltransferase
G: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,22719
ポリマ－375,2887
非ポリマー4,93912
水00
1
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3733
ポリマ－53,6131
非ポリマー7602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3733
ポリマ－53,6131
非ポリマー7602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3733
ポリマ－53,6131
非ポリマー7602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3733
ポリマ－53,6131
非ポリマー7602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1812
ポリマ－53,6131
非ポリマー5681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3733
ポリマ－53,6131
非ポリマー7602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1812
ポリマ－53,6131
非ポリマー5681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.716, 171.782, 153.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Glycosyltransferase


分子量: 53612.574 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana benthamiana (ナス科)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A8K1ZRH3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-U2F / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE


分子量: 568.293 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23FN2O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-T83 / 7-hydroxy-6-methoxy-2H-1-benzopyran-2-one


分子量: 192.168 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 15% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→48.89 Å / Num. obs: 56153 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.11→3.56 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3742 / CC1/2: 0.39 / % possible all: 54.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACRefmac5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8J2V

8j2v


解像度: 3.11→48.89 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31216 2878 5.1 %RANDOM
Rwork0.26843 ---
obs0.27064 53275 68.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.86 Å2-0 Å21.89 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---2.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25419 0 322 0 25741
LS精密化 シェル解像度: 3.11→3.56 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.41 -
Rwork0.37 -
obs-3560

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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