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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9lpr | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS FOR BROAD SPECIFICITY IN ALPHA-LYTIC PROTEASE MUTANTS | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-lytic endopeptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lysobacter enzymogenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bone, R. / Agard, D.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Structural basis for broad specificity in alpha-lytic protease mutants. 著者: Bone, R. / Fujishige, A. / Kettner, C.A. / Agard, D.A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989 タイトル: Structural Analysis of Specificity: Alpha-Lytic Protease Complexes with Analogues of Reaction Intermediates 著者: Bone, R. / Frank, D. / Kettner, D. / Agard, D.A. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: Structural Plasticity Broadens the Specificity of an Engineered Protease 著者: Bone, R. / Silen, J.L. / Agard, D.A. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988 タイトル: Kinetic Properties of the Binding of Alpha-Lytic Protease to Peptide Boronic Acids 著者: Kettner, D.A. / Bone, R. / Agard, D.A. / Bachovchin, W.W. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1987 タイトル: Serine Protease Mechanism: Structure of an Inhibitory Complex of Alpha-Lytic Protease and a Tightly Bound Peptide Boronic Acid 著者: Bone, R. / Shenvi, A.B. / Kettner, C.A. / Agard, D.A. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985 タイトル: Refined Structure of Alpha-Lytic Protease at 1.7 Angstroms Resolution. Analysis of Hydrogen Bonding and Solvent Structure 著者: Fujinaga, M. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D. / James, M.N.G. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979 タイトル: Molecular Structure of the Alpha-Lytic Protease from Myxobacter 495 at 2.8 Angstroms Resolution 著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9lpr.cif.gz | 55.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9lpr.ent.gz | 38.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9lpr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9lpr_validation.pdf.gz | 391.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9lpr_full_validation.pdf.gz | 399.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9lpr_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9lpr_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/9lpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/9lpr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19875.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lysobacter enzymogenes (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00778, alpha-lytic endopeptidase |
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#2: タンパク質・ペプチド | |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | INHIBITORY PEPTIDE BORONIC ACIDS ARE PEPTIDE ANALOGS IN WHICH THE C-TERMINAL CARBOXYL GROUP HAS ...INHIBITORY |
Has protein modification | Y |
非ポリマーの詳細 | INHIBITORY PEPTIDE BORONIC ACIDS ARE PEPTIDE ANALOGS IN WHICH THE C-TERMINAL CARBOXYL GROUP HAS ...INHIBITORY |
配列の詳細 | CHAIN A RESIDUE NUMBERING IS DONE BY HOMOLOGY WITH CHYMOTRYPSIN FOR RESIDUES 15A - 244. CHAIN P ...CHAIN A RESIDUE NUMBERING IS DONE BY HOMOLOGY WITH CHYMOTRYPS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.129 / 最高解像度: 2.2 Å 詳細: THE METHOXYSUCCINYL PORTION OF THE INHIBITOR WAS DISORDERED AND NO COORDINATES ARE INCLUDED FOR IT IN THIS ENTRY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.129 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |