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- PDB-9lpy: X-ray structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 2F-Glc complex at c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lpy
タイトルX-ray structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 2F-Glc complex at cryogenic temperature
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / TIM BARREL / CRYOGENIC-TEMPERATURE
機能・相同性2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Yano, N. / Arakawa, H. / Lin, C.C. / Ishiwata, A. / Tanaka, K. / Kusaka, K. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K06157 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H00929 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24H02269 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Neutron crystallography of the covalent intermediate of beta-glucosidase reveals remodeling of the catalytic center.
著者: Yano, N. / Arakawa, H. / Lin, C.C. / Ishiwata, A. / Tanaka, K. / Kusaka, K. / Fushinobu, S.
履歴
登録2025年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5367
ポリマ－50,8471
非ポリマー6896
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.732, 69.788, 95.986
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSIDASE


分子量: 50846.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence refers to UniParc database UPI0002639209. / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosett TM(DE3) / 参照: beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-G2F / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11FO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Glcp2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 405分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: Protein solution: protein reacted 2-deoxy-2-fluoro glucoside 20mg/mL, 5mM Tris pD 8.9 Reservoir solution: 0.1M CHES pD 9.5, 0.935M K/Na tartrate, 5% (w/v) 1-butylpyridinium chloride, 0.2M Li2SO4, in heavy water

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.11→48.97 Å / Num. obs: 182060 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 7.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 1.11→1.13 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 1.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 8940 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.392 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.11→48.97 Å / SU ML: 0.0946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.1263
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 9096 5 %Random selection
Rwork0.164 172844 --
obs0.1645 181940 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→48.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3467 0 43 400 3910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00483734
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88295111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0796526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9086534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.11-1.120.23493250.23835683X-RAY DIFFRACTION100
1.12-1.140.2663030.23325700X-RAY DIFFRACTION99.97
1.14-1.150.23542720.22255721X-RAY DIFFRACTION99.98
1.15-1.160.23262990.21635737X-RAY DIFFRACTION99.97
1.16-1.180.20882920.21235706X-RAY DIFFRACTION99.98
1.18-1.20.23583050.21045690X-RAY DIFFRACTION100
1.2-1.210.23053190.2075697X-RAY DIFFRACTION100
1.21-1.230.21033160.20915694X-RAY DIFFRACTION100
1.23-1.250.21782700.20525756X-RAY DIFFRACTION99.98
1.25-1.270.20082820.20275767X-RAY DIFFRACTION100
1.27-1.290.21013100.19785682X-RAY DIFFRACTION100
1.29-1.320.21953180.19595714X-RAY DIFFRACTION100
1.32-1.340.19413390.19325698X-RAY DIFFRACTION99.98
1.34-1.370.20172980.18325726X-RAY DIFFRACTION100
1.37-1.40.18223150.17665748X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.430.1872810.17075719X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.470.18523120.16385725X-RAY DIFFRACTION99.98
1.47-1.510.16253000.15815739X-RAY DIFFRACTION99.93
1.51-1.550.1683080.15515767X-RAY DIFFRACTION99.98
1.55-1.60.17873090.15535738X-RAY DIFFRACTION99.98
1.6-1.660.17373120.15725749X-RAY DIFFRACTION99.97
1.66-1.720.16053280.15235716X-RAY DIFFRACTION99.97
1.72-1.80.1572910.15035803X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.90.15963000.1415773X-RAY DIFFRACTION99.97
1.9-2.020.14753130.14085810X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.170.1613060.14275791X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.390.1482960.1455845X-RAY DIFFRACTION99.98
2.39-2.740.17552810.15665886X-RAY DIFFRACTION99.92
2.74-3.450.15363150.14745899X-RAY DIFFRACTION99.98
3.45-48.970.17172810.15966165X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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