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- PDB-9lpb: Terpene cyclase AriE mutant-D128A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lpb
タイトルTerpene cyclase AriE mutant-D128A
要素Terpene synthase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / cis-Eunicellane Cyclase
機能・相同性: / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / lyase activity / metal ion binding / Terpene synthase
機能・相同性情報
生物種Amycolatopsis arida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Li, F.R. / Yang, Q. / He, J.Y. / Sun, X.R. / Pan, X.M. / Xu, H.M. / Rudolf, J.D. / Dong, L.B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073746 中国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2025
タイトル: Crystal Structure and Catalytic Mechanism of the cis-Eunicellane Cyclase AriE.
著者: Li, F.R. / Yang, Q. / He, J. / Sun, X. / Pan, X. / Xu, H.M. / Rudolf, J.D. / Dong, L.B.
履歴
登録2025年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
置き換え2025年5月7日ID: 8ITQ
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terpene synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4591
ポリマ－42,4591
非ポリマー00
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.815, 83.815, 163.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-437-

HOH

21A-466-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Terpene synthase


分子量: 42459.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis arida (バクテリア)
遺伝子: SAMN05421810_102118 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I5P1T3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1 M potassium sodium tartrate, 100 mM imidazole, and 200 mM sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97851 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97851 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→74.6 Å / Num. obs: 43669 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 24.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 19.2 / Num. measured all: 1052358
反射 シェル解像度: 1.87→1.97 Å / % possible obs: 79.3 % / 冗長度: 17.7 % / Rmerge(I) obs: 0.954 / Num. measured all: 99076 / Num. unique obs: 5591 / CC1/2: 0.934 / Rpim(I) all: 0.228 / Rrim(I) all: 0.982 / Χ2: 0.62 / Net I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT4.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→29.63 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2042 1910 4.58 %
Rwork0.1788 --
obs0.18 41728 84.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2863 0 0 233 3096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.033
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7361075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.027518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.910.27731110.27132185X-RAY DIFFRACTION79
1.93-1.960.23631040.2342133X-RAY DIFFRACTION86
1.96-2.020.24621450.20863000X-RAY DIFFRACTION91
2.02-2.090.2058920.21322053X-RAY DIFFRACTION62
2.09-2.160.20761460.18353146X-RAY DIFFRACTION95
2.16-2.20.1959700.19411456X-RAY DIFFRACTION96
2.27-2.350.22571180.19992500X-RAY DIFFRACTION97
2.35-2.470.23731590.1923286X-RAY DIFFRACTION98
2.47-2.630.22881590.20453297X-RAY DIFFRACTION99
2.63-2.830.23321590.19643325X-RAY DIFFRACTION99
2.83-3.120.21951620.18993368X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.570.22521540.1783208X-RAY DIFFRACTION95
3.57-4.490.18091560.15243235X-RAY DIFFRACTION94
4.49-29.630.17081750.1643626X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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