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- PDB-9lnp: the hUNG bound to DNA product embedding uridine ribonucleotide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lnp
タイトルthe hUNG bound to DNA product embedding uridine ribonucleotide
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*T*(RP5)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
  • Uracil-DNA glycosylase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / uracil DNA glycosylase uridine ribonucleotide DNA damage base excision repair / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / single strand break repair / isotype switching / uracil DNA N-glycosylase activity / ribosomal small subunit binding / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine ...base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / single strand break repair / isotype switching / uracil DNA N-glycosylase activity / ribosomal small subunit binding / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / base-excision repair / damaged DNA binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Liu, Y. / Zhou, C. / Zhan, X. / Fan, C.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21877065 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82111530210 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2023YFA0913800 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Uridine Embedded within DNA is Repaired by Uracil DNA Glycosylase via a Mechanism Distinct from That of Ribonuclease H2.
著者: Fan, C. / Zhan, X. / Guo, F. / Li, Q. / Lu, K. / Shan, X. / Zhou, Y. / Ren, M. / Greenberg, M.M. / Liu, Y. / Zhou, C.
履歴
登録2025年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*T*(RP5)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
E: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2804
ポリマ－31,2403
非ポリマー401
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.930, 65.290, 99.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*T*(RP5)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 2619.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sythesized DNA oligo embeding rU / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 3070.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 25550.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNG, DGU, UNG1, UNG15
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P13051, uracil-DNA glycosylase
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% polyethylene glycol 4000 (Sigma)/100 mM Hepes buffer (pH 6.5)/10% dioxane/1 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→19.94 Å / Num. obs: 414484 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 25.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 10.26
反射 シェル解像度: 1.76→1.81 Å / Num. unique obs: 2307 / CC1/2: 0.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→19.79 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2075 2939 4.84 %
Rwork0.1681 57722 -
obs0.17 60661 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.53 Å2 / Biso mean: 33.4762 Å2 / Biso min: 16.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1807 377 1 325 2510
Biso mean--35.93 40.22 -
残基数----243
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.76-1.790.38941320.33852600273294
1.79-1.820.35921480.31662742289098
1.82-1.850.30771650.280627182883100
1.85-1.890.29711440.27292745288999
1.89-1.930.33261260.271227552881100
1.93-1.970.30051460.24772712285899
1.97-2.010.23781350.223227752910100
2.01-2.060.24751400.20422715285599
2.06-2.120.24021300.192527922922100
2.12-2.180.24411340.187727732907100
2.18-2.250.21071190.173127912910100
2.25-2.330.20441500.169327752925100
2.33-2.430.22231210.16327672888100
2.43-2.540.21161500.168627342884100
2.54-2.670.19791320.16227492881100
2.67-2.840.21891270.17528102937100
2.84-3.060.26461600.16527422902100
3.06-3.360.17851510.146827602911100
3.36-3.850.17731590.134527422901100
3.85-4.830.13481260.118827772903100
4.83-19.790.1641440.14872748289299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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