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- PDB-9lpv: Neutron structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 2F-Glc complex at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lpv
タイトルNeutron structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 2F-Glc complex at room temperature
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / TIM BARREL / NEUTRON / ROOM-TEMPERATURE
機能・相同性DEUTERATED WATER / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Yano, N. / Arakawa, H. / Lin, C.C. / Ishiwata, A. / Tanaka, K. / Kusaka, K. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K06157 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H00929 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24H02269 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Neutron crystallography of the covalent intermediate of beta-glucosidase reveals remodeling of the catalytic center.
著者: Yano, N. / Arakawa, H. / Lin, C.C. / Ishiwata, A. / Tanaka, K. / Kusaka, K. / Fushinobu, S.
履歴
登録2025年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2363
ポリマ－50,8471
非ポリマー3892
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.540, 71.230, 97.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSIDASE


分子量: 50846.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence refers to UniParc database UPI0002639209. / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosett TM(DE3) / 参照: beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-G2F / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11FO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Glcp2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: Protein solution: protein reacted 2-deoxy-2-fluoro glucoside 30mg/mL, 5mM Tris pD 8.9 Reservoir solution : 0.1M CHES pD 9.5, 0.890M K/Na tartrate, 5% (w/v) 1-butylpyridinium chloride, 0.2M Li2SO4, in heavy water

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22931N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
SPALLATION SOURCEJPARC MLF BL-03J-PARC MLF BEAMLINE BL-0321.86-5.76
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2023年2月18日
iBIX2DIFFRACTOMETER2023年1月17日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.861
35.761
反射

Entry-ID: 9LPV

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.32-44.2911095297.76.6140.9980.0780.032113.5
1.7-20.075300798.57.60.9910.1840.07122
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.32-1.346.60.8432.153300.7460.351195.6
1.7-1.765.50.76251390.5560.343297

-
解析

精密化

SU ML: 0.1404 / R Free selection details: Random selection / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 15.6979 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.32-44.29X-RAY DIFFRACTION20.440.160.14850.149155321053451108774.9997.4611.34
1.7-20.07NEUTRON DIFFRACTION0.16980.15480.15552629530054.9698.62
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→44.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 24 304 3786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00983586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05364897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0863509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0132728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.96861269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.32-1.330.29011900.26853375X-RAY DIFFRACTION95.3
1.33-1.350.27561690.25663397X-RAY DIFFRACTION95.3
1.35-1.370.29391800.25183419X-RAY DIFFRACTION95.46
1.37-1.380.22131860.24363391X-RAY DIFFRACTION95.72
1.38-1.40.22071840.22273416X-RAY DIFFRACTION95.67
1.4-1.420.22361800.22123415X-RAY DIFFRACTION95.61
1.42-1.440.22441870.21343412X-RAY DIFFRACTION96.23
1.44-1.460.2031770.20263434X-RAY DIFFRACTION96.19
1.46-1.490.20551810.19083447X-RAY DIFFRACTION96.06
1.49-1.510.19751790.18913467X-RAY DIFFRACTION96.76
1.51-1.540.21890.18093418X-RAY DIFFRACTION96.91
1.54-1.560.20821740.18373472X-RAY DIFFRACTION96.89
1.56-1.60.20151730.1833480X-RAY DIFFRACTION96.92
1.6-1.630.21950.17753473X-RAY DIFFRACTION97.14
1.63-1.660.16471660.17783509X-RAY DIFFRACTION97.43
1.66-1.70.18581970.17483479X-RAY DIFFRACTION97.45
1.7-1.740.1951900.17153502X-RAY DIFFRACTION97.44
1.74-1.790.18671750.16013497X-RAY DIFFRACTION97.71
1.79-1.840.16571860.14913515X-RAY DIFFRACTION97.96
1.84-1.90.16791810.14343526X-RAY DIFFRACTION98.2
1.9-1.970.16261850.1443528X-RAY DIFFRACTION98.02
1.97-2.050.15591900.13913555X-RAY DIFFRACTION98.55
2.05-2.140.14211900.14013567X-RAY DIFFRACTION98.84
2.14-2.260.1481850.13183589X-RAY DIFFRACTION98.82
2.26-2.40.14831770.12793608X-RAY DIFFRACTION99.01
2.4-2.580.15441930.13123598X-RAY DIFFRACTION99.27
2.58-2.840.14411900.13993641X-RAY DIFFRACTION99.53
2.84-3.250.14011940.13943651X-RAY DIFFRACTION99.48
3.26-4.10.13471870.1173702X-RAY DIFFRACTION99.62
4.1-44.290.13122020.13223862X-RAY DIFFRACTION99.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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