PDB-9lpi: Neutron structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 glucose complex a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lpi

タイトル

Neutron structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 glucose complex at room temperature

要素

BETA-GLUCOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / TIM BARREL / NEUTRON / ROOM-TEMPERATURE

機能・相同性

beta-D-glucopyranose / DEUTERATED WATER

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Yano, N. / Arakawa, H. / Lin, C.C. / Ishiwata, A. / Tanaka, K. / Kusaka, K. / Fushinobu, S.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22K06157	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H00929	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	24H02269	日本

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Neutron crystallography of the covalent intermediate of beta-glucosidase reveals remodeling of the catalytic center.
著者: Yano, N. / Arakawa, H. / Lin, C.C. / Ishiwata, A. / Tanaka, K. / Kusaka, K. / Fushinobu, S.

履歴

登録	2025年1月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lpi.cif.gz	197.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lpi.ent.gz	160.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lpi_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lpi_full_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示
XML形式データ	9lpi_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	9lpi_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/9lpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/9lpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lphC 9lpvC 9lpxC 9lpyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BETA-GLUCOSIDASE

ヘテロ分子

51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.650, 71.090, 97.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

BETA-GLUCOSIDASE

分子量: 50846.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence refers to UniParc database UPI0002639209. / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosett TM(DE3) / 参照: beta-glucosidase

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES

分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-DOD / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: Protein solution: protein 20mg/mL, 5mM Tris pD 8.9 Reservoir solution: 0.1M CHES pD 9.5, 0.940M K/Na tartrate, 5% (w/v) 1-butylpyridinium chloride, 0.2M Li2SO4, 0.2M glucose in heavy water

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	293	1	N
2	293	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A		1	1
SPALLATION SOURCE	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	2	1.86-5.76

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2022年5月15日
iBIX	2	DIFFRACTOMETER	2022年4月1日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.86	1
3	5.76	1

反射

Entry-ID: 9LPI / Net I/σ(I): 14.2

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	Diffraction-ID
1.2-44.3	144269	95.7	6.7	0.998	0.072	0.03	1
1.7-19.74	52857	98.1	7.2	0.984	0.224	0.088	2

反射シェル

Mean I/σ(I) obs: 2.2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.2-1.22	7	0.885	6851	0.73	0.355	1	92.7
1.7-1.76	5.3	0.828	5058	0.428	0.378	2	95.7

-
解析

精密化

B_iso mean: 23.4 Å² / SU ML: 0.15 / R Free selection details: Random selection / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 15.32 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID
1.2-44.3	X-RAY DIFFRACTION	0.1622	0.1528	0.1533	7202	144184	5	95.42	1
1.7-19.74	NEUTRON DIFFRACTION	0.1695	0.1484	0.1495	2634	52854	4.98	98.18	2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→44.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3458	0	25	275	3758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7680
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.21	13657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.354	2101
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1553

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.21	0.283	237	0.2534	4329	X-RAY DIFFRACTION	92
1.21-1.23	0.2664	228	0.2427	4411	X-RAY DIFFRACTION	93
1.23-1.24	0.2401	229	0.2408	4404	X-RAY DIFFRACTION	93
1.24-1.26	0.2359	219	0.2382	4367	X-RAY DIFFRACTION	92
1.26-1.28	0.2237	242	0.2345	4393	X-RAY DIFFRACTION	93
1.28-1.29	0.2288	235	0.2309	4454	X-RAY DIFFRACTION	93
1.29-1.31	0.2884	230	0.2398	4432	X-RAY DIFFRACTION	94
1.31-1.33	0.2433	238	0.2319	4443	X-RAY DIFFRACTION	94
1.33-1.35	0.2336	227	0.2202	4466	X-RAY DIFFRACTION	94
1.35-1.37	0.2209	232	0.2159	4480	X-RAY DIFFRACTION	94
1.37-1.4	0.2047	227	0.2031	4491	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4-1.42	0.1993	239	0.1972	4511	X-RAY DIFFRACTION	94
1.42-1.45	0.2293	239	0.1901	4516	X-RAY DIFFRACTION	95
1.45-1.48	0.2096	247	0.1838	4488	X-RAY DIFFRACTION	95
1.48-1.51	0.2068	237	0.1754	4556	X-RAY DIFFRACTION	95
1.51-1.55	0.1773	243	0.1728	4532	X-RAY DIFFRACTION	95
1.55-1.59	0.2035	234	0.1769	4539	X-RAY DIFFRACTION	96
1.59-1.63	0.1973	239	0.1702	4577	X-RAY DIFFRACTION	96
1.63-1.68	0.1678	249	0.1671	4552	X-RAY DIFFRACTION	96
1.68-1.73	0.1828	234	0.1624	4576	X-RAY DIFFRACTION	96
1.73-1.79	0.1784	249	0.1566	4605	X-RAY DIFFRACTION	96
1.79-1.86	0.1609	243	0.1425	4630	X-RAY DIFFRACTION	97
1.86-1.95	0.1481	241	0.1376	4632	X-RAY DIFFRACTION	96
1.95-2.05	0.1387	248	0.1331	4664	X-RAY DIFFRACTION	97
2.05-2.18	0.144	243	0.1299	4715	X-RAY DIFFRACTION	98
2.18-2.35	0.1229	250	0.1298	4691	X-RAY DIFFRACTION	98
2.35-2.59	0.1501	244	0.1305	4770	X-RAY DIFFRACTION	98
2.59-2.96	0.1402	255	0.1385	4801	X-RAY DIFFRACTION	98
2.96-3.73	0.1438	251	0.1275	4874	X-RAY DIFFRACTION	99
3.73-44.3	0.1316	273	0.1345	5083	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.73	0.2953	129	0.2648	2507	NEUTRON DIFFRACTION	95
1.73-1.76	0.2688	131	0.2538	2566	NEUTRON DIFFRACTION	96
1.76-1.8	0.2685	137	0.2449	2538	NEUTRON DIFFRACTION	96
1.8-1.84	0.2492	135	0.2202	2574	NEUTRON DIFFRACTION	96
1.84-1.88	0.2095	138	0.2117	2586	NEUTRON DIFFRACTION	97
1.88-1.93	0.2285	144	0.2031	2573	NEUTRON DIFFRACTION	98
1.93-1.98	0.2264	135	0.1912	2623	NEUTRON DIFFRACTION	98
1.98-2.04	0.2005	136	0.1772	2600	NEUTRON DIFFRACTION	98
2.04-2.11	0.2202	133	0.1598	2657	NEUTRON DIFFRACTION	99
2.11-2.18	0.2108	141	0.1466	2668	NEUTRON DIFFRACTION	99
2.18-2.27	0.1545	137	0.1425	2658	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.27-2.37	0.1595	142	0.1287	2688	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.37-2.5	0.1609	136	0.1206	2674	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.5-2.65	0.1465	143	0.1217	2683	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.65-2.86	0.1578	140	0.1241	2706	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.86-3.14	0.1256	142	0.1188	2697	NEUTRON DIFFRACTION	99
3.14-3.59	0.1342	142	0.1105	2711	NEUTRON DIFFRACTION	99
3.59-4.52	0.1096	149	0.1004	2740	NEUTRON DIFFRACTION	99
4.52-19.74	0.0974	144	0.105	2771	NEUTRON DIFFRACTION	96

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