PDB-9lms: Crystal structure of Pichia pastoris-expressed FAST-PETase-N212A/...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lms

タイトル

Crystal structure of Pichia pastoris-expressed FAST-PETase-N212A/K233C/S282C variant

要素

Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PET hydrolase / PET degradation enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Piscinibacter sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Li, X. / Ning, Z.Y. / Huang, S.Q. / Zeng, C. / Zeng, Z.Y. / Ji, R. / Huang, J.-W. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Combined approaches to enhance the Pichia pastoris-expressed PET hydrolase.
著者: Li, X. / Huang, J.W. / Ning, Z. / Huang, S. / Zeng, C. / Zeng, Z. / Ji, R. / Peng, R. / Liu, X. / Min, J. / Chen, C.C. / Guo, R.T.

履歴

登録	2025年1月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lms.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lms.ent.gz	49.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lms_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lms_full_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示
XML形式データ	9lms_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	9lms_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/9lms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/9lms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lmtC 9lmuC 9lmvC 9lmwC 9lmxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

ヘテロ分子

28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.000, 51.018, 83.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase / PET-digesting enzyme

分子量: 27410.516 Da / 分子数: 1 / 変異: N212A,N233C,S282C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Piscinibacter sakaiensis (バクテリア)
遺伝子: ISF6_4831 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M MMT, pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→33.16 Å / Num. obs: 24277 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.76 % / R_merge(I) obs: 0.0337 / Net I/σ(I): 40.32
反射シェル	解像度: 1.71→1.81 Å / 冗長度: 3.89 % / R_merge(I) obs: 0.0674 / Num. unique obs: 1176 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SAINT		データスケーリング
SAINT		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.71→33.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17129	1190	4.9 %	RANDOM
R_work	0.13816	-	-	-
obs	0.13977	22997	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.71→33.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1922	0	56	242	2220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.95	1.682	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.657	1.6	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.042	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.015	22.045	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.877	15	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.994	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	430
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.027	1.062	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.027	1.061	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.539	1.589	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.538	1.59	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.896	1.382	997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.896	1.386	998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.85	2.006	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.993	14.482	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.8	14.141	2302
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.71→1.754 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	94	-
R_work	0.154	1663	-
obs	-	-	98.82 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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