PDB-9lri: Crystal Structure of Thermus thermophilus KhpB/EloR complexed with RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lri

タイトル

Crystal Structure of Thermus thermophilus KhpB/EloR complexed with RNA

要素

Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein)
RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA-binding protein / KH domain / R3H domain / Thermus thermophilus / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Fukui, K. / Murakawa, T. / Yano, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: KH-R3H domain cooperation in RNA recognition by the global RNA-binding protein KhpB.
著者: Fukui, K. / Murakawa, T. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Yano, T.

履歴

登録	2025年1月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lri.cif.gz	78.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lri.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lri_validation.pdf.gz	792.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lri_full_validation.pdf.gz	794.8 KB	表示
XML形式データ	9lri_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	9lri_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/9lri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/9lri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lrgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3)

登録構造単位

B: Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein)

C: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')

A: Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein)

ヘテロ分子

45.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.261, 46.058, 56.885
Angle α, β, γ (deg.)	97.340, 92.530, 112.693
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein) / KhpB/EloR 分子量: 21044.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: TTHA0442 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5SL51
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PCPCPCPCPCPCPC)-3') 分子量: 3006.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主*: synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M ammonium sulfate, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→36.99 Å / Num. obs: 10994 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 62.02 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 30.1
反射シェル	解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 599 / CC_1/2: 0.902 / R_pim(I) all: 0.088 / R_rim(I) all: 0.231 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
Coot	0.9.8.92	モデル構築
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→32.382 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 13.405 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.382 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2653	492	5.306 %
R_work	0.2036	8781	-
all	0.207	-	-
obs	-	9273	97.724 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.027 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.036 Å²	0.016 Å²	0.088 Å²
2-	-	0.055 Å²	0.088 Å²
3-	-	-	-0.105 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→32.382 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2301	140	21	5	2467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	1.686	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.384	1.57	5380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.686	5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.308	5	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.028	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.129	10	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.63	10	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2931
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	569
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.264	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.268	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.291	3.733	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.289	3.732	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.061	6.701	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.06	6.701	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.169	4.39	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.167	4.39	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.311	7.898	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.309	7.897	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.763	49.113	9905
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.763	49.112	9906

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.65-2.718	0.383	41	0.252	687	0.259	742	0.918	0.967	98.1132	0.248
2.718-2.792	0.333	33	0.228	593	0.233	640	0.943	0.97	97.8125	0.221
2.792-2.873	0.276	33	0.245	641	0.246	692	0.952	0.968	97.3988	0.237
2.873-2.96	0.288	37	0.231	588	0.234	635	0.951	0.967	98.4252	0.227
2.96-3.057	0.317	31	0.242	573	0.246	619	0.947	0.965	97.5767	0.242
3.057-3.163	0.298	33	0.225	561	0.229	606	0.937	0.968	98.0198	0.228
3.163-3.281	0.326	24	0.216	558	0.22	592	0.932	0.971	98.3108	0.223
3.281-3.414	0.272	25	0.209	498	0.212	530	0.958	0.975	98.6792	0.216
3.414-3.564	0.292	36	0.196	515	0.202	562	0.957	0.978	98.0427	0.207
3.564-3.735	0.33	28	0.206	442	0.214	477	0.948	0.974	98.5325	0.221
3.735-3.934	0.189	27	0.194	465	0.194	506	0.971	0.977	97.2332	0.218
3.934-4.169	0.263	25	0.183	420	0.188	462	0.965	0.979	96.3204	0.205
4.169-4.452	0.191	26	0.157	390	0.16	435	0.976	0.984	95.6322	0.181
4.452-4.801	0.209	23	0.174	352	0.176	391	0.974	0.982	95.9079	0.21
4.801-5.248	0.229	12	0.18	368	0.181	388	0.969	0.982	97.9381	0.209
5.248-5.848	0.345	19	0.205	313	0.213	337	0.939	0.978	98.5163	0.23
5.848-6.716	0.276	13	0.239	282	0.241	296	0.964	0.97	99.6622	0.27
6.716-8.138	0.188	13	0.192	233	0.192	248	0.986	0.979	99.1936	0.223
8.138-11.162	0.174	8	0.159	193	0.16	209	0.989	0.986	96.1722	0.184
11.162-32.382	0.192	5	0.23	109	0.228	118	0.993	0.973	96.6102	0.275

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関連情報:EMDBヘッダ

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