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- PDB-9lrg: Crystal Structure of Thermus thermophilus KhpB/EloR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lrg
タイトルCrystal Structure of Thermus thermophilus KhpB/EloR
要素Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA-binding protein / KH domain / R3H domain / Thermus thermophilus
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-binding protein KhpB, R3H domain / Jag, KH domain / RNA-binding protein KhpB / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / K homology domain-like, alpha/beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Fukui, K. / Murakawa, T. / Yano, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: KH-R3H domain cooperation in RNA recognition by the global RNA-binding protein KhpB.
著者: Fukui, K. / Murakawa, T. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Yano, T.
履歴
登録2025年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0441
ポリマ－21,0441
非ポリマー00
水00
1
AA: Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein)

AA: Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0882
ポリマ－42,0882
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area1840 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.011, 47.011, 265.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein) / KhpB/EloR


分子量: 21044.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
遺伝子: TTHA0442 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5SL51
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.0M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→36.99 Å / Num. obs: 3900 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 62.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 41.3
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Num. unique obs: 349 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.145 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.9.8.92モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.99→36.99 Å / SU ML: 0.2329 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 189 4.85 %
Rwork0.2505 3711 -
obs0.2515 3900 95.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→36.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1107 0 0 0 1107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00241128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46331530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0385174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2226418
LS精密化 シェル解像度: 2.99→10 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 189 -
Rwork0.2505 3711 -
obs--95.99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.2042883937 Å / Origin y: 10.665931963 Å / Origin z: -12.8094055649 Å
111213212223313233
T0.490210164294 Å2-0.0818640788349 Å2-0.0858623093547 Å2-0.424480053406 Å2-0.0326276852141 Å2--0.266590164565 Å2
L5.08903029373 °2-2.89081469069 °2-2.33312342831 °2-3.80873431942 °20.101237811162 °2--1.7368390204 °2
S-0.043112220476 Å °0.296571311812 Å °-0.118183254512 Å °0.239293134278 Å °0.00820822267136 Å °-0.106571627706 Å °0.081580418469 Å °-0.325517968075 Å °0.0645552266008 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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