PDB-9lmw: Crystal structure of variant FAST-ACC-T140E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lmw

タイトル

Crystal structure of variant FAST-ACC-T140E

要素

Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PET hydrolase / PET degradation enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Piscinibacter sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Li, X. / Ning, Z.Y. / Huang, S.Q. / Zeng, C. / Zeng, Z.Y. / Ji, R. / Huang, J.-W. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Combined approaches to enhance the Pichia pastoris-expressed PET hydrolase.
著者: Li, X. / Huang, J.W. / Ning, Z. / Huang, S. / Zeng, C. / Zeng, Z. / Ji, R. / Peng, R. / Liu, X. / Min, J. / Chen, C.C. / Guo, R.T.

履歴

登録	2025年1月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lmw.cif.gz	71.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lmw.ent.gz	49.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lmw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lmw_validation.pdf.gz	414.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lmw_full_validation.pdf.gz	414.3 KB	表示
XML形式データ	9lmw_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	9lmw_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/9lmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/9lmw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lmsC 9lmtC 9lmuC 9lmvC 9lmxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.109, 51.394, 84.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase / PET-digesting enzyme 分子量: 27419.480 Da / 分子数: 1 / 変異: T140E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Piscinibacter sakaiensis (バクテリア) 遺伝子: ISF6_4831 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 36232 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.044 / Χ²: 1.036 / Net I/σ(I): 24.5 / Num. measured all: 206254

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.55	5.3	0.041	3561	0.998	0.999	0.02	0.046	0.79	99.9
1.55-1.62	5	0.038	3583	0.998	0.999	0.02	0.043	0.798	99.8
1.62-1.69	5.5	0.037	3552	0.998	0.999	0.018	0.042	0.833	99.8
1.69-1.78	5.3	0.035	3585	0.998	1	0.017	0.039	0.86	99.8
1.78-1.89	5.8	0.034	3583	0.998	1	0.016	0.038	0.914	99.7
1.89-2.04	5.9	0.034	3592	0.998	1	0.016	0.037	1.046	99.6
2.04-2.24	6	0.034	3633	0.999	1	0.015	0.037	1.179	100
2.24-2.56	6	0.034	3637	0.998	0.999	0.015	0.037	1.224	100
2.56-3.23	6	0.039	3679	0.996	0.999	0.018	0.043	1.153	99.8
3.23-25	6	0.05	3827	0.995	0.999	0.023	0.055	1.392	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→24.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 0.824 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16436	1779	4.9 %	RANDOM
R_work	0.13264	-	-	-
obs	0.1342	34396	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 4.712 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→24.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1922	0	0	361	2283

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.931	1.639	2719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.705	1.563	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.769	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.182	22.069	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.909	15	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.237	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.614	0.334	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.614	0.333	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.015	0.5	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.015	0.5	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.151	0.404	930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.149	0.403	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.703	0.573	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.789	5.242	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.144	4.306	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.154	100	-
R_work	0.129	2525	-
obs	-	-	99.58 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)